Суд тянулся в течение трех лет. Иногда подсудимых приводили на процесс каждый день, но порой проходили многие недели, прежде чем они возвращались в импровизированный зал суда. Они были из разных групп, и многие даже не знали о существовании других организаций до того, как оказались вместе на скамье подсудимых. Естественно, они снова прибегли к конспирации. Пока некоторые нетерпеливо говорили о возрождении, другие вели бурные споры, почему их тайные ячейки были раскрыты, а все движение развалилось. «Мы были побеждены и потому проиграли», — признавался Завахири одному из заключенных. Они проводили много дней, раздумывая, почему заговор потерпел неудачу и как можно было бы достичь цели. «Айман сказал мне, что он не хотел, чтобы Садата убили, — вспоминал его сокамерник и биограф Монтасир аль-Зайят. — Он думал, что нужно ждать и вырвать режим с корнем, организовав военный переворот. Он был не столь кровожаден».
Образованность, происхождение и относительное богатство сделали Завахири заметной фигурой. Вскоре к нему в тюрьму пришел водитель с передачей от семьи, которую Айман распределил между заключенными. Он также помогал в тюремной больнице.
В тюрьме Завахири встретился лицом к лицу с самым известным египетским фундаменталистом шейхом Омаром Абдул-Рахманом, который также проходил по делу об убийстве Садата. Немного странный, морально сильный, ослепший в детстве из-за диабета, шейх приобрел известность в исламистских кругах благодаря красноречивым обвинениям в адрес Насера, продержавшего его в тюрьме восемь месяцев, не предъявив обвинений. После смерти Насера влияние Слепого Шейха усилилось, особенно в Верхнем Египте. Там он преподавал богословие в филиале университета «Аль-Азхар» в Асьюте, где у него было множество последователей. Кроме того, он возглавлял «Исламскую группу». Некоторые из молодых исламистов вымогали деньги на нужды своего движения у коптских христиан, составлявших лишь 10 % египетского населения, но среди которых было много владельцев магазинов и мелкого бизнеса. Иногда фундаменталистская молодежь просто вторгалась на коптские свадьбы и грабила гостей. Богословие джихада требует обоснование фетвой — религиозным постановлением, — чтобы оправдать такие действия, которые иначе рассматривались бы как преступление. Шейх Омар любезно выпустил фетву, одобрявшую террор, направленный против христиан и ограбление коптских ювелирных магазинов, основываясь на том, что существует состояние войны между христианами и мусульманами.
Когда Садат наконец попытался обуздать исламистов. Спелой Шейх отправился на три года в Саудовскую Аравию и другие арабские страны, где нашел богатых покровителей и благодарных слушателей. Возвратившись в Египет в 1980 году, он стал уже не просто духовным наставником «Исламской группы», но эмиром организации. В одной из своих первых фетв шейх Омар объявил, что еретический лидер заслуживает смерти. На процессе по обвинению в покушении на Садата адвокат убедил суд, что его клиент не подразумевал египетского президента, ибо он не назвал его по имени, и, самое главное, шейх имел лишь косвенное отношение к заговору. Спустя шесть месяцев после заключения под стражу шейха освободили.
Хотя две ведущие воинствующие организации «Исламской группы» и «Аль-Джихада» имели общую цель — свержение правительства, — тактика и идеология их сильно отличались. Слепой Шейх проповедовал, что все человечество должно принять ислам, и стремился открыто распространять Коран. Завахири с этим не соглашался. Он презирал массы и высокомерно относился к любой вере, кроме своей собственной версии ислама, и предпочитал действовать тайно до того момента, когда его группа сможет захватить власть и наложить на всех тоталитарный религиозный закон.
«Исламская группа» и «Аль-Джихад» сотрудничали под руководством шейха Омара, но члены «Аль-Джихада», включая Камари и Завахири, стремились создать единую организацию под собственным контролем. В Каирской тюрьме члены двух организаций бесконечно спорили о лучшем способе совершить истинную исламскую революцию и часто ссорились, кто должен стать вождем. Завахири указал, что шариат запрещает эмиру быть слепым. Шейх Омар поспорил с этим. Шариат также установил, что эмир не может исполнять свои обязанности в заключении. Соперничество между Омаром и Завахири перешло все границы. Зайят пробовал уговорить Завахири не досаждать шейху, но Айман не уступал. Результатом стало серьезное размежевание. Обе организации объединились вокруг своих упрямых вождей.