Таким образом, операции все затягивались и затягивались. Однако постепенно чаша весов начала склоняться в пользу Альбы. Вначале война шла на территории Баварии. Основной укрепленный пункт Инголыптадт, почувствовав опасность, прекратил сопротивление; Нейбург на Дунае вынужден был сдаться. Донауверт последовал примеру Нейбурга; в конце года был взят Нордлинген.
Под Грундлингеном шмалькальденские военачальники еще надеялись спасти положение. Им удалось начать битву при благоприятных условиях. В середине наступления Альба приказал трубить отбой. И друзья и враги пришли в ужас. Развязка близка, а прервать битву еще хуже, чем проиграть. Однако Альбу ничего не трогало. Решение было принято уже давно: он хотел выиграть не битву, а войну.
Он отступил и занял Франконию, лишив тем самым протестантов облюбованных ими зимних квартир. Затем наступила очередь Франкфурта, Ульма и, наконец, Вюртемберга. Если бы все происходило по желанию Карла, то поход продолжался бы и зимой. Однако Альба настоял на том, чтобы дать солдатам отдохнуть на зимних квартирах, и вследствие этого наступил перерыв.
Заслуги Альбы были настолько выдающимися, что у Карла возникла мысль предложить ему герцогство Вюртембергское, обладатель которого присоединился к Шмалькальденскому союзу, но вынужден был сдаться и оказался смещен. Для испанского гранда это было большое искушение, однако он решил отказаться от такого подарка.
Зимой сдался Нюрнберг, и вместо Карла Альба принял присягу города на верность. Затем продолжилось продвижение на север через Эгер и Мейсен. Когда весной следующего 1547 года возобновились военные действия, то они велись в сердце протестантизма — Саксонии.
Под Мюльбергом, на Эльбе, у предводителя Шмалькальденского союза курфюрста Иоганна Фридриха Саксонского был лагерь, который он считал неприступным, поскольку войска императора находились на противоположном берегу реки и с трудом могли переправиться. Не ясно, исходил ли план такой попытки от Карла и Альба поддержал его, тщетно пытаясь вначале переубедить императора, или же его разработал сам Альба. Во всяком случае, накануне битвы он нашел крестьянина, который указал ему брод. На рассвете 24 апреля первые испанские всадники переправились через реку. Сам герцог последовал за конной разведкой на лодке крестьянина. Не успел Иоганн Фридрих опомниться, как был окружен. За несколько часов все решилось, а сам курфюрст попал в плен. Эта битва была величайшим триумфом не только императора, но и Альбы. Даже брат Карла, король Фердинанд, который сильно недолюбливал Альбу, вынужден был извиниться за недоверие и подозрительность.
Когда двенадцать лет спустя французский король Генрих спросил у герцога, как ему удалось добиться победы за такое короткое время, — не иначе, как для Иисуса Навина под Иерихоном, солнце опять остановило свой ход — Альба усмехаясь ответил, что в то утро у него было столько дел на земле, что не хватило времени проследить движение светил на небе.
Когда люди добиваются решительной победы, весьма полезно на какое-то время остановиться. Когда Карл, Альба, Иоганн Фридрих, да и весь мир считали, что ход событий решен, что выиграна не только битва, но и война, события продолжали развиваться, причем в пользу побежденных. Вскоре после Мюльберга Альба посоветовал, заняв Виттенберг, выкопать останки Лютера и развеять их по ветру. Карл ответил, что он воюет с живыми, а не с мертвыми. Но хотя Лютер и был мертв, протестантизм жил.
Впрочем, вначале напряжение не спадало. Саксонский курфюрст был в плену. Его передали герцогу Альбе для надзора и приговора. Как мятежник он был приговорен к смертной казни. Карл заменил казнь на пожизненное заключение. Жене узника, который жил в подобающем сану комфорте, разрешили посетить супруга. К ней отнеслись с глубоким уважением, так что она была крайне удивлена дружелюбием столь ужасных, судя по описаниям, испанцев, и прежде всего герцога Альбы. Князем стал Мориц, племянник курфюрста. Напрасно Альба предостерегал от этого шага, напрасно предлагал сохранить титул за находившимся в заключении Иоганном Фридрихом. Карл, который купил поддержку Морица за титул курфюрста, не хотел нарушать своего слова.
Второй лидер Шмалькальденского союза, ландграф Филипп Гессенский, также был захвачен в плен. В середине июня он прекратил сопротивление и обратился к Карлу с просьбой о пощаде. В тот же день его пригласили на обед к герцогу Альбе, но перед уходом внезапно окружили, а герцог потребовал у него шпагу. Эта сцена стала печальной прелюдией того, что двадцать лет спустя пришлось пережить в Брюсселе графу Эгмонту.