Та же строительная техника была применена и при сооружении домов второго периода, ориентация которых, однако, несколько отличалась от ранней. Дома второго поселения состояли обычно из двух помещений: главное, западное, имело площадь около 8*8 м, второе, восточное, почти тех же размеров, но возводилось гораздо менее тщательно.
В напластованиях второго поселения найдены женские статуэтки из глины и такие, же фигурки баранов и коз, три фигурки лягушек из полированного зеленого камня, обломки пяти антропоморфных сосудов, напоминающих аналогичную посуду из переднеазиатских культур Хаджилара и Хассуны (VII—VI тысячелетия), мелкие стержни из глины и камня, также имеющие аналогии в находках из Западной Азии.
Глиняная посуда в первом поселении преимущественно темных цветов с преобладающими ладьевидными формами, есть керамика с черной поверхностью; орнамент вдавленный, инкрустированный или расписной. Керамические изделия второго поселения заключают большое количество разновидностей. Простая керамика представлена здесь монохромной посудой с серой, красной, розовой и коричневой поверхностью. Расписная керамика изготовлялась росписью красным по белому и белым по красному или коричневому. Здесь же найдена посуда, украшенная орнаментом посредством вдавливания ногтем. Вся эта разнообразная посуда свидетельствует о большой тяге ранненеолитического населения Неа-Никомедии к жизнерадостным, ярким предметам быта. Типы посуды из Неа-Никомедии говорят о связи с фессалийским ранним неолитом, а также о соприкосновении с северобалканскими неолитическими культурами.
Обитатели поселка занимались и земледелием и животноводством. В напластованиях раннего неолита Кларк и Родден обнаружили более 2 тыс. зерен пшеницы, ячменя, чечевицы, гороха и, возможно, диких злаков. Были найдены и орехи. Предварительный анализ более чем 25 тыс. обломков костей показал, что обитатели Неа-Никомедии разводили преимущественно овец и коз. Крупный рогатый скот и свиньи занимали еще небольшое место. Весьма примечательно высокое качество небольших каменных орудий, изготовлявшихся обитателями Неа-Никомедии.
Приведенные выше материалы показывают, что обитатели Неа-Никомедии перешли к устойчивому оседлому образу жизни уже к последней трети VII тысячелетия. Непрерывное существование поселения в течение многих столетий указывает на полное завершение перехода от охотничье-собирательского быта к производящему хозяйству. Примечательно, что количество костей диких животных значительно уступает остаткам одомашненных коз и овец. Важно и то, что перечень культурных растений довольно разнообразен. Отмеченные обстоятельства позволяют сделать вывод, что обитатели Неа-Никомедии давно прошли стадию сочетания охотничьего хозяйства и архаических форм оседлого земледелия, их экономика полностью основывалась на земледелии и скотоводстве.
Духовная жизнь родовой общины в Неа-Никомедии была уже достаточно сложной. Фигурки лягушек из полированного серпентина позволяют думать о том, что представления эпохи тотемизма еще не исчезли в ранненеолитический период. Судя по тому, что одна из фигурок имела отверстие для подвешивания, эти изображения древних священных животных сохраняли свое магическое значение и носились в качестве амулета. Но вместе с новыми формами экономической деятельности обитатели Неа-Никомедии вырабатывали и новые религиозные нормы. Развивается культ женского божества, покровителя плодородия полей и стад, от которого так зависела жизнь тогдашних людей.
Представления о загробной жизни указывают на существование концепции о единстве рода: членов общины хоронили между домами внутри родового поселка. Захоронения совершали в неглубоких грунтовых ямах, покойники лежали в скорченном положении, без погребальных даров. Это обстоятельство говорит об отсутствии представлений о личной собственности даже на предметы обихода: видимо, община жила нерушимыми еще законами коллективной собственности. Возможно, что большое здание в центре являлось хранилищем производственного и ритуального имущества всего поселка. Но уже во втором поселении Неа-Никомедии засвидетельствовано появление печатей из обожженной глины с несложным рисунком, вырезанным на еще полутвердой глине. Введение в обиход печатей было вызвано, видимо, появлением какой-то системы запретов и ограничений для части общинников, налагаемых особо авторитетными членами родового коллектива. Наличие печатей в ранненеолитической Неа-Никомедии весьма важно для определения происхождения печатей всего юга Балканского полуострова.