В донесении от 3.10.1939 г. на имя начальника секретариата НКВД Мамулова Меркулов и Серов подвели итоги работы спецгрупп за две недели. Они сообщали: «…общее количество арестованных оперативно-чекистскими группами по областям Западной Украины, по данным на 1-е октября включительно, составляет 3914 человек, в том числе бывших жандармов, полицейских, официальных и секретных агентов полиции и разведки — 2539 человек; помещиков, крупной буржуазии, бывших людей — 293 человека; офицеров польской армии и осадников — 381 человек; руководителей контрреволюционных партий УНДО, ОУН и других — 144 человека; петлюровцев, участников бандгруппировок — 74 человека; прочих — 483 человека».
Оперативно-чекистские группы были перегружены, и на территории Западной Украины стали создавать органы милиции. В донесении от 9.10.1939 г. Меркулов и Серов сообщают, что для организации милиции «…нами вызвано из Управления милиции УССР 255 человек, которых распределили по пунктам: Львов — 80 чел., Луцк — 60 человек, Тарнополь — 60 человек, Станиславов — 55 человек…». В донесении сказано также об организации «дружин рабочей гвардии» и налаживании работы милицейского аппарата — уголовного розыска, паспортных отделов и т. д.
С начала октября 1939 г. в оперативных материалах НКВД появляется информация о попытках оуновского подполья организовать мятежи в некоторых районах вновь присоединённых областей Западной Украины. Так, в донесениях Серова на имя Берии от 13.10.1939 и 14.10.1939 г. сообщалось: «…В начале сентября с.г. поляки оставили до особого распоряжения на запасных пунктах около ст. Золотиево эшелон с вооружением: пулемётами, винтовками и амуницией. При отходе войск эшелон остался, и крестьяне селений Алексин, Шпанов, Золотиев и Городок разграбили этот эшелон и оружие спрятали для сопротивления с Советской властью. Всей подготовкой восстания руководит ОУН. Эта организация агитировала против Советской власти, муссируя слухи, что 17.10 с.г. должны произойти крупные события и будет установлена военная диктатура…».
С увеличением числа завербованных агентов увеличился объём получаемой информации. Первые оперативные разработки законспирированной сети ОУН позволили органам НКВД получить информацию об организации военизированных подразделений ОУН, складах оружия и обучении боевиков. С увеличением потока получаемой информации руководители органов НКВД стали требовать от руководителей спецгрупп активизации работ по оуновскому подполью. Так, в приказе № 001353 заместителя наркома НКВД СССР В.Н. Меркулова от 5.11.1939 г. предписывалось: «…Выявить проходящих по действующим и архивным агентурным и следственным материалам участников троцкистских, белоэмигрантских, националистических, террористических и других к.-р. организаций, проживающих на территории Западной Украины и Западной Белоруссии…».
Территориальные органы НКВД Западной Украины были организованы по приказу народного комиссара внутренних дел Лаврентия Берии № 001359 от 6 ноября 1939 г.:
«В соответствии с законом, принятым Верховным Советом СССР 1 ноября с.г., о включении Западной Украины в состав Союза Советских Социалистических Республик, с воссоединением её с Украинской Советской Социалистической Республикой, приказываю:
1. Организовать:
а) Управление НКВД по Львовской области, с дислоцированием в г. Львове; подчинённые ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 1;
б) Управление НКВД по Луцкой области, с дислоцированием в г. Луцке; подчинённые ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 2;
в) Управление НКВД по Станиславовской области, с дислоцированием в г. Станиславове; подчинённые ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 3;
г) Управление НКВД по Тарнопольской области, с дислоцированием в г. Тарнополе; подчинённые ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 4.
2. Утвердить объявляемые в приложении временные штаты перечисленных выше управлений НКВД и подчинённых им органов НКВД.
3. В связи с организацией новых управлений НКВД на территории Украинской ССР, наркому внутренних дел УССР тов. Серову представить свои соображения о необходимом усилении штата Центрального аппарата НКВД УССР.
4. Укомплектование вновь организуемых органов НКВД произвести за счёт 726 человек, ранее посланных в Западную Украину. Некомплект остающегося оперативного состава покрыть за счёт действующих кадровых сотрудников НКВД республик, УНКВД краёв и областей — 100 человек, согласно объявляемой развёрстке; особых отделов НКВД Киевского военного округа — 250 человек; оперативно-чекистских школ НКВД — 150 человек и пограничных органов НКВД — 100 человек.