Мусауи, скорее всего, был членом группы заговорщиков второй волны, которая должна последовать после 11 сентября и накрыть города западного побережья. Если бы агенту в Миннеаполисе разрешили более обстоятельно побеседовать с Мусауи, он мог бы установить его связь с Рамзи бен аль-Шибхом, пославшим ему деньги. У Мусауи на руках была справка с места работы в компании «Инфокустек», подписанная Язидом Суфаатом. Это имя ничего не говорило ФБР, ибо ЦРУ держало в секрете информацию о конспиративной встрече в Куала-Лумпуре. ФБР не смогло сопоставить сведения из управления в Миннеаполисе с предостережением Кеннета Уильямса из Феникса. Как обычно, они утаили эту информацию от Дика Кларка и Белого дома, поэтому ни у кого не было полной картины происходящего.
22 августа О’Нейл написал электронное письмо Лу Ганну, потерявшему во время взрыва на «Коуле» сына. «Сегодня мой последний день, — сообщил О’Нейл. — За тридцать один год государственной службы самым важным моментом было руководство расследованием нападения на эсминец «Коул». Я вложил всего себя в это расследование и воистину верую, что был достигнут большой прогресс. Вам и вашим семьям неизвестно, как я плакал из-за потерь. Я поминаю вас в моих молитвах и продолжаю идти по следу преступников, уже будучи частным лицом. Господь да благословит вас, вашу любовь, ваши семьи, и да благословит Господь Америку».
О’Нейл уже упаковывал вещи в своем кабинете, когда к нему пришел проститься Ати Суфан. Он должен был на следующий день вновь вылетать в Йемен. Практически последним делом О’Нейла на государственном посту стала подпись на приказе, отправлявшем следственную бригаду в Йемен. Два человека перешли улицу по направлению к закусочной «Джо’з динер». О’Нейл заказал гамбургер и сэндвич с сыром.
«Почему ты не хочешь изменить свой неправедный путь? — неожиданно бросил ему Суфан. — Ты же идешь в ад». Но О’Нейлу было не до шуток. Он попросил Суфана зайти к нему во Всемирный торговый центр после возвращения из Йемена. «Я приду, чтобы просто побыть с тобой», — сказал тот. Ему было странно слышать, чтобы О’Нейл просил так смиренно.
Затем Суфан сообщил Джону, что собирается жениться. Он беспокоился, как О’Нейл отреагирует на это. В прошлом, когда они говорили о женщинах, О’Нейл обычно остро иронизировал или делал вид, что ему неприятна эта тема. «Знаешь ли ты, сколько стоит получить развод? — неожиданно спросил О’Нейл. — Это дорого обойдется».
О’Нейл сказал о суженой Суфана: «Раз она согласилась, то должна быть хорошей девушкой».
На следующий день Джон начал работу во Всемирном торговом центре.
В первый день после ухода О’Нейла Мэгги Гиллеспи, аналитик ФБР, изучавшая материалы о встрече в Малайзии, уведомила Службу иммиграции и натурализации, Государственный департамент, таможню и ФБР о том, что она просит включить Халеда аль-Мидхара и Навафа аль-Хазми в разыскные списки. Она отметила, что они оба уже прилетали в Лос-Анджелес в январе 2000 года, в то самое время, когда Ахмед Ресам планировал взорвать городской аэропорт. После этого Мидхар покинул страну, но потом вернулся. Гиллеспи передала информацию своей коллеге Дине Кореи, аналитику разведки в штаб-квартире ФБР.
Встревоженная информацией, Кореи послала сообщение куратору группы 1–49, озаглавленное «МТ: «Аль-Каида». «МТ» означало «международный терроризм». Сообщение срочно приняли к рассмотрению. Был небольшой комментарий, что Халед аль-Мидхар мог быть связан с «Аль-Каидой», вступал в контакты с террористами, подорвавшими «Коул», поэтому и представлял «угрозу национальной безопасности». Команда получила указание «выяснить местонахождение аль-Мидхара и отследить его контакты и причины пребывания в Соединенных Штатах». Но, по словам Кореи, не нашлось ни одного сотрудника по криминалитету, который был бы в курсе дела. Наконец, задачу поручили сотруднику разведки, для которого это было вообще в новинку.