Задетый огульным и облыжным обвинением, Спиридов, «не убоясь гнева и немилости», с достоинством ответил, что дело не в моряках на кораблях, а в тех, кто обязан заботиться о флоте, но предпочитает расходовать время и средства на постройку только складов и мест присутствия.
Намек на Адмиралтейств-коллегию, которая по-прежнему не уделяла нужного внимания кораблям и вместо забот о них занималась береговым строительством, был достаточно ясен и не остался без последствий. Тем более, что вице-адмирал Мордвинов поддержал Спиридова, напомнив о своих своевременных докладах с предложениями коренной реорганизации флота, нового штата кораблей, улучшения быта нижних чинов, перевода Адмиралтейства из Петербурга в Кронштадт, ближе к морю, наведения порядка в заготовках леса, необходимого для строительства кораблей. Пока что ни одно из этих предложений не было реализовано, хотя неотложность их не вызывала сомнений у моряков. В том числе предложения об условиях быта матросов:
«...Имея о вышних и нижних офицерах попечение, справедливо распространить оное и до самых матросов и других нижних чинов, и, сыскав отчего толь великое число оных ежегодно в комплект надобно бывает, и не теряются ли люди или излишним изнурением или наказательным небрежением, принять противу того так и к тому надежные меры, чтоб матросы и все нижние служители каждый в своем звании сведущи и научены были...»
Жизнь настоятельно требовала изменений в управлении флотом, и поэтому состав Адмиралтейств-коллегии был обновлен. К руководству пришли подлинные моряки-патриоты, в числе их Спиридов. Вместе с Мордвиновым, Чернышевым и Милославским он был включен и в учрежденную специальным указом 17 ноября 1763 года «Морскую Российских флотов и адмиралтейского правления комиссию для приведения оной знатной части [флота] к обороне государства в настоящий постоянный добрый порядок». Задачи комиссии определялись теми же соображениями, которые Мордвинов и Спиридов представляли двумя годами ранее:
«...Памятовать надлежит, что сила и знатность флота не в одном великом числе кораблей, матросов и корабельных пушек состоит, но что, во-первых, и главнейше потребны к тому искусные флагманы и офицеры, а потом такое благоразумное и запасное во всем учреждение, чтоб случающиеся разными внезапными приключениями утраты скоро и надежно награждаемы быть могли; без того ненадолго станет какой бы великий флот теперь вдруг построен ни был, без того самый лучший и на самых неоспоримых надежностях основываемый вами план никогда во исполнение приведен быть не может, если недостанет также искусных и также ревностных исполнителей...»
Эта комиссия по сути была малой, рабочей, Адмиралтейств-коллегией. Она и явилась инициатором всех дел, прославивших флот в годы, предшествовавшие Архипелажской экспедиции.
Из числа плаваний, осуществленных в то время (при самом активном участии Спиридова, Нагаева, Мордвинова в организации их), особенно выделяются два: поход фрегата «Надежда Благополучия» из Кронштадта в Ливорно и экспедиция под командованием капитана 1 ранга Чичагова из Кольского залива к Шпицбергену и Северному полюсу.
Первый поход состоялся в связи с ходатайством группы тульских купцов, подавших на имя Екатерины следующее прошение:
«...Услышали мы от действительного статского советника Теплова, что ваше императорское величество желаете, чтобы русские купцы имели из Петербурга торговлю в Средиземном море; и для того сложились мы акциями, по 500 рублей, для составления капитала, а именно: тульские купцы Иван Владимиров — 100 акций, Ларион Лучинин — 30 акций, Михаил Пастухов — 20 акций, Михаил Грибанов — 10 акций. Да к числу оных и г. Теплов в компанию нашу идет, полагая своих 20 акций. Итого — 180 акций, 90 000 рублей.
А к тому испрашиваем милости:
1) Чтобы ваше императорское величество приняли нашу компанию для первого опыта в единственное свое покровительство.
2) Чтобы объявить нам лицо, через которое входили бы мы с нашими прошениями.
3) Чтобы нам пожалован был на первый случай нарочно к тому построенный фрегат о 30 пушках, с потребным числом офицеров и матросов и с дозволением принять на наш счет иностранных служителей, сколько потребуется.
4) Так как мы можем опыт сей произвести только при помощи вашего императорского величества, то просим все расходы по фрегату производить от казны, почитая оный за наемный, а все купеческие фрахты по товарам принимаем на себя.