Нужно заметить, что он запросто мог так поступить, оставить лекаря в Петропавловске без всяких средств существования. Однако такой номер у него не прошёл. Медик помчался жаловаться старшему офицеру, и Бутаков от имени всех офицеров твёрдо заявил, что без штаб-лекаря никто из них в море не выйдет. С того момента началось открытое противостояние капитана и офицеров, прежде всего Алексея Бутакова и Юнкера Обязанности разделились: Юнкер пьянствовал на берегу, спуская последние казённые копейки, а Бутаков готовил судно к длительному переходу. Страннолюбский, несмотря на причинённую ему обиду, помогал всем, чем мог, а главное — организовал лечение больных матросов и офицеров на целебных Паратунских ключах. Командир «Або» прибыл с берега на судно в середине ноября. На последние деньги Юнкер купил упряжку из двенадцати собак и нарты, для подарка царю. Побеспокоился он и о юколе, чтобы кормить собак в пути. Слава Богу, хоть о собаках подумал. В конце ноября бухта оказалась уже схвачена льдом Градусник давно показывал минус десять. Неделю ручными пилами пропиливали во льду канал, чтобы выйти из Петропавловской гавани в Авачинскую губу. Делать эту работу матросам приходилось, стоя по колено в ледяной воде. Наконец 24 ноября с некомплектным экипажем оставили Камчатку, и вышли в открытое море.
Наверно, если специально придумывать всякие козни и испытания для моряков «Або», то вряд ли можно додуматься до того, что им довелось пережить за время плавания. Юнкер, учитывая, что денег на покупку продовольствия и воды практически нет, решил максимально сократить обратный путь. Если обычно капитаны заходили на Гавайские острова, чтобы освежить команду, дать ей возможность отдохнуть от судна на берегу, купить свежих фруктов и овощей, чтобы уберечь людей от цинги, то командир «Або» приказал следовать курсом на Рио-де-Жанейро, не делая остановок в пути. После того как вышли из Авачинской губы, начался самый трудный этап плавания. Влажный снег огромными хлопьями налипал на снасти, рангоут, паруса, глыбами обрушивался с них на палубу. Тонкий слой льда превратил палубу в сплошной каток. Чтобы не скатиться за борт, натянули вдоль палубы леера. Днём и ночью убирали лопатами снег и скалывали лёд. На руки матросов страшно было смотреть. Когда спустились южнее, мороз и снег сменились на штормовой ветер и огромное волнение. Длилась эта пытка почти месяц. 11 декабря огромный вал вкатился с кормы на транспорт, сломал шлюпку и едва не перевернул орудие. Вода вдавила медные решётки люков, а рулевых и вахтенного офицера отбросила к бортам, чудом не смыв их за борт. Воду с палубы вычерпывали потом вёдрами. В каютах и в жилой палубе был настоящий вселенский потоп.
Постоянная сырость, невозможность высушить одежду и постель, отвратительное питание, огонь было не развести, поэтому ели сырую солонину с остатками сухарей, всё это в сочетании с тяжелейшим трудом привело к естественному результату — страшной спутнице моряков, цинге. Не было не только свежего продовольствия, но и водки, без которой на солонину противно было даже смотреть, а не то что есть. Офицеры отдали в лазарет своё продовольствие, закупленное ими для кают-компании. Сами питались наравне с матросами. Цинга тоже не обошла их стороной. Чем питался Юнкер со своими «возлюбленными», никто не знал, да и не интересовался. В те времена на кораблях было принято, чтобы капитан по очереди приглашал к себе на обед офицеров. А те в свою очередь приглашали его на обед в кают-компанию.
Капитан попытался воспользоваться этим обычаем, чтобы расколоть дружное офицерское общество. Но из его затеи ничего не вышло. Офицеры категорически отказывались от капитанского приглашения на обед, а о том, чтобы позвать его в кают-компанию, не могло быть и речи. С ним никто не разговаривал: только «есть» и руку к козырьку. Как рассказывал брату Алексей Бутаков, «общество офицеров было прекрасное, ни малейшей ссоры, раздоров в течение двухлетнего плавания». Это большая редкость в условиях физической и моральной усталости при постоянном нахождении в замкнутом пространстве, невозможности побыть одному. Юнкер попытался «по-доброму» договориться с офицерами, чтобы те подписали шнуровые книги записи расходов.