Лейтенант Красовский, художник, которому Григорий Иванович добился разрешения учиться в Риме, писал, что жить не на что, нужны деньги для существования, и просил, либо не увольнять его со службы до 1863 года, либо дать ему за пятнадцатилетнюю службу какое-нибудь содержание или пенсию. В кипе бумаг, требовавших ответа, лежали письма вице-директора кораблестроительного департамента Александра Павловича Жандра и петербургских чиновников, которые предлагали кандидатуры своих людей на должности в Черноморское управление Контр-адмирал Сергей Степанович Нахимов ходатайствовал о денежном пособии для дочери подполковника корпуса морской артиллерии Луговского. Подполковник вернулся домой с войны инвалидом с нищенской пенсией, учить дочь было не на что. Таких бумаг Бутаков получал каждый день целые пачки.
А сколько неприятностей доставил ему игумен Евгений, настоятель Херсонесской церкви, который добивался выделения дополнительных участков земли для подворья Херсонесской обители! Священник был хитрым и нахрапистым человеком. Сначала он встретился с Амалией Арсеньевной. Жена Григория Ивановича так вошла в свою роль, что стала вмешиваться в служебные дела мужа. Она имела глупость пообещать игумену выделение земли, принадлежавшей флоту. Бутаков до такой степени под каблуком у жены не находился и наотрез отказал священнику. Обозлённый отказом игумен настрочил жалобу управляющему морским министерством, не преминув сообщить о «разрешении» от жены Бутакова, что, конечно, вызвало веселье в Морском министерстве. Но, мало того, игумен лживо обвинил морских офицеров в краже «церковных» мраморных плит. Бутакову пришлось объясняться и оправдываться, хотя все моряки знали, что именно попы нагло разворовывали то, что оставалось от Херсонеса, и вели незаконные раскопки.
Жаловалась брату — военному губернатору и родная сестра Вера, недавно вышедшая замуж, на то, что её обокрали. Бутаков вспоминал, как вначале у него голова шла кругом от всех этих просьб и жалоб, но потом освоился и стал, как положено чиновнику, реагировать прежде всего на бумаги, поступавшие из Петербурга. Контр-адмирал стал забывать, что просил перевода, уходить уже не хотелось, освоился, попривык и даже вошёл во вкус. Поэтому долгожданный приказ о переводе к новому месту службы стал для него неожиданным Администратором Григорий Иванович оказался неважным, хотя сам он так не считал. По поводу полученного приказа он высказался в письме к Амалии Арсеньевне так: «Меня хватили по лбу в январе 1860 года именно потому, что приобрёл нерасположение сволочи, хотя был очень популярен между дельными и правдолюбивыми людьми». А вот что записал в своём дневнике великий князь Константин: «20 января 1860… имел длинный разговор с Ламбертом о механизмах “Осляби”, “Богатыря” и “Пересвета”. Потом с Бутаковым о том, что я беру его из Чёрного моря сюда, что он вовсе не так принял, как я полагал». Видимо, великий князь искренно считал, что он осчастливил Бутакова. Но тот вместо своего хозяйского положения на Чёрном море становился одним из многих на Балтике. Так чему тут радоваться! Но думаю, что в отношении нечистых замыслов великого князя Григорий Иванович заблуждался. Скорее всего это были интриги Краббе. Кого Григорий Иванович считал сволочью, он так и не уточнил. Но жене, наверно, сказал.
Для пользы дела Константин решил заменить Бутакова на Богдана Александровича Глазенапа, опытного высокообразованного моряка, имевшего неплохой опыт управления Архангельским портом. Передав в апреле дела, Бутаков попросил Краббе одного из своих двух денщиков отправить в экипаж, а второго, видимо, более надёжного, Лазаря Емельянова, оставить «при багаже» в Николаеве у отца. Экономный контр-адмирал не собирался кормить денщика за свой счёт и попросил с 1 мая отпускать для этой цели провиант и прочее причитающееся своему отцу, вице-адмиралу в отставке.
Пересылкой вещей Бутаковых в Петербург занимался отец Амалии, врач Арсений Рожественский.