Заповеди его подтверждаются реальной деятельностью. Активно сотрудничая в журнале «Аль-Муктатаф» — крупнейшем либеральном научно-литературном органе тогдашнего Египта, — Зейдан выпускает одно за другим разнообразные по тематике исторические сочинения, материал для которых он черпает в основном из трудов европейских ученых: «Новая история Египта», «Общая история масонства», «Всеобщая история от сотворения мира до наших дней», «История Греции и Рима» и др. В 1891 году выходит его первый роман — «Беглый мамлюк», снискавший гораздо больший успех, чем его предыдущие научные сочинения.
В 1892 году Зейдан основывает свой знаменитый литературно-научный журнал «Аль-Хиляль» («Полумесяц»), существующий и пользующийся популярностью до сих пор. Вплоть до самой смерти Зейдан остается бессменным его редактором и обычно более чем наполовину заполняет его собственными произведениями — научными статьями, публицистикой, романами. Последовавшие за «Беглым мамлюком» романы с исторической тематикой — «Пленник аль-Махди» (1892), в котором он описывал свои суданские впечатления, «Произвол мамлюков» (1893) и «Египтянка Арманоса» (1895) — были приняты публикой с таким интересом, что Зейдан задумывает целую серию произведений, в которых предполагает изложить всю историю арабов в наиболее драматических ее эпизодах. Последний роман серии — «Шаджарат ад-дурр» вышел в год смерти автора; события в нем доведены до конца правления династии Эйюбидов в Египте (XIII век). Всего было написано двадцать два романа.
Романами Зейдана зачитывались. Главы, едва вышедшие из-под его пера, тут же попадали в очередной номер «Аль-Хиляля», хотя порой дальнейший ход событий самому автору рисовался смутно. После опубликования в журнале романы сразу же выходили отдельными книжками, выдержав по нескольку изданий еще при жизни автора.
Одновременно продолжается и разнообразная научная деятельность Зейдана, преимущественно в области истории и филологии. Наибольший интерес среди его многочисленных научных трудов представляют «История мусульманской цивилизации» (1902–1905) и «История арабской литературы» (1911–1914), в работе над которыми автор впервые применил методы европейской науки и в то же время обогатил историю новыми материалами, почерпнутыми из арабских рукописных источников, часто недоступных европейским ученым.
Прогрессивная критика высоко ценила сочинения Зейдана, отмечая, впрочем, отдельные его ошибки в использовании источников. В то же время мусульманские ученые-консерваторы встретили его новаторские труды в штыки, возмущаясь тем, что он, христианин, посмел касаться в своих сочинениях сугубо мусульманских тем и открыто высказывать по их поводу собственное мнение. Под нажимом консерваторов руководство Каирского университета, пригласившее Зейдана прочесть курс лекций по истории ислама, вынуждено было взять свое приглашение назад во избежание скандала.
Нет нужды говорить о том, что яркая разносторонняя личность Зейдана сыграла большую роль в арабском просветительском движении на рубеже XIX–XX веков. «Он был учителем всего народа», — так оценивает его деятельность современный иракский ученый Хамди аль-Хайат. Говоря это, он имеет в виду, что научные труды Зейдана получили признание арабской интеллигенции, а романы его были популярны среди самой широкой публики.
Зейдан соединяет в романах реальные исторические факты, почерпнутые из достоверных источников, с художественным вымыслом. Это пытались сделать еще его предшественники, правда в достаточно наивной форме: переписывая дословно, согласно арабской историографической традиции, целые части из средневековых хроник, они разворачивали на фоне исторических событий нехитрый любовный сюжет, стремясь привлечь этим малоискушенного читателя. Зейдан также вводит в сюжет вымышленных героев, но, наподобие Вальтера Скотта или Александра Дюма, так тесно сплетает их судьбы с историческими событиями, что обе сюжетные линии становятся неотделимы друг от друга. И если можно говорить о влиянии европейского исторического романа на творчество Зейдана, то это касается в первую очередь именно структуры сюжета. Задачи же арабский автор ставит перед собой иные: его интересует не «верное изображение развития человеческого духа в той или другой эпохе», как определял В. Г. Белинский содержание романов В. Скотта, и не романтическая экзотика прошлого — Зейдан прежде всего стремится ознакомить читателя с конкретными историческими фактами, обогатить своих соотечественников знаниями о прошлом. Отсюда его исключительно бережное отношение к истории, к источникам, которыми он пользуется, частые ссылки на них; отсюда и очень точные, суховатые исторические или историко-географические справки в начале почти каждого романа или отдельных глав, и почерпнутые из источников подробнейшие описания городов, обстановки, костюмов, обычаев, нередко замедляющие развитие действия даже в самые напряженные его моменты.