Силы ЭКОМОГ были не способны контролировать ситуацию. В январе 1999 г. коалиция сторонников Эрнеста Коромы (нынешнего президента страны) и ОРФ начала штурм Фритауна и заставила Каббу пойти на серьёзные уступки при подписании нового договора в Ломе в июле 1999 года.
В декабре 1999 г. в стране началось развёртывание войск ООН. Всего к марту 2001 г. прибыло 17,5 тысяч человек. К маю 2000 г. уже пятьсот военнослужащих ООН стали заложниками ОРФ. Отряды ОРФ также захватил много оружия, джипов и лёгких бронемашин.
В итоге понадобилась ещё одна интервенция. Британские войска в мае 2000 г. начали операцию по эвакуации иностранцев из страны и восстановлению порядка. 1200 бойцов при морской и авиационной поддержке изменили баланс сил. ОРФ также лишился поддержки в Либерии и вынужден был сесть сел за стол переговоров. Единственной успешной боевой акцией британских сил стала операция «Баррас» (Barras) по освобождению взятых в заложники полукриминальной мятежной группировкой West Side Boys военнослужащих Королевского ирландского полка. В операции участвовали 130 десантников и группа бойцов 22-го полка SAS. Вертолётная группировка — три транспортных «Чинук» (Chinook) и два ударных «Уест-ленд Линке» (Westland Lynx). Группа оперативников SAS высадились за несколько дней до штурма в районе холмов Оккра, где держали заложников, и провели разведку. Ранним утром 11 сентября 2000 г. лагерь мятежников на берегу ручья Рокел был атакован. Эффект неожиданности был полным, сопротивление противника оказалось не слишком активным. Группировка бандитов на противоположном берегу ручья пыталась накрыть британцев огнём крупнокалиберных пулемётов, но была обойдена с фланга и уничтожена. Через 20 минут все заложники были освобождены. Потери британцев — один убитый, один тяжело и одиннадцать легко раненный. Мятежники потеряли убитыми 25 человек, 18 было взято в плен.
Гвинея-Бисау и сенегальский Казаманс
Гражданская война в Гвинее-Бисау (1998–1999 гг.) началась с неудавшегося путча бригадного генерала Ансумане Мане, который был уволен из армии из-за продажи оружия повстанцам сенегальского региона Казаманс. С 1982 г. Движение демократических сил Казаманса (племя диола) ведёт борьбу против центрального правительства Сенегала. В зону его боевых операций входят также пограничные районы Гвинеи-Бисау и Гамбии. Неоднократные попытки мирного урегулирования были безуспешны. Наиболее крупные боевые операции против сепаратистов сенегальская армия проводила в декабре 2000 г. и мае-июне 2001 г. совместно с войсками Гвинеи-Бисау, но без особого успеха. В декабре 2010 г. около сотни повстанцев попытались захватить пограничный город Бигнона, но были остановлены правительственными войсками и понесли серьёзные потери.
7 июня 1998 г. начальник Генштаба вооружённых сил Гвинеи-Бисау генерал Мане поднял мятеж против президента Жоао Бернардо Виейры (который тоже пришел к власти в результате переворота), сыграв на недовольстве военных невысокими зарплатами, которые к тому же выплачивались нерегулярно. Верные президенту части не дали мятежникам захватить инициативу, однако не смогли удержать армейские казармы Бра, аэропорт и ряд стратегических пунктов столицы. Мане объявил себя главой государства.
Виейру поддержали Гвинея (Конакри) и Сенегал, для которого было особенно важно не допустить захвата власти в Гвинее-Бисау союзником повстанцев Казаманса. В боях против мятежников приняли участие 1200 сенегальских и 400 гвинейских военнослужащих. В июне-июле 1998 гг. боевые действия в столице не дали решающего перевеса ни одной из сторон. 2 ноябре в Абудже был подписан мирный договор. Но в феврале 1999 г. на короткий период бои возобновились с новой силой. Сенегальские и гвинейские подразделения были выведены из страны, их заменили войска ЭКОМОГ (710 человек).
7 мая генерал Мане устроил ещё один путч. Его отряды заняли аэропорт, окружили президентский дворец и заставили его охрану сдаться. Президент Виейра укрылся в португальском посольстве, а затем был вывезен из страны вертолётом гвинейских ВВС.
Ансумане Мане стал председателем высшего совета военной хунты, передав гражданскую власть председателю Национальной народной ассамблеи Маламу Бакаи Санья. На выборах 2000 г. победил Кумба Яла, который распустил военную хунту. 23 ноября 2000 г. подразделения генерала Мане начали боевые действия против правительственных войск. Мятежники были выбиты из столицы, 30 ноября генерал Мане погиб в перестрелке в провинции Биомбо.