Три роковые ошибки герцога обусловили переход к силовым методам: после своей победы он продолжал считать нидерландцев мятежниками; не объявил всеобщей амнистии; обложил непомерными налогами. Альба укрепил военную власть и разместил гарнизоны по всей стране, заполнил судебные инстанции и органы управления людьми, чьи профессиональные способности имели меньшее значение, чем их благонадежность. У политических противников он конфисковал земли и деньги, высылал и даже казнил их. Были открыты школы, насаждавшие испанские идеи, ограничены путешествия за границу, запрещена учеба там. Герцог лично выдавал разрешение на иностранные паспорта. Все эти меры получили безоговорочную поддержку Филиппа: «Я не мог бы сделать ничего лучшего, чем не мешать вам управлять», — писал ему монарх.
Неблагоприятное воздействие бессмысленных учреждений еще больше увеличилось за счет строгих порядков. Количество процессов росло. Для тех, кому удалось бежать, устанавливались сроки, чтобы предстать перед судом герцога, в противном случае приговор выносился заочно. В семьях посеяли раздор. Совершались зверства, распространялась бессовестная клевета на всех, процветала болезнь доносительства.
Однако выводить из этих мер заключение непосредственно о характере герцога Альбы и его взглядах было бы неверным. Как и для Кальвина в Женеве, строгость была для герцога Альбы принципом, жестокости он не хотел. В тех формах, которые оба создавали, они видели единственный путь к порядку. Альба приступал к созданию новых учреждений с большими колебаниями. Свою судебную систему он сначала ввел только в городе Арнеме в Голландии; новую систему управления опробовал сначала в Гронингене; новый кодекс страхования для заморской торговли был разработан для Антверпена; запрет подозрительных сочинений был введен только в части страны. Меры Альбы ни в коем случае не были направлены только против иноверцев. Так, он ограничил права католического духовенства распоряжаться церковными землевладениями, обратился к Филиппу и к папе с жалобой на распущенность слуг церкви, а позднее даже предложил продавать ценные предметы культа, с тем чтобы вырученные средства губернатор мог использовать на восстановление истинной религии.
Альба хотел объявить амнистию сразу же после казни Эгмонта, но затем решил приурочить ее к визиту Филиппа, который так и не состоялся. Позднее Альба счел более мудрым постоянно держать мятежное население под угрозой. Так прошел весь 1568 год. Герцог многократно требовал от своих советников проекты амнистии, но так и не решился объявить ее. Лишь получив от короля различные предложения по амнистии, он вновь вернулся к этой мысли, но опять последовала отсрочка.
В конце концов в марте 1570 года Филипп энергично потребовал объявления амнистии, и в середине июля 1570 года — почти три года спустя после прибытия Альбы — она была объявлена в Антверпене. Впрочем, помилований было мало, а перечень исключений очень длинный. Хотя Альба и утверждал, что из четырех поступивших к нему проектов он выбрал самый мягкий, но добавил к нему две оговорки, которые его ужесточили. Оригиналы проектов утрачены, поэтому нельзя сделать более точное заключение, но остается фактом, что неполная амнистия сказалась на Испании хуже, чем проигранная битва, и ответственность за это несет Альба.
Самой роковой ошибкой герцога Альбы было введение колоссальных налогов. Разумеется, деньги должны были вноситься самой влиятельной частью населения, купцами. Вопрос о налогах был следствием денежных затруднений короля, которого Альба уже второй год держал в ожидании необходимых средств. Вскоре король потребовал поступлений из Нидерландов, заставив тем самым герцога прибегнуть к жестким мерам. После долгих совещаний и длительной переписки Альба вынужден был решиться установить налог на имущество в размере одного процента, на продажу земельных участков — пять процентов и налог с продажи — десять процентов. Хотя купцам после долгих переговоров удалось добиться замены налога с продаж на единовременную выплату двух миллионов дукатов, их дела понесли непоправимый урон, а симпатии — исчезли.
Сомнительно, чтобы герцог Альба при введении различных мер полностью отдавал себе отчет в их фундаментальном значении. Действительно, в некоторых отношениях он действовал скорее в русле старых воззрений, не соответствовавших духу времени. Выступал за усиление центральной власти вместо феодальной раздробленности. Пытался ограничить права дворянства, основанные на традиционных привилегиях и препятствующие энергичному управлению государством. Его усилия были направлены на то, чтобы создать крепкую законную и финансовую основу для осуществления управления. Для этого было необходимо заменить налоги и службу (в духе средневековых отношений между королем и вассалом), которые осуществлялись добровольно и постоянно заново согласовывались, на установленные властителем твердые платежи, которые обязан был производить подданный (в духе современных конституций государств).