Через семью и друзей Кутуб сумел постепенно передать на волю манифест под названием «Вехи» («Маалим фи аль-Тарик»), В течение многих лет этот манифест, написанный в форме длинных посланий брату и сестрам, также бывшим убежденными фундаменталистами, распространялся подпольно. Язык писем был понятным и выстраданным. Их издали в 1964 году, а затем пять раз переиздавали, прежде чем книгу запретили. Любого, у кого находили это издание, могли обвинить в заговоре. По своим кровавым последствиям вдохновенный апокалипсический труд Кутуба мог сравниться только с «Общественным договором» Руссо и «Что делать?» Ленина.
«Человечество сегодня находится на краю пропасти», — утверждает Кутуб в начале. Человечеству угрожает не только ядерная война, но и утрата ценностей. Запад потерял жизненную силу, а марксизм потерпел неудачу. «На этом критическом и роковом перекрестке должен быть осуществлен поворот к исламу и мусульманскому обществу». Но прежде чем ислам сможет себя проявить в полную силу, он должен восстановить себя изнутри.
Кутуб делит мир на два лагеря: ислам и джахилию. Кутуб использует этот термин, чтобы заклеймить всю современную жизнь: поведение, мораль, искусство, литературу, законы, даже большую часть из того, что пришло из исламской культуры. Только полное отрицание рационализма и западных ценностей вызывает слабую надежду на искупление ислама. Он ставит последователей перед выбором: чистый изначальный ислам или гибель всего человечества.
«Мусульманское общество давно прекратило существование», — не унимался Кутуб. Оно «рухнуло под грузом ложных законов и учений, которые даже отдаленно не связаны с исламским вероучением». «Человечество нельзя спасти, если мусульмане не вернут славу своего раннего и самого чистого учения». «Мы должны начать движение исламского возрождения во всякой мусульманской стране, — пишет он, — чтобы явить пример, который в конечном счете приведет ислам к мировому господству». «Должен быть авангард, готовый отправиться вперед с этими намерениями, — объявлял Кутуб. — Я написал «Вехи» для этого авангарда, который, я считаю, должен действительно воплотить эти идеалы». Эти слова отозвались эхом в ушах многих поколений молодых мусульман, жаждущих сыграть свою роль в истории.
В 1964 году президент Ирака Абдул Салам Ареф лично обратился к Насеру с просьбой предоставить Кутубу свободу, обещая, в свою очередь, пригласить его в Ирак и назначить на важный правительственный пост. Кутуб заколебался. Как только он возвратился на виллу в Хельван — немедленно организовал новый заговор.
На воле Кутуб сумел быстро восстановить секретный отдел братства. Правительство Саудовской Аравии тайно снабжало его группу деньгами и оружием, но в его организации уже было немало агентов правительства. Два человека назвали Саида главой очередного заговора. Спустя всего шесть месяцев после освобождения тайная полиция вновь арестовала Кутуба на морском курорте к востоку от Александрии.
Суд над Саидом Кутубом и его сорока двумя последователями открылся 19 апреля 1966 года и продолжался почти три месяца. «Мусульманину настало время отдать жизнь, чтобы положить начало исламскому движению», — вызывающе заявил Кутуб в начале процесса. Он с горечью признавал, что новый антиколониальный Египет породил более жестокий режим, чем предшествующий. Судьи не прилагали особых усилий, чтобы казаться беспристрастными; во время процесса главный судья нередко превращался в обвинителя, а зрители криками приветствовали этот очевидный фарс. Единственным реальным свидетельством обвинения против Кутуба была книга «Вехи». Он встретил смертный приговор с благодарностью. «Слава Аллаху! — объявил он. — Я совершал джихад в течение пятнадцати лет, пока не заслужил это страдание».
Насер недооценивал твердость своего противника. Когда демонстранты заполнили каирские улицы, протестуя против исполнения приговора, Насер понял, что Кутуб более опасен для него мертвый, чем живой. Он послал в тюрьму Садата, которого Кутуб встретил, облаченный в традиционную красную одежду приговоренного к смерти. Садат обещал, что если Кутуб обратится с апелляцией, то Насер в очередной раз проявит милосердие. Тот был готов снова предложить Кутубу пост министра просвещения. Но последний отказался. Тогда его сестра Хамида, также находившаяся в тюрьме, обратилась к нему с мольбой. «Исламское движение нуждается в вас, — упрашивала она брата. — Пишите ваши послания!» Кутуб ответил: «Мои слова станут сильнее, если меня убьют». На рассвете 29 августа 1966 года, после молитвы, Саид Кутуб был повешен. Правительство отказалось отдать его тело семье, опасаясь, что могила станет святыней для его последователей. Угроза исламского фундаментализма, казалось, сошла на нет. Но авангард Кутуба уже услышал призыв.