В 1933 году Дауд стал губернатором провинции Пактия, а в 1935 году в звании дивизионного генерала был переведён заместителем губернатора провинции Кандагар с передачей в подчинение военных гарнизонов Кандагара и Фараха. На вверенных ему территориях Дауд проводил реорганизацию административного управления. Он также настаивал перед центральной властью на использовании в Кандагаре языка пушту как единственного государственного. В молодом генерале вызревал крайний пуштунский национализм, который он пронесёт через всю свою жизнь. С 1939 года Мухаммед Дауд командовал войсками Центрального округа в Кабуле, затем его назначили начальником военной академии.
В начале Второй мировой войны Дауд придерживался ярко выраженных прогерманских взглядов, полагая, что Германия поможет его стране в объединении пуштунских племён, проживающих по разные стороны линии Дюранда, разделявшей Афганистан и Британскую Индию, часть которой станет в будущем Пакистаном. Центром политической оппозиции стал созданный им Национальный пуштунский клуб, куда вошли представители элитарной интеллигенции, чиновничества, дворцовой аристократии и недовольного офицерства, в том числе пуштунские националисты, приверженцы левых политических идей.
В 1953 году король Афганистана Захир-шах назначил Мухаммеда Дауда главой правительства, что ознаменовало новый поворот в экономической политике страны и её внешней ориентации. В феврале 1954 года правительство Дауда возвестило о программе, в основу которой был положен принцип «управляемой экономики». Тем самым Дауд ввёл механизмы государственного регулирования экономики, а также элементы планирования социально-экономического развития страны. Его экономическая политика выразилась в государственном вмешательстве в хозяйственно-экономическую деятельность, при этом он не отказывался от использования иностранной помощи для оздоровления национальной экономики.
Разрабатываемые правительством пятилетние планы закладывали фундамент афганской промышленности. В период премьерства Дауда были построены асфальтобетонный завод и хлебокомбинат — в Кабуле, сахарный и два цементных завода — в Джелалабаде. В 1960 году в эксплуатацию введены Гульбахарский текстильный комбинат, ГЭС в Суруби и два международных аэропорта — в Кабуле и Кандагаре.
В то время как СССР стремился распространить влияние на Афганистан, США со второй половины 40-х годов неуклонно укрепляли позиции в арабском мире. Это дало основание Дауду в 1954 году обратиться к США за военной и экономической поддержкой. Вашингтон не ответил Афганистану согласием из-за возникшего по вине Дауда обострения отношений с Пакистаном. США сделали ставку на Пакистан, ориентируясь на активные военно-политические контакты с ним, и не приняли политику, предлагаемую Кабулом.
В подписанном в 1954 году американо-пакистанском соглашении о военном сотрудничестве правительство Дауда увидело потенциальную угрозу безопасности страны. Не заинтересованные в усилении афганской армии Соединённые Штаты задействовали различные политические рычаги, принуждая Афганистан к участию в военном блоке, который США формировали с Британией. Однако Дауд противостоял давлению. Военный союз, получивший название СЕНТО (Багдадский пакт), усилил своё влияние на Среднем Востоке за счёт вхождения в него Турции, Ирана, Ирака, Пакистана, а в последующем ещё ряда стран региона.
Таким образом, наращиваемая Соединёнными Штатами Америки военная мощь на правом фланге «исламской дуги» поставила Афганистан между «молотом» — Пакистаном и «наковальней» — Ираном, строившими относительно соседа собственные агрессивные планы. Американо-пакистанское сближение расценивалось правительством Дауда как создание антиафганского союза Пакистана и Британии под эгидой Соединённых Штатов. Отношения Афганистана с Америкой и Англией стали крайне напряжёнными. Ещё более углубило противоречия между Афганистаном и Пакистаном образование в 1955 году правительством Пакистана пуштунской провинции Западный Пакистан, в состав которой были включены территории, населённые в том числе и пуштунами Афганистана (линия Дюранда как условная граница между двумя государствами сторонами конфликта не признавалась). К заявленному по этому поводу Даудом протесту присоединились афганские пуштуны. В ответ на протест Пакистан разорвал дипломатические и торговые отношения с Афганистаном, запретив ему провоз товаров через свою территорию. Расценив действия пакистанской стороны как экономическую блокаду, правительство Мухаммеда Дауда объявило в стране чрезвычайное положение, а затем и всеобщую мобилизацию населения.