В этот период одной из главных задач борьбы с вооруженной оппозицией являлось лишение ее источников — пополнения путем возвращения на родину афганских беженцев. Но разрешение этой проблемы напрямую зависело от верности избранного общеполитического курса правительства. На практике же в результате грубых ошибок численность беженцев не только не уменьшилась, но и возросла и составила во втором периоде около 5 млн человек. Все предпринимаемые попытки перекрыть военными средствами пути поступления на территорию Афганистана свежих моджахедов успеха не давали.
Осознание того, что главными средствами борьбы с вооруженной оппозицией должны быть не военные действия регулярных войск, а продуманные социально-экономические, политические и организационно-пропагандистские мероприятия власти, привело к известной модификации тактики действий советских войск в Афганистане — их отказу от проведения многочисленных «полевых» операций против отдельных отрядов и групп душманов и сосредоточению основных усилий на удержании стратегически важных районов и обеспечения, работы коммуникаций, от чего непосредственно зависели вопросы снабжения местного населения необходимыми продуктами и товарами.
Однако на практике эта политика не всегда давала желаемые результаты, главным образом из-за слабости государственной власти на местах. Результатом многих операций советских и афганских войск было создание в уездах и волостях органов государственной власти, называвшихся оргядрами. В их состав входили представители НДПА, министерств государственной безопасности, внутренних дел, некоторых других ведомств, а также лица из числа руководящих работников общественных организаций, представители духовенства, поддерживающие правительство Афганистана. Для обеспечения безопасности работы оргядра в его составе имелось армейское подразделение (как правило, до взвода). Беда такого оргядра состояла в том, что оно было малочисленным и не обладало реальной властью. Его руководители не умели вести политическую работу с местным населением, не пользовались авторитетом. Влияние оргядра ограничивалось, как правило, тем кишлаком, в котором оно находилось.
После завершения операции войска оставляли занятый район и возвращались в места постоянной дислокации или переходили в другие районы боевых действий. На их место возвращались уцелевшие мятежники, восстанавливали свои базы и изгоняли или уничтожали оргядра. Так повторялось многократно. Например, в долине реки Панджшер во втором периоде было проведено 6 боевых операций, однако правительственная власть в этом районе так и не закрепилась. К концу 1981 года на активности и результатах боевых действий в определенной степени сказывался и большой отрыв личного состава, около 40 % которого было брошено на решение задач охраны объектов и нормализации жизни и быта ограниченного контингента советских войск. Прежде всего было необходимо построить и благоустроить многочисленные военные городки. Для этого потребовалось большое количество строительных материалов и другое оборудование, которое в основном доставлялось с территории СССР. Резко возрос поток грузов. Чтобы справиться с задачами по обеспечению строительства и пополнения всех необходимых запасов для ОКСВ, развертывается большое количество батальонов обеспечения. Так, к 1 декабря 1981 года в составе армии действовало восемь отдельных батальонов обеспечения, которые располагались в Баграме, Джелалабаде, Кандагаре, Cуруби, Шиндаде, Кабуле, Газни и Кундузе. Но и этих сил, как показала практика, оказалось недостаточно. В марте 1984 года были дополнительно сформированы два отдельных батальона обеспечения в г. Кабуле и Кундузе. Следовательно, с учетом отдельного батальона обеспечения, расположенного в Кабуле, и армейской бригады материального обеспечения, расположенной в г. Пули-Хурми еще в первом периоде, к концу второго периода этих сил оказалось достаточно, чтобы справиться с возложенными на них задачами. Об этом красноречиво говорят такие факты, как обустройство гарнизонов расположения ОКСВ. Почти в каждом гарнизоне были созданы условия не только для нормального отдыха, но и решены успешно другие вопросы быта (развернуты помывочные комплексы, библиотеки, клубы и т. д.). Совершенствовалась система безопасности войск, находящихся в гарнизонах. С этой целью подступы к гарнизонам прикрывались минными полями, на подъездных путях выставлялось охранение, кроме того, была налажена охрана объектов внутри гарнизонов.