Романтизм, благородные порывы, наивная вера в то, что он сумеет уничтожить воровство, процветающее в России веками, толкнули Бутакова на войну, которая оказалась труднее недавно окончившейся. Но уже первые шаги в этом направлении заставили его понять, что проще было стоять на мостике под вражескими ядрами, чем сражаться с чиновниками и торгашами. Понимать-то он понимал, что говорил ему отец, но всё равно ещё на что-то надеялся, о чём можно судить по отрывку из его письма капитану 1-го ранга Михаилу Павловичу Голицыну: «Мне нужна была для этого решимость, не содрогающаяся даже глаз на глаз со смертью, которая одна в состоянии понуждать на столь смелый шаг. Не боясь поднимать против себя, неопытного в законоведении, целую стаю опытных кляузников, прошедших на этом поприще огонь и воду, и, как акулы, чующие жирную добычу от раненого кита-подрядчика, совершенно готового сорить тысячами, когда в опасности его сотни тысяч и миллионы. Удобность выбранного мною случая состояла в том, что подрядчик был кругом виноват, и не заслуживал никакого сожаления, а главные из снисходительных к нему чиновников давно пользовались, и совершенно справедливо, плачевною репутацией, и, следовательно, также не заслуживали сожаления в том отношении, что на них разразится удар, прежде их миновавший, и минующий поныне столь многих, не менее их виноватых и запятнанных». Он думал о том, что «бедное отечество подтачивается страшным червем взяточничества, этою повсеместною нашею гангреною». И, как пишет дальше, «выбрал удобный случай, чтобы нанести, в пределах вверенного мне управления, удар всеобщему врагу».
Наивный прекраснодушный отважный моряк! Задача, которую он перед собой поставил, была сродни построению коммунизма в отдельно взятой стране, оказавшейся по воле судьбы Россией. На нашем веку мы насмотрелись всяких прожектёров на высоких государственных постах, но у тех, по крайней мере, были в распоряжении партия и государственный аппарат. В подчинении у Бутакова — в основном только скрытые недоброжелатели. Вначале генерал-адмирал поддерживал Григория Ивановича в его желании покончить с взяточничеством и мздоимством. Но хороший моряк и толковый офицер оказался плохим юристом и дипломатом Григорий Иванович раздражал многим и многих. Например, офицеры считали чудачеством, когда Бутаков, принимая доклады у себя в кабинете, давал подчинённому маленький листок бумаги, чтобы тот переписал отчёт. Метод обучения краткости изложения, конечно, своеобразный. Но это так, ерунда, мелочь. Бутаков всей душой хотел создавать новый флот, а ему досталось сокращать то, что ещё оставалось от старого.
Его захлестнула волна бумаг, связанных с увольнением людей, написанием ходатайств о назначении им пенсий, наград, рассмотрением бесконечных претензий и просьб. Петербург со своей стороны тоже требовал уйму справок, отчётов, донесений Кроме того, Григорию Ивановичу не давали покоя с многочисленными просьбами знакомые, жёны и вдовы известных адмиралов, всевозможные просители. На большинство этих просьб он отвечал твёрдым «нет!», хотя иногда следовало и согласиться. В 1863 году Бутакову аукнулся один из таких отказов.
Ему прислал конфиденциальную записку управляющий морским министерством Николай Карлович Краббе «Вдова вице-адмирала Ушакова, Екатерина Ушакова, просит пособие на уплату долгов на похороны мужа в 1856 году». Женщина обращалась тогда к Бутакову, но ответа не получила. Краббе интересовался, в чём же была причина такого бессердечного отношения к вдове, чтобы «оценить уважительность этой просьбы». Пришлось выкручиваться и оправдываться, что радости не доставило. Николай Михайлович Соковнин, боевой офицер, много лет командовал судами, в том числе фрегатом и пароходами, был на несколько лет старше Бутакова по выпуску. Во время обороны Севастополя воевал на 4-м бастионе, командуя левым флангом Получил контузию, чудом остался жив. Награждён за храбрость, произведен в капитаны 1-го ранга за отличие, оказался после войны, выражаясь современным языком, за штатом. Получал гроши, на которые нужно было ещё содержать семью.