«Мы отрезаны от остального человечества и знаем новости только из газет», — сетовал он. В 1862 два парохода, «Арал» и «Сырдарья», под руководством Алексея Ивановича собрали и спустили на воду Аральского моря, а в следующем году завершили сборку понтонного дока. Бутаков со своими подчинёнными исследовал Сырдарью на участке протяжённостью в 1500 вёрст от устья реки. Несведущий человек может подумать: «Эка невидаль плавать по реке. Вот два берега и плыви между ними». На самом деле речная навигация — вещь исключительно сложная, особенно на таких реках, как Амударья и Сырдарья. Но в подробности вдаваться не будем. Специалист и так понимает, а далёкий от морского дела читатель пусть верит автору на слово, которому преподавали соответствующий предмет в военно-морском училище. В августе 1863 года командир отдельного Оренбургского корпуса получил приказ откомандировать Алексея Бутакова для продолжения службы на Балтийском флоте. Наконец-то, слава богу! Почти шестнадцать лет провёл Алексей Иванович в Средней Азии, на окраине империи, способствуя продвижению России на юг.
Его однокашник, Краббе, к тому времени уже три года управлял Морским министерством, сделав невероятную карьеру, находясь постоянно в поле зрения большого начальства в Петербурге. При этом он не совершил ни дальних плаваний, ни великих военных подвигов. Не отрицая того, что Николай Карлович Краббе был очень умным человеком, скажем, что и Алексей Иванович был не глупее и насмотрелся на службе всякого. Да что Краббе! Вон младший брат Григорий уже давно стал контр-адмиралом, генерал-адъютантом А старший брат проторчал большую часть своей службы на маленьких судёнышках в жутких условиях в таких местах, откуда дальше и послать нельзя. Тарас Григорьевич Шевченко так отозвался об Аральском море: «…плавал по нему два лета. Господи, какое мерзкое! Даже вспоминать противно, не то, что рассказывать добрым людям». А Бутаков проплавал на нём пятнадцать лет!
В столице горечь, которую испытывал в душе Алексей Иванович, прошла. Его встретили прекрасно. По представлению Краббе 19 апреля 1864 года Бутакова назначили исправляющим должность начальника штаба практической эскадры, которая состояла из броненосных судов. Ему присвоили звание контр-адмирала с назначением в свиту царя и дали особую пенсию, которая называлась аренда, в 1500 рублей, сроком на двенадцать лет. Казалось, что вот наконец-то по достоинству оценили и начнётся настоящая служба, по уму и по способностям. Но, увы, здоровье было непоправимо подорвано постоянным напряжением физических и духовных сил, плохим питанием, отвратительной водой, постоянным пребыванием в непривычном климате. Болела печень, после стольких лет, проведенных в Средней Азии, невозможно было не заразиться гепатитом там, где ни о какой санитарии даже и речь не шла. В столице его смотрели и слушали лучшие врачи, но ничего обнадёживающего они не сказали.
На следующий год Бутакова назначили командовать отрядом судов на Неве, затем младшим флагманом на броненосную эскадру. Он командовал шхерной эскадрой из десяти мониторов. Плавал с этими первенцами русского броненосного судостроения в Стокгольм. Посыпались ордена, как юбилейные медали в конце жизни на наших ветеранов: шведский — Святого Олафа, итальянский — Святого Маврикия и Лазаря. На следующий год — Святого Владимира 3-й степени, через год — Святого Станислава 1-й степени. Украшали красивыми железками, стараясь в какой-то степени загладить вину перед человеком, которого продержали столько лет там, куда ссылали только государственных преступников, либо тех, кого таковыми считали. Служить на море ему стало невмоготу по состоянию здоровья. Алексея Ивановича перевели на берег членом артиллерийского отделения Морского технического комитета. Там он встретил своего однокашника по Морскому корпусу, Невельского, которого назначили членом Морского учёного комитета. Тот тоже угробил своё здоровье на Дальнем Востоке. Что-то общее было в судьбах этих двух человек. Но даже в тех комитетах, где никто не надрывался от непосильного труда, им обоим было тяжело работать, оба без конца болели. Добросердечный Краббе, который особенно любил тех, кто никак не мог быть ему конкурентом, сначала перевёл Бутакова на должность эскадр-майора при царе, ведать царскими судами, а потом вообще освободил от обязанностей, назначив, чтобы можно было получать денежное содержание, в распоряжение главного командира Санкт-Петербургского порта.