До командующего 40-й армией генерал-лейтенанта Ю.В. Тухаринова план ввода ограниченного контингента советских войск в Афганистан был доведен 13 декабря в кабинете командующего войсками Туркестанского военного округа генерал-полковника Ю.П. Максимова. К этому времени из офицеров и генералов штаба и служб Туркестанского военного округа был сформирован костяк управления и штаба армии. Членом Военного совета — начальником политуправления объединения был назначен генерал-майор А.В. Тоскаев, начальником штаба генерал-майор Л.Н. Лобанов, начальником разведки генерал-майор А.А. Корчагин. Не теряя времени, они приступили к интенсивной подготовке войск к предстоящему вводу, которая происходила почти открыто. Была осуществлена мобилизация приписного состава. На полигонах непрерывно шло боевое слаживание подразделений: в районе Темреза готовились переправы через Амударью.
Общая директива на отмобилизование и приведение в готовность не отдавалась. Войска приводились в готовность отдельными распоряжениями после получения соответствующих устных указаний Министерства обороны СССР. Всего было развернуто и доукомплектовано до полного штата около 100 соединений, частей и учреждений. Для этого было призвано из запаса более 50 тыс. офицеров, сержантов и солдат. В первую очередь комплектовались боевые соединения и части; тыловые и ремонтные части и органы 40-й армии отмобилизовались в последнюю очередь, некоторые уже в ходе начавшегося ввода войск. Для Туркестанского и Среднеазиатского военных округов это было самое крупное мобилизационное развертывание за все послевоенные годы. Время перехода государственной границы министром обороны СССР было установлено в 15.00 московского времени (16.30 кабульского) 25 декабря 1979 года.
К назначенному времени все было готово. Накануне на командный пункт 40-й армии прибыл из Москвы первый заместитель министра обороны СССР Маршал Советского Союза С.Л. Соколов. Тут же находился и командующий войсками Туркестанского военного округа генерал-полковник Ю.П. Максимов. Они подали командующему сигнал о начале ввода советских войск в Афганистан.
В вечерних сумерках к переправам через Амударью подошел авангардный батальон мотострелкового полка на БМП 108-й мотострелковой дивизии (командир — полковник В.И. Миронов), который практически с ходу преодолел понтонный мост и углубился на территорию сопредельного государства. За ним в течение ночи проследовали главные силы дивизии. Совершив марш, к исходу 27 декабря они сосредоточились в районах Баглан, Кундуз, Пули-Хурми, Деши. В это время неожиданно соединению была поставлена новая задача — изменить маршрут движения и к 17.00 следующего дня войти в Кабул. По воздуху в столицу была начата переброска основных сил 103-й гвардейской воздушно-десантной дивизии под командованием И.Ф. Рябченко. В Баграм был направлен парашютно-десантный полк.
В 19.30 десантники захватили все ключевые политические и военные объекты в Кабуле и на его подступах, воспретив тем самым подход верных Амину войск к столице. Прибывшие советские войска усилили охрану важных административных объектов, аэродромов, центров радио и телевидения. В ночь на 28 декабря в Афганистан на гератском направлении вошла еще одна, 201-я мотострелковая, дивизия, части которой взяли под контроль магистраль, соединявшую города Герат и Шиндад, в последующем зона ответственности ее расширилась до Кандагара.
К середине января 1980 года ввод главных сил 40-й армии в основном был завершен. На территории Афганистана были полностью сосредоточены две мотострелковые и одна воздушно-десантная дивизии, десантно-штурмовые бригады и два отдельных полка. В их составе насчитывалось примерно до 52 тыс. человек. Подразумевалось, что такого количества будет достаточно для обеспечения жизнедеятельности Афганистана. Считалось, что при вводе и расположении советским войскам не придется вести боевые действия, так как само присутствие советских войск будет действовать отрезвляюще на мятежников. Советская военная помощь расценивалась тогда как моральный фактор поддержки народной власти.
Ввод советских войск в Афганистан послужил сигналом и обеспечил успешное осуществление правительственного переворота. 27 декабря небольшой группой заговорщиков Амин был свергнут и казнен. Премьер-министром республики и генеральным секретарем ЦК НДПА стал Бабрак Кармаль. Первым шагом новой власти стало освобождение из тюрем 15 тыс. политзаключенных и призывы к беженцам возвращаться на родину. Однако эти меры мало способствовали нормализации обстановки в стране, большинство населения которой без энтузиазма восприняло приход иноземных войск. Этим незамедлительно воспользовалась оппозиция, которая в лице Б. Кармаля видела не только политического противника, но и ставленника Москвы. Связав воедино две причины, оппозиционеры активизировали свою деятельность практически на всей территории Афганистана, доведя ее вскоре до открытых вооруженных выступлений, прежде всего против советских войск.