Амалия в том году родила сына и жила в Остаповке, где за ней ухаживали мать и сестра Григория Ивановича. Амалия Арсеньевна, сообщая мужу последние сплетни, не преминула отметить, что и его собственная сестра Надежда не очень хорошо к ней относится. Надежда Ивановна, сестра Бутакова, вышла замуж за его адъютанта, лейтенанта Николая Дмитриевича Скарятина. Своему зятю Григорий Иванович сначала выхлопотал командировку в Англию и Францию, а затем тот полтора года командовал шхуной и пароходом. В 1861 году, опять-таки с его помощью, Скарятина отправили на три года изучать металлическое судостроение в Англии и Франции. Николай Дмитриевич судостроение изучил и… попросился в отставку, он хотел перейти на службу в РОПиТ. Возмущению Краббе не было предела, которое он потом высказал Бутакову. Но это мы немного отошли в сторону. Григория Ивановича назначили начальником практической эскадры винтовых кораблей и младшим флагманом Балтийского флота. И хотя это было для него понижение по службе, Бутаков снова почувствовал себя в своей тарелке.
Теперь он занимался привычным для себя делом, к тому же с плеч свалилась масса обязанностей, к которым у него не лежала душа. Да и в деньгах, а этот вопрос для Григория Ивановича был немаловажным, впрочем, как и для большинства людей, он тоже выиграл. Как младшему флагману, ему платили, помимо жалованья, морские столовые деньги. В практическую эскадру входили пять винтовых кораблей, один фрегат, два корвета и колёсный пароходо-фрегат. Состав эскадры иногда менялся. Конечно, ему ещё не доводилось командовать таким большим количеством боевых судов (о качестве их мы пока не говорим), поэтому предстояло самому научиться очень многому. Но в своё время у него были неплохие учителя на Чёрном море. Прежде всего, требовалось освоить район плавания, исследовать шхерные фарватеры. В этом деле он первооткрывателем не был, но неточностей на картах оставалось ещё много, исследования требовалось продолжать дальше, чем Бутаков и занялся, благо, опыт он получил большой в лейтенантские годы.
В боевой подготовке Григорий Иванович использовал принцип состязательности, который наблюдал у своих знаменитых учителей. Он распространил его на артиллерийские стрельбы, маневрирование судов, физическую подготовку матросов и офицеров. Без сомнения, как человек, интересовавшийся всем новым, особенно в морском деле, он прекрасно понимал, что суда, которыми командовал, безнадёжно устарели. Но в случае войны пришлось бы воевать тем, что имелось, а не тем, что хотелось, поэтому он делал всё, что, с его точки зрения, готовило моряков к будущим военным действиям. Чтобы более эффективно использовать артиллерию, он обучал командиров судов выполнять маневры в составе эскадры.
Все корабли по своим морским качествам и техническим характеристикам отличались друг от друга. Наверно, дрессировщику в цирке было легче, чем адмиралу, научить командиров действовать синхронно. Неизвестно, как бы всё это происходило в реальном бою, но на показных учениях маневры выглядели очень эффектно. Осенью за успехи в обучении команд практической эскадры Бутакова наградили орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами. Боевыми орденами в мирное время награждали тех, кто когда-то отличился во время войны. Вообще, как в царское, так и в советское время достаточно было занять определённую должность, чтобы родина не забывала исправно награждать своих высокопоставленных сынов. «Внеплановые» награды получали, если человек действительно совершал что-то из ряда вон выходящее. Радости получения награды сопутствовало некоторое огорчение: с пожалованных орденами офицеров полагался единовременный денежный взнос на богоугодные дела, например за орден Св. Станислава 1-й степени требовалось внести 120 рублей серебром. Григорий Иванович не только учил своих подчинённых действиям в мирное время и во время войны, он занимался также и патриотическим воспитанием.
Хотя год был не юбилейным, но тем не менее по его инициативе торжественно отметили годовщину Гангутского сражения. Он лично организовал экскурсию кадетов, проходивших практику на эскадре, к месту сражения. Тем временем генерал-адмирал продолжал проводить свои реформы на флоте. Встал вопрос об отмене телесных наказаний нижних чинов, прежде всего имевших отличия за беспорочную службу. Великий князь дал поручения многим адмиралам сообщить ему своё мнение на этот счёт. Получил такое задание и Бутаков. В своей записке, направленной генерал-адмиралу, Григорий Иванович вполне разумно говорит о том, что в российском военном законодательстве нет нормы, как, например, у англичан, наказывать не раньше чем через сутки после совершения проступка. Между прочим, бывшие царские офицеры, которые учили моего отца и его однокашников, не раз говорили им об этом. Смысл заключается в том, что никогда не следует наказывать подчинённого под горячую руку.