В июле 1993 г. отряды ФВЕД потерпели сокрушительное поражение. Они потеряли последние позиции на севере страны, включая городки Ранда и Асса Г^эйла, где располагался центральный штаб движения. Организованное сопротивление ФВЕД было сломлено. Большая часть повстанцев укрылась в Эфиопии.
В сентябре боевые действия возобновились на северном фронте по линии Таджура — Ас Дорра. Новая тактика повстанцев заключалась в нарушении линий снабжения и постоянных нападений правительственных гарнизонов. Это делалось с целью заставить власти привлекать всё больше войск для защиты севера и, таким образом, заставить их пойти на ещё большие финансовые расходы. В ответ 3 марта 1994 г. командование армии начало новую широкомасштабную операцию по поиску и уничтожению повстанцев.
26 декабря 1994 г. было подписано Соглашение о мире и национальном примирении, согласно которому ФВЕД признавался официальной политической партией.
Войны исламистов Сомали
После завершения гуманитарной интервенции в 1995 г., характер гражданской войны в Сомали не менялся в течение десятилетия, несмотря на формирование двух переходных правительств.
Лето 2005 г. знаменовалось очередным поворотом в гражданской войне в Сомали. Союз исламских судов (СИС), до этого ограничивавший свою военную деятельность только защитой подконтрольных ему территорий, перешёл к более агрессивной политике с целью распространения законов шариата на всю территорию Сомали. Исламские суды с помощью законов шариата отстроили в контролируемых ими районах действенную систему безопасности, чего лидеры военно-клановых группировок (ВКГ) так и не смогли обеспечить. Их жёсткие меры в борьбе с бандитами привлекали на их сторону всё больше сомалийцев. Однако главным стало то, что эти суды сумели создать реальный союз, поскольку имели общую идеологию — шариат. Клановые военные вожди, хотя и составляли правительство страны, такой базы для объединения не имели, и поэтому, когда исламисты объявили им войну, не смогли создать единый фронт сопротивления.
В мае 2006 г. началось сражение за Могадишо. Милиция исламистов была более сплочённой и мотивированной. Они умело использовали резервные отряды во время боёв, что позволяло им вести боевые действия даже круглосуточно. В отрядах ВКГ же этого не было, там сражались все разом, и поэтому их бойцы быстро «выдыхались» и могли бросить поле боя. Впрочем, отряды СИС также имели свои проблемы. У них не было централизованного командования, каждый отряд действовал автономно, что мешало носить удары крупными силами.
5 июня Могадишо попал в руки исламистов. 14 июня был захвачен Джоухар (штаб-квартира президента и переходного правительства). Политическая слабость правительства и разобщённость клановых лидеров привела их к военному поражению. К концу года под их контролем осталась только столица клана раханвейн Байдоа и территория вокруг. Однако всё изменило вмешательство эфиопских войск.
Поначалу помощь эфиопов союзникам ограничивалась предоставлением инструкторов, посылкой боеприпасов и артиллерийской поддержкой. Но после того как исламисты объявили джихад Эфиопии, прямые боевые столкновения эфиопских войск с «судебными» отрядами случались всё чаще.
20 декабря 2006 г. кадровые подразделения вооружённых сил Эфиопии атаковали позиции исламистов в районе Байдоа. Исламистские командиры не могли противостоять их танковым колоннам, наступавшим при мощной авиа- и артиллерийской поддержке. Отряды сомалийского правительства сопровождали их как мобильная пехота. Тремя днями позже севернее, через Беледуэйн и Дусамареб на Джоухар, начала наступление вторая группировка. В Джоухаре исламисты попытались создать линию обороны, используя ирригационные каналы, но были выбиты из города через несколько часов. 27 декабря без сопротивления пал Могадишо.
Отступив южнее, исламисты (3 тыс. бойцов и 60 «техничек») дали правительственным войскам настоящее сражение под городом Джилиб. Они оборудовали позиции в густом мангровом лесу. Дороги к городу заминировали управляемыми фугасами. Несмотря на постоянные авианалеты и огонь артиллерии, выбить их оттуда удалось лишь через сутки. Порт Кисмайо был оставлен исламистами без боя. Ещё раз переломить ситуацию они попытались 5 января 2007 г. у городка Рас Камбони (близ границы с Кенией), бросив в бой до ста «техничек».