В населенных пунктах позиции тяжелого оружия выбирались за дувалами (глинобитными заборами толщиной до 2 м и высотой до 3 м), в которых проделывались бойницы. Некоторые огневые средства, особенно ДШК, размещались на крышах и верхних этажах зданий. Для пулеметов, безоткатных орудий и РПГ подготавливалось несколько огневых позиций. Подступы к обороне и позициям огневых средств минировались.
В горах окопы и другие сооружения устраивались из камней, в населенных пунктах — из мешков с землей. Позиции огневых средств тщательно маскировались. В целях маскировки огонь обычно велся из глубины пещер, расщелин и строений.
Оборону в горах мятежники вели упорно. При налетах авиации и обстреле артиллерии они укрывались в специальных сооружениях, а по окончании налета (обстрела) снова занимали свои позиции. Поражение наступавшим войскам мятежники наносили сосредоточенным огнем. Часто применялся ложный отход для вовлечения противника в подготовленные огневые мешки. Для сокрытия истинной системы огня использовался огонь отвлекающих групп. В случае если противник имел значительное превосходство, душманы после кратковременного обстрела наступающих отходили по заранее намеченным маршрутам к новому месту сбора (рубежу обороны).
Отход с занимаемых позиций осуществлялся под прикрытием огня с заранее подготовленных позиций или засад, а также минно-взрывных заграждений. В ходе оборонительного боя мятежники, используя знание местности, умело выходили из окружения. Часто выход осуществлялся ночью путем просачивания через боевые порядки наступающих войск. После выхода из окружения группы и отряды занимали новые выгодные позиции, по возможности в тылу противника. В последнем случае они внезапно открывали огонь в спину. Основная ставка при этом делалась на огонь снайперов и ДШК.
При обороне населенного пункта с подходом к нему войск противника мятежники открывали сосредоточенный огонь изо всех средств. После этого они отходили в глубину кишлака, где занимали новый рубеж обороны в жилых домах и за глинобитными стенами дувалов. В последующем поражение личному составу и боевой технике неприятеля наносилось в ближнем бою на узких и кривых улочках населенного пункта, там, где эффективное применение боевых машин, артиллерии и авиации практически становилось невозможным. В связи с этим бои в населенных пунктах приобретали особую ожесточенность и велись, как правило, с большими потерями с обеих сторон.
Партизанские боевые действия лежали в основе вооруженной борьбы оппозиции с государственной властью. Они велись на территории всей страны не только вооруженными формированиями, но и с привлечением значительной части населения. Цель их заключалась в том, чтобы нанести поражение правительственным органам и войскам, измотать их и тем самым резко ослабить государственную власть в целом. Партизанские действия включали засады, налеты, обстрелы военных и народно-хозяйственных объектов, минирование дорог, диверсионно-террористические акции и другие действия. Интенсивность применения форм партизанской войны по временам года была не одинаковой.
Наибольшая активизация боевых действий, за исключением минирования дорог, приходилась на весну и лето. Это объясняется тем, что в зимнее время большинство перевалов было для караванов закрыто. Создавались значительные трудности в снабжении оппозиции материальными средствами. Кроме того, большой снежный покров в горах заставлял душманов на зимне-осенний период спуститься в долины и раствориться среди мирных жителей. Интенсивность боевого воздействия также снижалась и во время сева и уборки урожая (за год снималось 2–3 урожая) по той причине, что мятежники или большая часть из них принимали непосредственное участие в сельскохозяйственных работах.