Это была уже беспрецедентная критика не только Попова, но и генерал-адмирала. Резкостью своего выступления Григорий Иванович не приобрёл сторонников, зато нажил влиятельных врагов. Какая муха его укусила, непонятно. Общее состояние броненосного флота России, обрисованное им в своём выступлении, было незавидным, это все и без него знали, начиная с генерал-адмирала. Ничего нового он не открыл. Вопрос стоял о том, как выкрутиться из создавшегося положения при ничтожных средствах. Бутаков говорил всё правильно, но он ломился в открытые ворота, от него ждали совсем другого. С этого драматического выступления карьера Григория Ивановича бесповоротно покатилась вниз. Грешным делом, я думаю, что его хорошо «подогрела» Амалия Арсеньевна, люто ненавидевшая Попова, — за что, так и осталось неизвестным.
Видимо решив, что терять больше нечего, в марте Бутаков на очередном совещании в Морском министерстве вновь выступил с резким заявлением, которое вызвало бурю возражений. На этот раз он подверг жёсткой критике состояние обороны северных заграждений Кронштадта, утверждая, что противник может направить в Финский залив до 200 паровых баркасов и катеров, которые прорвут оборону Кронштадта. Никого адмирал особенно не убедил в этих страстях-мордастях, но на всякий случай решили оборону усилить. Когда начались боевые действия на Чёрном море, Константин объявил, что принимает на себя командование Балтийским флотом Это был удобный вариант смещения Бутакова с должности. Его назначили начальником отряда броненосной эскадры, состоявшего из двух броненосных батарей, шести мониторов и трёх винтовых деревянных канонерских лодок. Начальником штаба ему прислали старого коллегу по службе морским агентом Александра Егоровича Кроуна.
Отряд базировался в Свеаборге. Что означало такое перемещение по службе, Григорий Иванович и Амалия Арсеньевна уяснили очень быстро — семейный бюджет сократился на десять тысяч рублей. Старый друг Лесовский, как мог, старался смягчить удар, по крайней мере, с моральной стороны. Он просил Константина поручить Бутакову стать помощником управляющего Морским министерством «для разработки коренных вопросов техники», возложить на него оборону портов. Всё бесполезно. Великий князь ничего даже слушать не хотел. В мае Константин вызвал Григория Ивановича только лишь для того, чтобы обсудить с ним вопросы «сочетания плавания наших эскадр с делом минного заграждения наших портов». Генерал-адмирал поручил Бутакову разработать план обороны Кронштадта минными заграждениями, прикрываемыми артиллерией мониторов. Григорию Ивановичу ясно дали понять, что отныне он будет выполнять только отдельные поручения и больше не будет иметь той самостоятельности, какую ощущал в должности начальника броненосной эскадры.
Оскорблённый Бутаков написал рапорт на имя Лесовского с просьбой передать командование мониторами младшему флагману, указав в качестве причины: «здоровье моё было значительно потрясено в текущую зиму». Позже, трезво поразмыслив, он забрал назад этот рапорт. Отныне он получал все указания не лично от генерал-адмирала или управляющего Морским министерством Лесовского, а из инспекторского департамента. В июне Григорию Ивановичу предписали создать команды для минирования балтийских портов. Уже не с вице-адмиралом согласовывали вопросы, а его обязывали действовать «по соглашению с заведующим минной частью флота контр-адмиралом Пилкиным», который был к тому же младше его по званию.
Под руководством генерала Эдуарда Ивановича Тотлебена Бутаков участвовал в разработке плана по усилению обороны Финляндии в случае войны с Англией. На Чёрное море Григория Ивановича не пустили, туда поехали воевать его ученики. Он внимательно следил за всеми перипетиями военных действий на море, подавая время от времени рапорты управляющему Морским министерством Лесовскому со своими замечаниями и предложениями.
В декабре 1877 года Бутаков написал ему: «…Наши ночные и дневные атаки были беззаветная удаль, хотя потопили только одно судно на якоре в реке. Нет опыта атаки на Чёрном море больших судов со скоростью 12–13 узлов миноносками. Для этой цели одной удали недостаточно, надо искусство, навыки практические. Шанс на успех 2,5 процента Нужно строить несколько десятков минных шлюпок. Хорошо, чтобы с минами Вайтгеда, т.к. неприятельское судно на ходу окружает длинными рейками с леерами из проволочного троса».