Благодаря деятельности двух физиологических отделений, руководителями которых были профессора Р. О. Лунц и А. И. Доброхотова, а также работе докторов Н. Ф. Альтгаузена, Е. А. Ивенской и Т. Н. Чеботаревской удалось снизить уровень смертности как среди недоношенных, так и младенцев физиологических отделений. Если в 1923 г. летальность во 2‑м физиологическом отделении составляла 29,8 %, то к 1927 г. Она снизилась до 5,4 %. В созданной доктором М. М. Райц клинике врожденного сифилиса летальность упала с 30 % в 1919 г. до 5 % в 1940 г.
Изучение учеными института физиологии пищеварения и обмена веществ у детей раннего возраста, исследование острых и хронических заболеваний органов дыхания, создание классификации пневмоний на основе реактивности организма ребенка, применение сульфаниламидов для лечения пневмоний одними из первых в стране способствовало значительному снижению детской смертности в Советском Союзе.
Созданная инфекционная клиника посвятила свои исследования таким актуальным в то время детским инфекциям, как дифтерия, корь, коклюш, скарлатина, дизентерия.
Важную роль в организации лечебно-профилактической помощи детскому населению страны играл гигиенический сектор Института.
Дальнейшее расширение Института состояло в организации отделения туберкулеза детей раннего возраста. Исследования руководителя этого отдела профессоров И. В. Цимблера и А. А. Ефимовой актуальны и в наше время.
В 1931 г. в институте было открыто неврологическое отделение. Его работа была тесно связана с деятельностью отдела развития и воспитания здорового ребенка, возглавляемого членом-корреспондентом АМН СССР профессором Н. М. Щеловановым и работой лаборатории по изучению развития мозга под руководством академика АМН СССР Б. Н. Клоссовского.
В 1932 г. Институт передал работу по повышению квалификации врачей в области микропедиатрии в Центральный институт для усовершенствования врачей, поскольку со временем в нем начали проводить научно-практическую работу не только в области раннего детства, но и изучение проблем детей старшего возраста.
3 °Cентября 1940 г. Государственный научный институт ОММ Наркомздрава СССР на основании Приказа Наркомздрава СССР № 480 был переименован в Центральный НИИ Педиатрии[40].
Через 5 мес после начала Великой Отечественной Войны большинство сотрудников Института педиатрии эвакуировали в Свердловск, часть – в Молотов (Пермь) и Казахстан. В трудные годы эвакуации научные сотрудники проводили большую научную и практическую работу, оказывая помощь местным органам здравоохранения. По возвращении в 1943 г. из эвакуации в Москву после восстановления клиник, лабораторий, инструментального оборудования в Институте возобновилась научно-исследовательская работа.
В декабре 1944 г. Институт педиатрии перешел в ведомство Академии наук СССР.
17 Ноября 1947 г. Указом Президиума верховного совета СССР за выдающиеся заслуги в области научно-исследовательской и организационно-методической работы по охране здоровья детей, в связи с 25‑летним юбилеем, Институт педиатрии АМН СССР наградили орденом Трудового Красного Знамени.
В послевоенные годы институт продолжал развиваться как многопрофильное научно-исследовательское клиническое педиатрическое учреждение.
В 1952 г. в Институте было открыто кардиологическое отделение, которое возглавила сначала профессор М. Н. Казанцева, а затем академик АМН СССР, профессор О. Д. Соколова-Пономарева, из состава которого в 1975 г. как самостоятельное подразделение вышло артрологическое отделение под шефством профессора А. А. Яковлевой.
Инфекционная клиника под руководством члена-корреспондента АМН СССР, профессора А. М. Доброхотовой, а в 60–70‑е гг. возглавляемая членом-корреспондентом АМН СССР, профессором С. Д. Носовым, внесла немалый вклад в значительное снижение заболеваемости и смертности от инфекционных болезней. Клиника также занималась изучением респираторных вирусных инфекций и влиянием профилактических прививок на организм ребенка.
После переезда в 1962 г. института в новое здание на Ломоносовском проспекте в нем произошли структурные изменения, и впервые в стране были созданы нефрологическое, аллергологическое, хирургическое отделение, гастроэнтерологическая группа, отделение функциональной диагностики, лаборатории клинической иммунологии, вирусологии, цитохимии и другие подразделения.