Винить в своих бедах Бутакову нужно было только себя самого, сказались его стремительное восхождение по служебной лестнице и отсюда — административная незрелость. Не только безуспешной войной с казнокрадами занимался в тот год Бутаков. Он пытался бороться и с некоторыми традициями на флоте. До войны командиру судна, идущего за границу, предоставлялось право выбрать себе старшего офицера и ревизора (офицера, ведающего хозяйством на корабле).
Бутаков нарушил негласную традицию, поставив право выбора кандидатов командиром, в зависимости от результатов смотра судна, вернувшегося из крейсерства у берегов Кавказа. Он ввёл порядок: получил командир замечание — лишился этого права. Восторга это нововведение на флоте не вызвало. Что касается офицеров, то, по мнению Бутакова, на заграничное плавание могли претендовать только отличившиеся в шлюпочных гонках либо знающие иностранные языки и окончившие с отличием Морской корпус или Штурманское училище. Сам он, как мы помним, в Морском корпусе успехами особенно не блистал. Григорий Иванович также во всеуслышание заявил, что назначать офицеров в заграничное плавание по чьим-либо просьбам не будет. Конечно, просьбы родителей, родственников и покровителей назначить для службы за границей чьё-нибудь чадо не прекратились, но Бутаков, по его собственным словам, решительно им отказывал. Как там было на самом деле, достоверно неизвестно. Думаю, без исключений всё же не обошлось. Принципиальность самого Григория Ивановича тоже давала слабину, когда касалось его собственных родственников. Брат Алексей застрял на Сырдарье и надеялся, что Григорий, занявший такую высокую должность, поможет оттуда выбраться. По его письмам чувствуется, как там всё ему осточертело. В письме Алексея Ивановича, которое Григорий получил 26 января 1857 года, есть грустная строчка, являющаяся, в сущности, упрёком: «… Грицко, вот и декабрь на дворе, а мы всё здесь…»
Григорий Иванович делал всё от него зависящее, чтобы вытащить брата из Средней Азии. Он использовал все свои связи, обратился за помощью к севастопольцу, боевому товарищу, Виктору Илларионовичу Васильчикову, который после войны занял важный пост директора канцелярии военного министерства. Но князю Васильчикову удалось «пробить» только командировки Алексею в Петербург и за границу. Брату Владимиру Григорий помог получить назначение командиром парохода «Прут» на Чёрном море.
В том году в Петербурге наконец-то собирались вместе три брата Иван, Алексей и Григорий. Но хотя Алексей был самый старший, у него после фамилии стояла цифра 2, у Ивана — 3, а у Григория — 1. Далеко обошёл он своих братьев, те всё ещё носили погоны капитан-лейтенантов, а он был уже контр-адмирал. Братьев принял наследник цесаревич, пригласил их на обед. После этого Григория Ивановича буквально засыпали приглашениями на обеды и балы. Среди желающих видеть Бутакова было много видных сановников империи, например президент Академии наук граф Дмитрий Николаевич Блудов. Поскольку Григорий Иванович получил звание генерал-адъютанта, то ему пришлось дежурить во дворце, что позволило лишний раз пообщаться с царём, что было также неплохо для служебного роста
По возвращении в Николаев на Бутакова вновь обрушилась масса дел. В Лондоне работали отправленные по его ходатайству офицеры. Они занимались приёмкой строящихся пароходов, закупкой различных механизмов и машин, сбором новейших сведений по морскому делу. Он внимательно читал все их донесения, давал указания, как действовать и на что обратить особенное внимание. В Севастополе приступила к работе по подъёму затопленных судов американская фирма Джона Говена, заключившая контракт с кораблестроительной экспедицией Черноморского интендантства. В Англии закупили оборудование Мортонова эллинга для верфи вблизи Николаева, возобновилось строительство кораблей в Николаевском адмиралтействе. Обширную переписку Бутаков вёл со своими старыми товарищами: Андреем Александровичем Поповым, Иваном Фёдоровичем Лихачёвым, которые информировали его о новостях в кораблестроении и политике морского министерства. Великий князь приказал Бутакову оказывать помощь Николаю Андреевичу Аркасу по всем вопросам, с какими тот обратится. Аркас об этом знал, и его просьбы, в которых нельзя отказать, следовали одна за другой. Получилось, что Григорий Иванович фактически оказался в подчинении у Аркаса, тем более что о воссоздании Черноморского флота речь ещё не шла. Бутакова раздражали многочисленные обращения тех, кому очень трудно было отказать, например вдове покойного адмирала Лазарева. Та просила место для Людвига Опацкого, всячески расхваливала его, а Григорий Иванович знал, что этого проходимца, проворовавшегося архитектора, бывшего строителя канатного завода, и близко нельзя подпускать к казённой службе. Бессильная ярость охватывала его, когда вместо приёмки боевых кораблей отправленные им в Англию офицеры, оставив все неотложные дела, занимались яхтами для царского семейства. Но что они или он могли сделать? В общем, Бутаков тяготился службой на берегу и чувствовал себя не на месте. Он обратился к великому князю Константину с просьбой перевести его на Балтику. В ответ получил вежливое письмо Краббе, в котором сообщалось, что в просьбе Григорию Ивановичу отказано. Бутаков жаловался в частных письмах Головнину, что в его распоряжения постоянно вмешивались, забирали лучших офицеров для службы в пароходной компании Аркаса. Видимо, рассчитывая, что через Головнина его слова дойдут до великого князя, Григорий Иванович писал ему: «Неужели сочтут капризом, если я, видя невозможность делать какие-либо соображения для будущего устройства доверенного мне управления при таких распоряжениях, буду просить лечиться за границу от невыдуманной болезни?» Но эта слабая угроза на руководство морским министерством не подействовала.