Правильно говорят, что умные люди ещё не самые лучшие. Иван Алексеевич был не только умным, но и коварным человеком. Он не собирался начинать свою деятельность на посту управляющего Морским министерством с продолжения войны с Бутаковым, которую вёл его предшественник, и водил Григория Ивановича за нос, изображая интерес к его предложениям. Вот записка Шестакова от 13 января, которую он послал Бутакову: «Прикажи Кутейникову (Николай Евлампиевич Кутейников в ту пору был старшим кораблестроителем. — Примеч. авт.) представить чертежи в отделение, где проверят вычисления и тотчас же мне доложат. Хотел бы видеть их в пятницу утром в Адмиралтействе. Преданный И. Шестаков». «Преданный» Иван Алексеевич поступил с Бутаковым довольно подло. Он сочувственно его выслушивал, давал понять, что они заодно, всячески и вполне искренно ругал великого князя Константина, который уже был отстранён от руководства флотом.
Но Григорию Ивановичу, приободрившемуся после увольнения генерал-адмирала, не могло и в голову прийти, что Шестаков за его спиной проделал огромную работу, чтобы обойти всех конкурентов и добиться должности управляющего Морским министерством. Когда же вопрос о ею назначении был кулуарно решён, то первое, что сделал «преданный друг», — попросил великого князя Алексея, сменившего Константина, «развести» его с Бутаковым. Тот охотно согласился, поскольку недолюбливал Григория Ивановича, и пообещал поговорить об этом с царём В сентябре состоялось заседание адмиралтейств-совета, под председательством управляющего Морским министерством для разрешения конфликтной ситуации, о чём так ратовал Бутаков. Григорий Иванович собирался выступить на нём с докладом, но ему дали время только для выступления, как и всем остальным. Он рассчитывал на поддержку Шестакова во время разбора дела на адмиралтейств-совете, но жестоко просчитался: тот поддержал его противников. Бутаков остался в одиночестве. Он всё ещё продолжал считать случившееся на совете недоразумением, не хотел замечать предательства Шестакова, продолжал на что-то надеяться. Через три дня после заседания адмиралтейств-совета Ивана Алексеевича Шестакова назначили управляющим Морским министерством Это оказалось полной неожиданностью для Бутакова.
Когда Константина сменил великий князь Алексей, Григорий Иванович настроился на длительную работу. Он даже дал объявление в газетах о том, что «всем служащим, имеющим сообщить о каких-либо технических приспособлениях в судостроении, представляется свободный доступ к нему». Но теперь ему всё стало ясно. С Андреем Александровичем Поповым они воевали с поднятыми забралами, по принципиальным вопросам. А Иван Алексеевич Шестаков, продолжая выдавать себя за друга, нанёс ему удар в спину. А тем временем Шестаков, Алексей и царь решали его судьбу. Александр III согласился с предложением хитроумного Шестакова назначить Григория Ивановича в Государственный совет. Решили до времени об этом не объявлять. Уволили Григория Ивановича Бутакова из Морского министерства тихо, без скандала, можно даже сказать, изящно. Сначала Санкт-Петербургский порт перевели во 2-й разряд, и Бутаков снова потерял в окладе, а потом должность главного командира порта вообще упразднили. Григорий Иванович оказался за штатом. Вот тогда-то Бутакову и предложили место в Государственном совете. Как отметил в своих дневниковых записках Шестаков, Григорий Иванович понял, что потерпел окончательное поражение. Он был полностью сломлен. Человек, которого он считал другом, оказался врагом.
Ею навсегда отлучили от морской службы. Тогда, как удовлетворённо отметил Шестаков, Григорий Иванович попросил лишь сохранить ему прежнее жалованье, и «совсем успокоился». Умело избавился Иван Алексеевич и от капитана 1-го ранга Николая Васильевича Копытова, ближайшего соратника Бутакова в борьбе с Балтийским заводом Ему присвоили звание контр-адмирала и отправили из Петербурга командовать отрядом судов в Тихом океане вместо контр-адмирала Асланбегова. Бутаков тяжело переживал случившееся, даже слёг. Но это был не последний удар судьбы. 18 апреля ему сообщили о скоропостижной кончине его брата Ивана, генерал-адъютанта, вице-адмирала, эскадр-майора царя (эскадр-майор заведовал царскими судами. — Примеч. авт.). Обрушившееся на него несчастье окончательно подавило адмирала. У него остались только два близких друга — Александр Павлович Жандр и тяжело больной Степан Степанович Лесовский. В последний день мая 1882 года состоялось заседание Государственного совета. Бутаков чувствовал себя неважно. Можно было бы и пропустить заседание, сославшись на недомогание, но адмирал, у которого дисциплина была в крови, пошёл. С трудом досидев до его окончания, он заторопился на пристань, откуда отправлялся небольшой пароходик в Выборг, куда уже выехала на дачу его семья. По пути он зашёл попрощаться с вдовой брата, которая жила на Сергиевской улице. Коротко переговорив с ней, Бутаков дошёл до Фонтанки и там нанял ялик, чтобы доехать до пристани. Примерно на полпути ему стало плохо. Он попытался встать и тут же мёртвый рухнул на дно лодки. Перепуганный до полусмерти яличник довёз тело до Выборгской стороны, где вызвал полицейских. Тело Бутакова привезли в полицейский участок, а на следующий день сообщили в Морское министерство.