Советский Союз внял просьбе правительства Афганистана и заключил с ним договор о транзите через границу СССР — в Афганистан пошли необходимые товары. Так началось сближение двух государств по стратегическим, политическим и военным вопросам.
Улучшение отношений между Афганистаном и Пакистаном произошло в сентябре 1955 года при посредничестве Египта, Ирана и США. Примирение сторон осуществилось дипломатическим путём, после чего подписанное афгано-пакистанское соглашение снова вступило в силу. Однако по инициативе Дауда уже в ноябре 1955 года Лойя-джирга (общенациональное собрание вождей племён и духовенства) поддержала пуштунов Пакистана и части Пуштунистана, включённой в состав Пакистана без согласия проживавших там пуштунов. Обстановка вновь накалилась. Запад дал негативную оценку позиции Афганистана по отношению к Пуштунистану, и это послужило ещё одним толчком для афганского правительства к сближению с Советским Союзом.
По приглашению афганского правительства в декабре 1955 года Кабул с официальным визитом посетили Н. С. Хрущёв и Н. А. Булганин. В ходе встречи руководители государств подписали соглашение о продлении советско-афганского договора о нейтралитете и взаимном ненападении от 1931 года. В январе 1956 года между двумя странами вступило в действие соглашение о предоставлении Афганистану льготного кредита в сумме 100 миллионов долларов. В том же году было подписано советско-афганское соглашение о поставках в Афганистан вооружения на 32,4 миллиона долларов. Афганские офицеры получили возможность учиться в военно-учебных заведениях Советского Союза.
Официальные визиты афганского короля Мухаммеда Захир-шаха в Москву в 1957 и 1962 годах усилили политическое влияние СССР на Афганистан. Укреплению отношений между странами способствовали поездки премьер-министра Мухаммеда Дауда в Москву в 1956, 1959, 1961 годах. Советская экономическая помощь, устойчивые политические связи позволяли Советскому Союзу к началу 60-х годов в значительной степени влиять на ситуацию в Афганистане. Активные действия СССР по укреплению позиций в Афганистане вызвали обеспокоенность Запада, в первую очередь Соединённых Штатов Америки.
Хуже обстояли дела во внутренней политике Афганистана, проводимой пуштунским националистом Мухаммедом Даудом. Имея за плечами поддержку Советского Союза, он не искал мирных путей решения пуштунской проблемы. В 1961 году на афгано-пакистанской границе произошёл очередной вооружённый конфликт, что опять привело к закрытию афганских консульств и торговых представительств в Пакистане, свёртыванию дипломатических отношений между государствами.
При посредничестве Ирана, подписавшего в 1962 году соглашение с Афганистаном о транзите афганских товаров через его территорию, конфликт был урегулирован, но в целом афгано-пакистанские отношения не улучшились. В 1963 году они вновь обострились, так как правительство Дауда направило в Пакистан диверсионные отряды для ведения войны. Авторитарность Дауда вызывала недовольство афганской политической элиты и привела его к конфликту с двором и самим королём Захир-шахом. Внутренняя политика Мухаммеда Дауда не позволяла ему опираться на широкие слои населения, она строилась на применении репрессий против оппозиции. 3 марта 1963 года Дауд подал в отставку. Захир-шах отставку принял.
В 1963–1973 годах, находясь вне государственной службы, Дауд отдалился от королевского двора, негласный надзор за ним не мешал ему иметь авторитет среди части военачальников и младших офицеров армии. В середине 60-х годов он на антимонархической основе сблизился с группой леворадикальных офицеров. В июле 1973 года Дауд организовал военный переворот и сверг находившегося в Италии короля Захир-шаха.
После переворота Дауд создал высший орган государственной власти — Центральный комитет Республики Афганистан, а сам занял посты главы государства, министра обороны и министра иностранных дел. Его правление становилось всё более авторитарным: был распущен парламент, Верховный суд, запрещена деятельность политических партий. Государственной идеологией Афганистана стала «народная и национальная теория революции», пронизанная пуштунским национализмом, исламизмом и антикоммунизмом — основными установками идеологической концепции Дауда.