Учебный курс академии провозглашал ценность знания как орудия, необходимого и для отправления истинной веры, и для успеха в реальной жизни. Внешнее (то есть нерелигиозное) знание уже не считалось угрозой и не рассматривалось априори в качестве антитезы вере. Философия и теология отныне не противопоставлялись друг другу; напротив, утверждалось, что образованный разум может и даже должен сочетать их в себе. Эта точка зрения, представляя собой существенный отход от преимущественно религиозной культуры допетровской России, делала упор как на материальную, так и на духовную жизнь личности. Таким образом, академия привнесла много светских (то есть частично философских и «научных») аспектов в культуру российской элиты, а ее деятельность представляла собой одну из сторон вестернизации этой элитарной культуры в конце XVII века. Более того, ряд выпускников академии занимали важные должности в правительстве Петра I (1682–1725, начало единоличного правления — 1689 год). Благодаря обучению в академии некоторые из них оказались готовы к решению задач, встававших в связи с вестернизационными инициативами Петра I.
Не менее важны для понимания роли Лихудов как ученых и преподавателей и история их собственного образования, а также контекст греко-российских отношений, в котором проходила их деятельность. Соответственно, в главе 1 будут рассмотрены греко-российские отношения в XVII веке и проанализирована концепция «православного содружества», господствующая в историографии раннемодерного православного мира. Подвергая критическому пересмотру концепт «православного содружества», под которым здесь понимается множество тех территорий на Балканах и в Восточной Европе, где были частично разбросаны восточноправославные общины, я показываю, что его раздирал внутренний конфликт, связанный с представлениями об истинном православном благочестии и вопросами ритуала и возникший из объективных исторических условий (включая господство турок над многими православными) и западных (главным образом католических) влияний. Глава 2 посвящена биографии Лихудов, включая разбор формального образования, полученного Иоанникием и Софронием в учебных заведениях постренессансной Италии, и исследование культурных импульсов, повлиявших на складывание интеллектуального облика обоих братьев. Хотя Софроний получил в университете Падуи степень доктора философии, падуанский аристотелизм, судя по всему, не оказал влияния на выбор Лихудами предметов для преподавания в Москве, по крайней мере в той степени, в какой речь идет об их подходе к некоторым аспектам натуральной философии. Напротив, решающими факторами в интеллектуальном формировании Иоанникия и Софрония послужила их учеба у Герасима Влахоса и в Коттунианской коллегии в Падуе. И Влахос, и Коттунианская коллегия дали двум братьям образование, которое покоилось на институциональных контурах и учебной программе иезуитских коллегий XVII века. Для Славяно-греко-латинской академии Иоанникий и Софроний использовали во многом те же образцы.
Лихуды-учителя трудились в Москве отнюдь не в вакууме. Подыскивая на греческом Востоке преподавателей для академии, которую предполагалось открыть в столице, царь и патриарх имели в виду конкретные цели. Поэтому темой главы 3 будет обзор российского образования до конца XVII века, включая предысторию создания академии и подробный анализ «Привилегии» — образцового школьного устава начала 1680‐х годов, отражающего задачи, поставленные перед образованием церковью и государством. В противоположность ряду прежних научных интерпретаций, утверждающих, что между царским двором и Московским патриархатом шла борьба за культурную ориентацию академии, я делаю упор на сотрудничество церкви и государства в деле строительства первого в истории России официально признанного учебного заведения. Соответственно, я провожу связь между положениями «Привилегии» и принципами, на которых было создано учебное заведение Иоанникия и Софрония. Что еще более существенно, я сопоставляю лихудовскую академию с западными учебными заведениями того же уровня и подчеркиваю, сколь многим академия была обязана иезуитским средним и высшим учебным заведениям. Посредством этого сопоставления я показываю, что издавна служившие источником подражания в Речи Посполитой и в греческих учебных заведениях на православном Востоке и в Италии иезуитские учебные заведения явились прототипом и для Славяно-греко-латинской академии. В России, как и в ряде других европейских государств раннего Нового времени, среднее и высшее институциональное образование в начале своего пути ориентировалось на иезуитские образцы. Этот факт заслуживает особого внимания, тем более что новая московская академия стала альма-матер для ряда политических и культурных фигур, игравших важную роль в правление царя-вестернизатора Петра I.