Посему Григорий Иванович разрешил выдать на суда Русского общества пароходства и торговли только абордажное оружие. Однако нападений на суда больше не было. Любое начальство терпеть не может всевозможных обращений и жалоб. Приходится отвлекаться от важных общих проблем и заниматься маловажными, но вполне конкретными вещами. А кому это нужно? В 1859 году Бутаков написал секретную записку на имя генерал-адмирала о положении дел в Черноморском флоте. В ней он жаловался на отсутствие поддержки со стороны министерства и просил об увольнении с должности.
Радости это послание в Петербурге не вызвало, о чём можно было сделать вывод из последовавшего гробового молчания. Не получив ответа, Григорий Иванович вторично обратился к великому князю с просьбой разрешить ему уже лично доложить свои соображения. В ответ 16 марта контр-адмирал Николай Карлович Краббе прислал Бутакову телеграмму: «Государь император разрешил Вам отправиться на частном пароходе в Пирей к св. Пасхе для личных объяснений с генерал-адмиралом».
Результаты встречи неизвестны, но можно предполагать, что Бутаков получил какие-то обещания от Константина. Во всяком случае, после осмотра генерал-адмиралом портов Чёрного моря он отправил Григорию Ивановичу вполне доброжелательную телеграмму: «Посетив в последнее время разные пункты деятельности Русского Общества Пароходства и Торговли, я удостоверился в том, что оно приняло большое развитие и приносит несомненную пользу для промышленности России, торговли нашей, и в особенности, для развития нашего коммерческого мореплавания. В то же время, мне было весьма приятно узнать, что ваше превосходительство оказываете ему просвещённое содействие Ваше, и как главный учредитель оного, я прошу Вас продолжать содействовать деятельности Общества всеми зависящими от Вас средствами, за что я буду весьма Вам благодарен. Также сообщать директору-распорядителю Ваши полезные советы. Константин».
Разумеется, с настроением любыми путями перейти служить с Чёрного моря на Балтику трудно было ожидать от Григория Ивановича великих свершений. Пыл, с каким он вначале взялся за дело, давно угас. Уже не он беспокоится, а ему напоминали о запустении севастопольских кладбищ герои Крымской войны Павел Евстафьевич Коцебу и князь Виктор Илларионович Васильчиков. Они даже просили Бутакова поместить по этому поводу статью в «Морской Сборник», тем самым подталкивая его к действиям. Но, увы! Вице-адмирал Фёдор Фёдорович Матюшкин просил присылать для публикации сведения о Черноморском флоте.
Однако Григорий Иванович пребывал в депрессивном состоянии. Он ни от чего не отказался, но и не делал. Зато была полна кипучей энергии его жена. Из Симферополя она командовала мужу телеграммой в Николаев: «Приходи в Севастополь». Амалия Арсеньевна пребывала в постоянных разъездах: Крым, Петербург, Одесса. Перед возвращением домой она предупреждала; «Прибыла благополучно в семь с половиною, стоим в Парижской, вели печь исправлять, кролика не забудь. Амалия Бутакова». Словом, муж получал исчерпывающие указания, даже что приготовить на обед. Осенью Бутаков отправлялся на празднование Касперовской иконы Божьей Матери, история которой связана с военными событиями. По традиции ему полагалось там быть как старшему морскому начальнику. Касперовка — село близ Днепровского лимана. Но в тот год его взяла такая тоска, что он не поехал на праздник и сообщил жене об отказе от поездки в Касперовку. Та откликнулась радостной телеграммой: «Выезжаем в воскресенье утром, надеюсь быть вечером, нельзя ли маленький экипаж или шлюпку, боюсь моста. Сегодня в театре, всё кончили. Амалия Бутакова».
Под Новый год в Николаеве собралась вместе вся семья, кроме братьев Алексея и Ивана. Владимир, назначенный командиром шхуны «Соуксу», по приказу брата тоже прибыл на шхуне из Сухуми в Николаев. Как военный губернатор, Григорий Иванович ничего не сделал для благоустройства города. Самой большой проблемой Николаева было отсутствие нормального водопровода. Виктор Иванович Зарудный, один из офицеров, направленных за границу для сбора сведений и размещения заказов для военно-морского флота, пытался вдохновить Бутакова на строительство водопровода Он написал ему: «…меня мучит желание быть полезным по делу о снабжении Николаева водой. В Лондоне я пробыл всего два дня, но успел уже собрать кое-какие объяснения о современных гидравлических деятелях, и опять попалось имя Бетона и Амоса. Я был у них и просил сообщить, какую плату может потребовать один из фирмы для путешествия в Николаев, осмотра местности и составления плана. Представляя в то же время свой вопрос им, не как формальное предложение, а в виде собирания сведений. Процесс фильтрования в большом размере, и, скорее всего, нужен в Николаеве, как в Вене, в Париже, Лондоне. В процессах фильтрования воды сделаны в последнее время значительные усовершенствования. Если вашему превосходительству знать нужно план (так в тексте письма. — Примеч. авт.) снабжения водою Николаева, то Вы совершите подвиг, который при затруднительных препятствиях, неразлучных в нашей администрации, сделает честь Вашему имени на многие и многие годы».