Но как можно было служить, если оба, Константин и Бутаков, не могли простить друг другу, один — критику, высказанную в оскорбительной для брата царя форме, второй — жестокое наказание за неё. В феврале Бутаков написал свои замечания на записку о программе кораблестроения на 20 лет, которые вновь вызвали раздражение великого князя. Григорий Иванович писал, что Россия — государство бедное, не может себе позволить иметь сильный флот на Чёрном море и на Балтике. Он высказывал опасение, что усиление Черноморского флота вызовет ввод английского флота в Чёрное море. Бутаков предлагал создать сильный флот на Балтике, на Чёрном море держать учебный флот, а на Дальнем Востоке — только канонерские лодки. Жизнь показала, что адмирал был неправ: следующая война началась как раз на Дальнем Востоке, куда пришлось направить большие корабли с Балтики. И закончилось всё Цусимской трагедией, оставившей глубокий рубец в истории России. Через два месяца после назначения Бутакова произошло событие, которое оказало огромное влияние на судьбы многих людей — народовольцы убили императора Александра II. Григорий Иванович дал телеграмму брату, находившемуся в Москве: «Поспеши приездом по случаю восшествия на престол государя императора Александра Александровича». Все понимали, что последуют перемены. Вместо Лесовского временно исполняющим обязанности морского министра назначили Пещурова. Он потребовал от Бутакова скорейшего заключения контрактов с Балтийским заводом на строительство броненосного фрегата «Владимир Мономах». Григорий Иванович отказывался это сделать, доказывая, что цены на выполнение заказов завышены.
Председателем кораблестроительного отделения морского технического комитета был Андрей Александрович Попов, который не скрывал своего возмущения действиями, а точнее бездействием, Бутакова. Руководство Балтийского завода, чтобы не срывать сроков изготовления фрегата и механизмов, распорядилось приступить к постройке. При этом строители не имели от морского министерства ни наряда, ни полномочий для ведения работ. Строительство началось без контроля со стороны военных, из материалов, привезенных из-за границы без письменного согласия Морского министерства. 12 мая Бутаков получил строгое замечание от генерал-адмирала за то, что контракты с Балтийским заводом не заключены. После чего Григорий Иванович написал очередной рапорт управляющему Морским министерством. Содержание рапорта вызывает недоумение. Видимо, Бутаков всё не мог забыть, что управляющий Морским министерством контр-адмирал Пещуров был когда-то его подчинённым в Англии во время службы военно-морским агентом. На основании материалов, собранных капитаном над портом Николаем Васильевичем Копытовым, Бутаков до этого уже четыре раза писал Пещурову, сообщая ему о своём требовании правлению Балтийского завода снизить стоимость заказов на 1 086 740 рублей. И каждый раз Пещуров отвечал, что стоимость заказа необходимо оставить в том виде, как её представляет завод. Управляющего Морским министерством можно было понять: вопрос стоимости постройки фрегата согласовали давно, ещё до назначения Бутакова, который занялся ревизией ранее принятого решения.
В своём последнем рапорте Григорий Иванович, обвинил Пещурова в том, что тот дал устное согласие на использование металла, купленного за рубежом Тогда устное распоряжение Пещурова оформили соответствующим распоряжением канцелярии министерства. Вместо того чтобы принять к исполнению решение, Бутаков написал, что просит возложить на канцелярию, «как ведающую под непосредственным Вашим руководством всеми расчётами с этим заводом, или на другое учреждение министерства, и заключение самого контракта с Балтийским заводом». Это был откровенный вызов.
В общем, Григорий Иванович не только вдрызг разругался с правлением Балтийского завода, но и пошёл на открытый конфликт с управляющим Морским министерством. Стоит ли удивляться тому, что адмирал получил соответствующую отповедь. Но Григорий Иванович продолжал упорствовать. А дальше происходит вообще невероятное! В газету «Голос» неведомым путём попали выписки из секретных рапортов Бутакова управляющему Морским министерством. Корреспондент газеты, основываясь на утверждениях адмирала, написал большую статью, в которой разоблачал правление Балтийского завода, которое якобы наживается на военных заказах, невероятно завышая их стоимость. Нетрудно себе представить реакцию в Морском министерстве и на Балтийском заводе. Началась полемика в печати. Великий князь через управляющего Морским министерством потребовал от Григория Ивановича объяснений. Теперь Бутакову пришлось оправдываться, каким образом секретные сведения попали в открытую печать. Григорий Иванович выражал недоумение, откуда шла утечка информации, утверждал, что копии его рапортов лежали в бюро вместе с деньгами, и ничего у него не тронуто. Его объяснения министру читались как: ищите утечку у себя в канцелярии.