30 августа вошли в знакомый Портсмут. Снова заняли для ремонта и покупки продовольствия деньги у русского консула. После недолгого пребывания в английском порту вновь вышли в море. В Северном море попали в сильный шторм, получили повреждения, и для Юнкера появился прекрасный повод зайти в Копенгаген. Он проворно обошёл всех в городе, у кого можно было занять денег, и, ощутив при их виде второе дыхание, наплевал на запрет Ломоносова, решил никуда дальше не идти, а остаться зимовать у датчан. На счастье экипажа, в Копенгаген зашёл пароходо-фрегат «Камчатка», который перегонял из Америки капитан 1-го ранга Иван Иванович Шанц, назначенный его командиром Шанц когда-то служил вместе с Юнкером и знал того как облупленного. Капитан 1-го ранга, выслушав офицеров «Або», пригрозил Юнкеру, что сам отведёт транспорт в Кронштадт на буксире, если тот не покинет Копенгаген. Иван Иванович был из тех, кто своими словами не бросается, и бывший сослуживец с досадой подчинился.
«Або» пришёл в Кронштадт 13 октября 1842 года, пробыв в плавании под парусами 468 дней. Из 82 человек экипажа домой вернулись двадцать девять. Юнкер запретил офицерам в течение трёх дней сходить с судна, а сам ринулся к высшему начальству. Он обвинил офицеров, и прежде всего Алексея Бутакова, во всех грехах, представив всё так, будто офицеры были в сговоре против своего капитана Кому верят в подобных случаях, начальнику или подчинённым? Ответ на этот вопрос знает каждый. Без сомнения, начальник главного морского штаба адмирал Александр Сергеевич Меншиков, человек умный, понял, что ошибся, назначив Юнкера командиром, но не хотел каяться перед царём в своём промахе Он дал понять главному командиру Кронштадтского порта адмиралу Фаддею Фаддеевичу Беллинсгаузену, что нужно как можно поскорее замять эту историю. Офицеров принялись по одному вызывать «на ковёр» к начальнику. Беллинсгаузен, выслушивая каждого, сочувственно кивал головой, возмущался, а потом… настаивал подписать шнуровые книги, представленные Юнкером. Офицеры при всём уважении к заслуженному адмиралу категорически отказались это сделать, словом, оказались непонятливыми, чем вызвали гнев уже Беллинсгаузена Как не хотелось Меншикову объясняться с царём, так не хотелось и адмиралу беспомощно разводить руками перед начальником Главного морского штаба Окончилось всё тем, что Меншиков приказал принять шнуровые книги без подписей офицеров и никаких претензий по записям в них не предъявлять. Все долги Юнкера оплатили из сметы морского министерства
Мне это напоминает времена моей службы. На службе принципиальность ценится не всегда Иногда начальство хочет, чтобы подчинённые были «гибче» и «понятливей». Но при этом, если что случится, без зазрения совести свалит всё на них же. Любой морской офицер, в том числе и автор, могли бы привести по этому поводу массу примеров. Стоит ли удивляться, что офицерам транспорта «Або» долго не забывали отказ в адмиральской просьбе. Им выдали деньги за дальний вояж, но лишили наград. Алексей Бутаков в письме к Григорию констатировал: «Капитан наш оказался подлецом в высшей степени, который ухнул тысяч 50 или 60 казённых денег, переморил 20 человек команды из 60, и бесчестил собой русский мундир во всех частях света». Тем не менее тому всё сошло с рук. Юнкера тоже лишили награды, но все же оставили командовать транспортом, а всех офицеров распределили по разным судам, Фридерикса отправили на Каспийское море, что было равносильно ссылке.
Три года Бутаков провёл на кораблях, которые плавали в Финском заливе либо стояли на рейде, а в основном находился в Кронштадте. Ни о каком повышении не шло и речи. Единственный раз ему удалось проявить свои организаторские способности, когда выполнял задание артиллерийского департамента военного министерства по перевозке пороха на гражданском судне с Охтинских пороховых заводов в Ригу.