Во времена Плутарха все постройки находились, очевидно, в отличном состоянии. Сейчас большая их часть, относящаяся к «золотому периоду», утрачена: погибла инкрустированная золотом и слоновой костью статуя Афины работы Фидия, стоявшая внутри Парфенона, и высокая бронзовая статуя Афины Промахос, также работы Фидия, которая встречала перед храмом всех, кто входил в Акрополь. Известно, что мореплаватели, подходившие к Пирею со стороны мыса Суний, могли видеть солнечные лучи, блестевшие на конце копья и навершии шлема статуи (Павсаний запечатлел этот факт в описании Греции II века н. э.). За долгие века алтари, гробницы и скульптурное убранство исчезли или подверглись переделке.
Павсаний свидетельствует, что ко времени правления императора Адриана Акрополь стал роскошным, ярким музеем греческой религии и истории под открытым небом. Современный турист, увидавший аскетичную эстетику сегодняшнего Акрополя, может быть разочарован, хотя, к примеру, рассказ Марка Твена о лесе призрачных статуй свидетельствует о романтическом восприятии в его время. Тогда во множестве изготавливали статуи как исторических лиц, так и богов, главным образом Афины. Власть была представлена только фигурой самого Адриана. А рядом с храмами, гробницами и статуями существовала картинная галерея.
С упадком античного мира перемены не закончились. Статуи, включая афинскую бронзу, вывезли в Византию.
Здания и скульптуры были разграблены. Золото и слоновую кость содрал и, а сам мрамор растащили на строительный материал. Языческие храмы стали христианскими церквями. Парфенон, вероятно в VI столетии, превратили в собор Пресвятой Афинской Богоматери. Несмотря на разногласия между греческой и латинской церквями, собор, по свидетельствами современников, оставался христианским храмом и священной усыпальницей, пока в 1456 году османы не захватили Афины, а через два года не заняли Акрополь. Тогда Парфенон превратился в мечеть, которая, по словам турецкого путешественника конца XVII века Эвлийи Челеби, была прекрасным храмом. В Эрехтейоне разместился гарем.
Акрополь, который достался Отто и его преемникам, служил в своей традиционной роли военной крепости и франкам, и туркам. Именно поэтому он взорвался, когда и XVII столетии его атаковали венецианцы: их снаряд разнес турецкий пороховой склад в Парфеноне, нанеся Акрополю непоправимый ущерб. Снова Акрополь стал объектом жестокой схватки во время войны за независимость греков. В 1834 году повсюду были видны свидетельства недавней войны и турецкой оккупации, обломки и разрушения и низенькие турецкие дома, облепившие поверхность Акрополя вокруг античных памятников. Их и саму мечеть в Парфеноне можно увидеть на рисунках и фотографиях XVIII и начала XIX века. Помимо этих пережитков турецкого правления на западном краю Акрополя стояла Франкская башня, воздвигнутая флорентийскими правителями Афин в XV веке. Она также присутствует на ранних фотографиях. Руины прекрасного маленького храма Афины Ники, который турки разрушили в 1686 году, чтобы установите артиллерийские орудия, все еще погребены под бастионом.
Раскопки и реставрация
Если и были какие-то разногласия относительно дальнейшей судьбы архитектурного комплекса Акрополя, то первые археологи вновь созданного государства это тщательно скрывали. Следуя распоряжениям Кленце, баварский гарнизон, размещенный на месте турецкого, покинул Акрополь, и археологи решительно принялись расчищать, восстанавливать и раскапывать. Работы затянулись на десятилетия, поскольку материал был богатым, а средств не хватало.
Росс, немецкий архитектор Шауберт и его датский коллега Христиан Хансен в конце 1830-х годов бережно восстановили маленький храм Афины Ники. Археологи обращали внимание на руины как на поверхности, так и на оказавшиеся под землей. Самой важной находкой был ряд мужских и женских скульптур, откопанных возле Парфенона в 1880-х годах. Сейчас их можно увидеть в музее Акрополя. Они уцелели благодаря тому, что персидские захватчики, опустошая Акрополь в 480 году до н. э., свалили их и сбросили в колодцы. Снос Франкской башни Генрихом Шлиманом, раскопавшим Трою, в 1875 году взволновал академическую общественность. Историк Э. А. Фриман посчитал это вандализмом, а античник Магаффи одобрял. Башня успела стать привычной деталью пейзажа, и многие после ее сноса стали призывать сохранить другие, неклассические, архитектурные памятники и исторические традиции.