Переведен из Азовской флотилии в Санкт-Петербургскую корабельную команду.
20 августа
— Произведен в капитан-лейтенанты.
Назначен на фрегат «Северный Орел» для участия в Архипелагской экспедиции в Средиземное море по проводке через проливы в Черное море трех фрегатов под торговыми флагами.
15 июня — 12 сентября
— На фрегате «Северный Орел» под командой капитана 2 ранга Т. Г. Козлянинова совершил переход из Кронштадта в Средиземное море по маршруту: Копенгаген — Английский канал — Атлантический океан — Гибралтарский пролив — порт Магон-Ливорно.
12 сентября
— По прибытии в Ливорно назначен командиром фрегата «Св. Павел». Командуя фрегатом «Св. Павел», совершил переход Средиземным морем из Ливорно в Мессину и далее в порт Мандра на остров Лонго в Архипелаге.
14 января
— Командуя фрегатом «Св. Павел», совершил переход от острова Лонго через Архипелаг, Дарданеллы, Мраморное море в Константинополь.
Октябрь
— После девятимесячного пребывания в Константинополе ввиду отказа турецкого правительства пропустить фрегаты в Черное море, командуя тем же фрегатом, возвратился в Ливорно.
Командуя фрегатом «Св. Павел», плавал между Ливорно и Гибралтаром.
24 мая
— Командуя фрегатом «Св. Павел», возвратился из Средиземного моря в Кронштадт. Командуя фрегатом «Св. Павел», был послан к шведским шхерам «для осмотра стоявших там судов».
Май
— Назначен командиром корабля «Георгий Победоносец». Командирован в Санкт-Петербургскую корабельную команду.
Декабрь
— По поручению Адмиралтейств-коллегии командирован в Рыбинск и Тверь для доставки в Санкт-Петербург корабельного леса.
Август — 75 сентября
— Командовал придворными яхтами на реке Нева до половины сентября, после чего был откомандирован в Кронштадт.
Сентябрь
— Назначен командиром 64-пушечного корабля «Виктор».
Март
— Командуя кораблем «Виктор», в составе эскадры контр-адмирала Я. Ф. Сухотина, назначенной для защиты нейтральной торговли в соответствии с условиями «вооруженного нейтралитета», совершил переход из Кронштадта в Средиземное море.
Май — август
— В составе эскадры контр-адмирала Сухотина, командуя кораблем «Виктор», плавал в Средиземном море.
1 января
— Произведен в капитаны 2 ранга. Командуя кораблем «Виктор», вернулся из Средиземного моря в Кронштадт.
Июль
— Назначен командиром на вновь построенный фрегат «Проворный».
2 августа—11 сентября
— Плавал в Балтийском море от Кронштадта до Ревеля, производя ходовые испытания фрегата «Проворный», обшитого белым металлом, и фрегата «Св. Марк», обшитого медью.
Июнь
— Переведен в Черноморский флот с назначением командиром строившегося в Херсоне корабля № 4. В Херсоне принимал деятельное участие по борьбе с чумой, за что получил благодарность.
1 января
— Произведен в капитаны 1 ранга.
3 мая
— Получил благодарность Адмиралтейств-коллегии за успешные действия по борьбе с чумой. Награжден орденом Св. Владимира 4-й степени за успешную деятельность по борьбе с чумой в Херсоне. Назначен командиром вновь построенного линейного корабля «Св. Павел».
Май — август
— Командуя линейным кораблем «Св. Павел», руководил его проводкой по Днепру от Херсона до Глубокой пристани, где были осуществлены постановка мачт, вооружение такелажем и парусами и установка артиллерии. Подготовив корабль к плаванию, совершил переход Днепровским лиманом и Кинбурну и далее Черным морем в Севастополь. В составе корабельной эскадры вместе с экипажем корабля участвовал в строительстве Севастопольского порта (пристаней, складов, жилых помещений и пр.).
Командуя кораблем «Св. Павел», находился в составе Севастопольской корабельной эскадры под командой капитана 1 ранга М. Войновича.
16 мая
— Произведен в капитаны бригадирского ранга.
10 июля — 2 августа
— Командуя кораблем «Св. Павел» и одновременно 3-й эскадрой корабельного флота, находился в практическом плавании в Черном море от Севастополя до Феодосии.
3—12 августа
— Соединившись в море с остальным флотом под командой контр-адмирала М. Войновича, продолжал плавание у берегов Крыма.
31 августа — 21 сентября
— Командуя в начале войны с Турцией авангардом в составе Черноморского корабельного флота под командой контр-адмирала М. Войновича, на корабле «Св. Павел» вышел из Севастополя к румелийским берегам для поиска турецкого флота. При подходе к Варне у мыса Калиакрия флот был застигнут жестоким штормом, продолжавшимся пять дней, во время которого корабль «Св. Павел», потеряв две мачты, был отнесен к берегам Абхазии. Ведя неустанную борьбу за спасение сильно поврежденного корабля, Ушаков привел корабль в Севастополь.
Ноябрь 1787 г. — февраль 1788 г.
— Ввиду болезни бригадира П. Алексиано, назначенного начальником Лиманской корабельной эскадры, был командирован в Херсон для принятия этой эскадры. Пробыв здесь до марта, без ведома Потемкина отправлен контр-адмиралом Н. Мордвиновым в Севастополь к месту службы, за что Мордвинов получил выговор от Потемкина, считавшего нужным поручить Ушакову руководство боевыми действиями на Лимане.
Март — июнь
— Продолжая командовать кораблем «Св. Павел» и авангардом флота, находился в Севастополе.
18 июня — 8 июля
— Командуя тем же кораблем и авангардом, вышел в составе флота из Севастополя к румелийским берегам для поиска турецкого флота.
3 июля
— В сражении с турецким флотом у острова Фидониси блестящими действиями своего авангарда расстроил замыслы турецкого командования и нанес поражение противнику, вынудив его к поспешному выходу из боя.
Август
— За отличное руководство в сражении у острова Фидониси награжден орденом Св. Владимира 3-й степени.
24–26 августа
— Командуя кораблем «Св. Павел» и авангардом флота под командой контр-адмирала М. Войновича, выходил в море для прикрытия берегов Крыма ввиду появления перед Севастополем турецкого флота.
22 октября
— За храбрость и мужество в сражении у острова Фидониси награжден орденом Св. Георгия 4-й степени.