В ходе подпольной борьбы Шухевич сменил множество псевдонимов: Монах (Чернець), Туча, Степан, Колокол (Дзвін), Щука, Тур, Тарас Чупрынка, Роман Лозовский, Белый, Старый и другие. В поле зрения органов госбезопасности СССР он попал ещё до войны. В 1940 г. зарубежная агентура НКВД сообщала, что в Краковской краевой экзекутиве ОУН отдел связи возглавляет некий Шухевич по кличке «Щука». В октябре 1940 г. арестованный член Львовской краевой экзекутивы И. Максимов на допросе показал, что в состав созданного Бандерой Революционного комитета и Краковского центра ОУН в числе других входит и Роман Шухевич — «Шух».
Осенью 1940 г. при ликвидации Львовской краевой экзекутивы ОУН среди прочих была арестована и младшая сестра Шухевича
Наталья — связная и содержательница явочной квартиры для приёма курьеров Краковского центра ОУН. На её допросах чекистов интересовали её родственные связи и особенно брат Роман. Однако Наталья от дачи показаний отказалась, заявив лишь, что её брат в 1938 Ґ. уехал в Данциг и после того она его не видела и не знает, где он сейчас находится.
Новая информация о Шухевиче у органов госбезопасности появилась во второй половине 1944 г., когда после освобождения Красной армией Волынской и Ровенской областей советскими спецслужбами был арестован член Центрального провода ОУН М. Степаняк («Лекс») и другие видные участники националистического движения. На допросах в НКВД они дали подробную информацию о положении в ОУН, о деятельности членов Центрального провода организации, в том числе и Романа Шухевича. Так, чекистам стало известно, что именно Шухевич возглавляет Украинскую Повстанческую армию, совершающую диверсии в советском тылу и нападения на небольшие подразделения красноармейцев.
На основании полученных данных 2 октября 1944 г. в НКГБ УССР заведено групповое агентурное дело на членов Центрального провода ОУН под кодовым названием «Берлога».
Дело на Романа Шухевича выделили в отдельное производство, и 31 октября 1944 г. в рамках агентурного дела «Берлога» на него было заведено розыскное дело под кодовым названием «Волк».
Розыскные дела под кодовыми названиями были открыты и на других членов Центрального Провода ОУН. Под кодовым названием «Крыса» было заведено дело на Д. Клячкивского («Клим Савур»), под названием «Барсук» — на В. Кука («Лемиш»), под названием «Бегемот» — на Р. Кравчука («Пётр»), под названием «Шакал» — на П. Федуна («Полтава») и под названием «Крот» — на В. Галаса («Орлан»). Важнейшие материалы из розыскных дел направлялись в центральный аппарат НКГБ, а УНКГБ-УМГБ западных областей имели их дубликаты. В розыскных делах накапливались донесения агентов, информационно-аналитические материалы, освещавшие тактику националистического подполья, подробности деятельности и личной жизни руководителей ОУН, плановые и отчётные документы о ходе их розыска, задержания или ликвидации.
В сентябре 1945 г. украинские чекисты информировали руководство НКВД СССР о результатах операций по розыску Шухевича: «Данные о его пребывании на территории Западной Украины… подтверждаются показаниями бандитов из его личной охраны, захваченных во время операций. Так, например, участник охранной боёвки Шухевича, бандит по кличке "Чад", захваченный нами в средних числах сентября 1945 г. в Бережанском районе, Тернопольской области, на допросе показал: "В конце 1944 г. "Белый" проживал в схроне, находившемся в лесу близ сёл Ольховец и Лопушно, Бобркского района, Львовской области. С января по май 1945 г. он находился в с. Августовка, Козовского района, Тернопольской области. В мае-июле месяцах с.г. "Белый" проживал в с. Заболотовка, Ягольницкого района, а с 1 августа 1945 г. находился в с. Рай, Бережанского района, Тернопольской области". Показания "Чада" подтверждает бандит по кличке "Артём", бывший руководитель охранной боёвки Шухевича, который в течение двух лет безотлучно находился при нём, и его личная связная, по кличке "Наталка"… Находясь на территории западных областей Украины, "Белый" имел при себе личную охрану, состоящую из 10 бандитов, которые неотступно сопровождали его при передвижениях и охраняли на местах стоянок. Операцией, проведённой в сентябре 1945 г., почти полностью ликвидирована личная охрана "Белого" и порваны каналы связи, через которые он связывался с членами Ц.П., оставшимися на территории, и осуществлял руководство организацией. "Белый", лишившись связных, охраны и места укрытия… уведён к месту нахождения "Шелеста", где он, по-видимому, и находился до восстановления связи с членами Центрального провода ОУН, подбора связных и личной охраны, после чего перешёл в Рогатинский район и скрывается в схронах, вырытых для него бандитами из личной охраны, посланными им в мае 1945 года».