Насер впервые бросил Кутуба в тюрьму в 1954 году, но после трех месяцев освободил и позволил стать редактором мусульманского журнала «Аль-Ихван аль-Муслимин», печатного органа братства. Возможно, Насер надеялся, что эта показная милость укрепит его авторитет среди исламистов и воспрепятствует их выступлениям против светских идеалов нового правительства. Или он полагал, что Кутуб достаточно наказан пребыванием в тюрьме. Насер, как и король Фарук, недооценивал непримиримость врага.
В то время как Насер договаривался с британцами о соглашении, которое положило бы конец оккупации, Кутуб написал немало резких критических передовиц, призывающих к джихаду. В августе 1954 года правительство закрыло журнал. К тому времени неприязнь между «братьями-мусульманами» и военными лидерами достигла уровня ненасильственной оппозиции. Стало ясно, что Насер и не собирался производить исламскую революцию. Кутуб был настолько взбешен, что создал тайный заговор с египетскими коммунистами, закончившийся неудачной попыткой свергнуть Насера.
Идеологическая война достигла кульминации ночью 26 октября 1954 года. Насер обратился к огромной толпе на площади в Александрии. Вся страна не отрывалась от радиоприемников, когда член мусульманского братства вырвался вперед и восемь раз выстрелил в египетского президента. Он ранил охранника, но в Насера так и не попал. Это был поворотный момент его правления. Несмотря на хаос и панику, Насер продолжал говорить. «Пусть они убьют Насера! Кто такой Насер, если он один из многих? — кричал он. — Я жив, но даже если я умру, то все вы — Гамаль Абдель Насер!» Если бы покушавшийся попал, то он, возможно, стал бы героем, но неудача принесла Насеру невиданную ранее популярность. Это позволило ему повесить шестерых заговорщиков и посадить тысячи других в концентрационные лагеря. Насер думал, что он сокрушил «братьев» раз и навсегда.
Рассказы о мучениях Саида Кутуба в тюрьме создали своего рода «Страсти» исламских фундаменталистов. Говорят, что в момент ареста у Кутуба была сильная лихорадка, но офицеры государственной безопасности надели на него наручники и бросили в тюремный автомобиль. В пути он несколько раз терял сознание. На протяжении многих часов его держали в клетке с бешеными собаками и затем избивали во время долгих допросов. «Революционные методы применялись к нам в полном объеме», — сказал он на суде, подняв рубашку, чтобы показать следы пыток.
Благодаря признаниям других членов братства результаты судебного расследования стали настоящей сенсацией, представив картину запланированного государственного переворота: разрушение Александрии и Каира, взрывы мостов на Ниле и многочисленные убийства. Беспрецедентная волна террора должна была быть направлена на то, чтобы превратить Египет в примитивную теократию. Улики доказывали, однако, что братья оказались слишком неорганизованны. Три помощника верховного судьи, одним из которых был Анвар Садат, наблюдали за этими слушаниями. Суд приговорил Кутуба к пожизненному заключению, но когда его здоровье ухудшилось, срок сократили до пятнадцати лет.
Кутуб никогда не отличался хорошим здоровьем. У него было слабое сердце, впалый живот и пояснично-крестцовый радикулит. После того как в тридцатилетием возрасте он перенес пневмонию, проблемы с бронхами беспокоили его постоянно. В тюрьме у него случилось два сердечных приступа и отек легких, что, возможно, являлось результатом пыток или туберкулеза. В мае 1955 года его перевели в тюремную больницу, где он оставался в течение последующих десяти лет. Большую часть времени Кутуб писал простые, глубоко личные комментарии под названием «В тени Корана». Этот восьмитомный труд поставил его рядом с самыми значительными исламскими мыслителями. Но его политические представления изменились.
Некоторые заключенные из числа «братьев» устроили забастовку и отказались выходить из камер. По ним немедленно открыли огонь. Двадцать три человека были убиты и сорок шесть ранены. Кутуб находился в тюремной больнице, когда туда привезли пострадавших. Потрясенный и испуганный Кутуб задался вопросом, как его единоверцы мусульмане могли вести себя так жестоко по отношению друг к другу.
Кутуб пришел к радикальному заключению: служа Насеру, тюремщики отреклись от Аллаха. Поэтому они не были мусульманами в полном смысле слова. По мнению Кутуба, они отлучили сами себя от исламского общества. В арабском языке нашлось для этого точное слово — такфир[13]. Хотя виновато не слово, а принцип отлучения, сформулированный, чтобы оправдать кровопролитие внутри ислама на протяжении всей его истории. В тюремной больнице этот принцип возродился.