Первые шаги Альбы не давали каких-либо оснований судить о его дальнейших намерениях. Его въезд в Брюссель прошел с большой помпой, но он постоянно подчеркивал, что является лишь вторым лицом, а Маргарита — подлинная правительница. Первый визит был нанесен ей. От беседы тянуло холодком Маргарита не скрывала досады и разочарования. Герцог, напротив, внешне был очень любезен, но в деловых вопросах строг и непреклонен. Он изложил ей свои военные задачи и дал понять, что, кроме того, имеет и более широкие полномочия. Примечательно то, что рассказывают об этой беседе' на вопрос, какого рода эти полномочия, он ответил, что сейчас точно вспомнить не может, но надеется от случая к случаю их припоминать.
Затем Альба принялся за работу. Он начал 5 сентября 1567 года с учреждения следственного суда — «Совета о мятеже», который народ прозвал «Советом крови». «Совет о мятеже» имел в политической сфере те же задачи, что и инквизиция в религиозной, то есть преследование и устранение мятежных умов. Его задачей были допросы и сбор доказательств; приговор выносил председатель — герцог Альба.
С самого начала совет вызвал всеобщую ненависть из-за последовавшего через четыре дня после его учреждения ареста графа Эгмонта и графа Горна, а также антверпенского бургомистра Стрэлена, приглашенных для обсуждения вопроса об укреплении Антверпена. Маргариту заранее не оповестили об этом событии; ответственность взял на себя герцог Альба. С королем Филиппом было согласовано, что следует «отсечь главы», дабы лишенный руководства народ вновь привести к смирению. Процесс против Эгмонта начался еще до учреждения «Совета о мятеже». Филипп согласился с предложениями Альбы о том, как обойти привилегии Эгмонта, который был рыцарем ордена Золотого Руна.
В остальном деятельность «Совета крови» была вначале не слишком обширной. Альба не спешил применять строгие меры, в гораздо большей степени он старался, как и во время боевых походов, подавить основное сопротивление, вызвав у противника страх своими приготовлениями и репутацией. Лишь на второй год приговоры с гали многочисленнее, но и тогда количество их составляло от 6 до 18 в месяц.
Затем он заложил крепость в Антверпене — этому жители города успешно сопротивлялись при всех властителях уже в течение столетия.
Следующим шагом герцога было послать вспомогательный корпус для поддержки католической партии во Франции. Эта мера стала последней, с которой пришлось смириться Маргарите Пармской как правительнице, проводившей политику невмешательства. Вскоре она покинула свой пост, и Альба стал во главе тринадцати провинций. Его полномочия, с самого начала детально расписанные, постоянно расширялись; он распоряжался как истинный правитель. В мае 1569 года король даже уполномочил его самостоятельно вести переговоры со всеми царствующими домами и князьями. Впрочем, Альба все докладывал королю точнейшим образом; и хотя, после того как герцог послал в Испанию наемных офицеров, король по- жаловался, что Альба скоро будет считать Испанию страной, в которой он может издавать законы по своему усмотрению, в первые годы не было случая, чтобы Филипп не согласился с его мероприятиями.
Герцог уделял много внимания также улучшению управления страной. Он принял меры по унификации мер и весов, равному налогообложению всех классов и честному правосудию.
Поскольку герцог всеми своими действиями выказывал осмотрительность и предосторожность, а также избегал крайностей, то нидерландские дворяне, бежавшие за границу, были разочарованы в своих надеждах на восстание населения против испанского режима и взялись за оружие, чтобы нарушить восстановленный покой. Они добывали деньги, нанимали войска и готовили нападения с севера и юга. Под Хейлигерли, на севере Нидерландов, ими была одержана внушительная победа (в этой битве погибли брат принца Оранского и один из генералов Альбы). Однако сказывалось отсутствие способных командиров, которые сумели бы правильно использовать победу, и единства действий двух армейских групп, кроме того, не было поддержки со стороны населения. Гнет испанцев оказался не более сильным, чем гнет соотечественников.