Одним из самых распространенных способов боевых действий были засады, выставляемые на путях подвоза мятежникам материально-технических ресурсов. Для ведения засады использовались взвод или рота, редко — батальон…
Советские солдаты и офицеры продолжали сражаться, даже попав в плен. Так, например, 26 апреля 1985 года в горах под Пешаваром, в крепости Бадабера, где находилась тренировочная база афганских мятежников и тюрьма для военнопленных, вспыхнуло восстание советских и афганских военнослужащих, попавших в плен в Афганистане. Доведенная до отчаяния невыносимыми условиями содержания, голодом и другими зверствами со стороны афганских «борцов за свободу» группа советских солдат разоружила охрану, освободила также солдат-афганцев из правительственной армии, захватила некоторые помещения тюрьмы и потребовала встречи с советским послом, с представителями ООН и других международных организаций.
Душманы думали, что подавить выступление советских солдат будет легко, но они просчитались. Восставшим удалось захватить арсенал и одно из укреплений. Все атаки были отбиты. На помощь мятежникам пришли части пакистанской регулярной армии. Но и их атаки были отбиты. Тогда руководители операции приняли решение подтянуть к Бадабере тяжелую артиллерию. Во время обстрела один снаряд попал в склад боеприпасов. Взрыв и начавшийся пожар не оставили восставшим ни одного шанса выжить…
После этого случая один из наиболее радикальных главарей афганских мятежников Гульбетдин Хекматияр, глава так называемой Исламской партии Афганистана, приказал своим бойцам «шурави» (т. е. советских) в плен не брать.
Проанализировав ход и итоги войсковых операций и общую ситуацию, сложившуюся в Афганистане к тому времени, а также учитывая возросшее мастерство афганской армии, советское командование взяло курс на постепенное сокращение крупных войсковых операций, на замену их засадными действиями небольшими силами. Основную тяжесть боевых действий взяла на себя афганская армия.
Изменение боевых задач ОКСВ, рост боеспособности и улучшение морально-нравственной обстановки внутри афганской армии позволили во второй половине 1986 года вывести из Афганистана шесть полков: один танковый, два мотострелковых и три зенитных.
В декабре 1986 года руководством Афганистана был взят курс на национальное примирение. НДПА официально объявляла об отказе на монополию на государственную власть, о планах созвать всеафганский съезд представителей всех слоев общества — Лойя Джиргу.
В июле 1987-го был опубликован закон о политических партиях, утвержденный Президиумом Ревсовета ДРА. Этот закон регулировал вопросы создания и деятельности политических партий.
29 ноября в Кабуле состоялся Лойя Джирга. 30 ноября Лойя Джирга утвердил Конституцию Республики Афганистан, был избран президент страны — Наджибулла, который объявил о прекращении огня до 15 июля 1988 года. Вывод советских войск из Республики Афганистан по согласованию обеих сторон предполагалось осуществить за двенадцать месяцев.
С января 1987 года советские войска в основном прекратили ведение активных наступательных боевых действий и вступали в боестолкновения только в случае нападения на места своей дислокации. По свидетельству командующего 40-й армией генерал-полковника Б. В. Громова, «ответные или в зависимости от ситуации упреждающие боевые действия командир обязан был проводить только для того, чтобы не допустить массовой гибели наших людей и даже исключить такую угрозу».
Однако уже во второй половине января 1987 года оппозиция провела решительное наступление и против советских, и против афганских гарнизонов, не оставляя без внимания и мирные кишлаки. Оппозиционные партии расценили политику национального примирения прежде всего как слабость государственной власти и лишь усилили борьбу по ее свержению. Повысилась боевая активность отрядов моджахедов в условиях одностороннего прекращения огня советскими и правительственными войсками.
Тогда в ноябре — декабре 1987 года советскими и афганскими войсками была проведена одна из крупнейших операций «Магистраль» по разблокированию Хоста. Воспользовавшись отсутствием советских частей в округе Хост, душманы к осени 1987 года восстановили одну из самых крупных перевалочных баз «Джавара», которую советские войска разгромили еще весной 1986 года. Существовала опасность создания в Хосте временного правительства оппозиционных сил. Было принято решение спланировать и провести крупную совместную войсковую операцию афганских и советских войск и обеспечить население Хоста в первую очередь продовольствием, а также другими видами материальных средств, сорвать замыслы оппозиции по формированию альтернативного правительства Афганистана.
В этой операции из состава 40-й армии участвовали силы 108-й и 201-й мотострелковых дивизий, 103-й воздушно-десантной дивизии, 56-й отдельной десантно-штурмовой бригады, 345-го отдельного парашютно-десантного полка и др. Со стороны афганской армии были привлечены силы и средства пяти пехотных дивизий, одной танковой бригады и нескольких подразделений спецназначения. Кроме того, в операции участвовали более десяти батальонов госбезопосности.
Обстановка на магистрали Гардез-Хост была сложной. Сначала предстояло овладеть перевалом Сети-Кандав — он расположен на высоте трех тысяч метров. Группировка оппозиции в этом районе состояла в основном из военизированной части племени джадран. Это племя вообще не подчинялось никакому правительству и действовало, как считали нужным его руководители. В 80-е годы руководство формированиями моджахедов осуществлял Джелалуддин, выходец из этого племени.
Поскольку переговоры с Джелалуддином оказались безрезультатными, 23 ноября была начата операция «Магистраль». К исходу 28 ноября передовые части овладели перевалом Сети-Кандав. Затем опять начались переговоры с лидерами воюющего племени джадран. Но 16 декабря советские и афганские войска были вынуждены продолжить боевые действия, и уже 30 декабря по магистрали на Хост двинулись первые машины с продовольствием.
Во время визита в США в декабре 1987 года М. С. Горбачев заявил, что политическое решение о выводе советских войск принято. Вскоре в Женеве за стол переговоров сели делегации СССР, США, Афганистана и Пакистана с целью выработки политического решения афганской проблемы. 14 апреля 1988 года были подписаны пять основополагающих документов по вопросам урегулирования политической обстановки вокруг Афганистана. Согласно этим договоренностям, которые вступили в силу 15 мая 1988 года, советские войска должны покинуть территорию Афганистана, а США и Пакистан обязались полностью прекратить финансирование афганских мятежников.
Советский Союз неукоснительно выполнял все взятые на себя обязательства. Уже к 15 августа 1988 года была выведена половина Ограниченного контингента. Для вывода советских войск были определены направления: на западе — Кандагар — Шинданд — Кушка, на востоке — объединявшиеся в Кабуле маршруты из Газни, Гардеза и Джелалабада, далее через перевал Саланг в Пули-Хумри и Термез.
Летом 1988 года (с 15 мая по 15 августа) советские войска были выведены из таких гарнизонов, как Джелалабад, Газни, Гардез, Кандагар, Лашкаргах, Файзабад и Кундуз.
В то же время афганская оппозиция начала действовать с еще большей напористостью на всей территории страны. С середины мая стали регулярными обстрелы Кабула ракетами. Оживали ранее перерезанные тропы, по которым поставлялось моджахедам военное снаряжение. В срочном порядке возрождались и заново создавались в приграничных с Пакистаном и Ираном зонах укрепрайоны, базы, склады. Резко увеличивались поставки оружия, в том числе ракет «земля — земля» с дальностью действия до 30 километров, «стингеров» и др.
Результат, конечно, сказался незамедлительно. Значительно сократилась деятельность афганской авиации. С 15 мая по 14 октября вооруженными отрядами оппозиции были сбиты 14 самолетов и 36 вертолетов афганских ВВС.