Перед вступлением в Португалию Альба устроил перед королевской четой парад, который должен был подтвердить его примирение с королем. Филипп, со своей стороны, не мог избежать давления обстоятельств и без всякой просьбы со стороны Альбы приказал освободить Фадрике.
Назначения Альбы было достаточно, чтобы повергнуть противника в страх и наполовину выиграть кампанию. 1 июля, через несколько дней после выступления, из Порталегре и Эстремоса на границе пришли первые победные реляции. День за днем армия продвигалась в глубь Португалии. На этот раз герцог отказался от своей привычки относительно небольшой, высоко дисциплинированной и по возможности хорошо оплачиваемой армии. Он навербовал так много солдат, что португальцам пришлось с самого начала оставить мысль об обороне. Как обычно, в своем последнем походе он пытался избежать ненужных битв. Там, где речь шла о войне, он все еще проявлял подвижность ума, которая отличала его на юге Германии, в Италии, Нидерландах и делала способным постоянно менять стратегию неожиданно для врага. Его последний поход также был своего рода шедевром.
Несмотря на напряжение и физические страдания, Альба должен был регулярно посылать отчеты королю, поскольку Филипп сразу же начинал жаловаться, если их не было, как, например, перед решающей битвой под Алькантарой. Герцогу необходимо было держать в неведении папу, дабы устранить его вмешательство, и папских легатов, прибывших к нему в военный лагерь. В его задачу входило принимать сложные решения относительно обращения с доном Антонио, португальским народом и союзниками Португалии, прежде всего Англией. Он должен был держать в узде свое войско и карать за грабежи, не доводя вместе с тем солдат до мятежа из-за нерегулярной выплаты жалованья.
Так он передвигался от одного города к другому, пока, наконец, на побережье, недалеко от Лиссабона, не произошла решающая битва. Не будучи в состоянии сесть на лошадь, герцог руководил битвой из своего кресла. С помощью флота ее блестяще выиграли. Следствием стало вступление войск в Лиссабон 25 августа 1580 года. Грабежи были опять строго запрещены. Хотя Лиссабон от них спасти удалось, но тем свирепее бушевали наемники в предместьях.
Через пять дней после взятия Лиссабона герцог попросил отозвать его. Задача была выполнена. В течение восьми недель он завоевал территорию, которая почти удвоила испанское королевство. Состояние здоровья и возраст вынужда- ли к отставке, да и предстоящие дела требовали скорее правителя, чем генерала. Однако Филипп вновь воспользовался тактикой, которой он следовал в Нидерландах: отклонил прошение Альбы и назначил его правителем. Вынуждаемый обстоятельствами, он уже до этого постоянно расширял полномочия герцога. В июле они распространились на политическое управление, и в конечном счете герцог правил в Португалии вместо короля без каких-либо ограничений.
Если Альба мог сказать, что король выжал его как лимон, то с наибольшим основанием это можно отнести ко времени правления в Португалии. Состояние здоровья ухудшилось, но служба требовала невозможного. Граф Порталегре, присланный к нему в помощь, не был поддержкой, а сам Филипп постоянно откладывал запланированный визит, как некогда в Нидерландах. В октябре 1580 года пришлось начать новый поход, поскольку дону Антонио удалось собрать свежую армию, с которой он собирался удерживать не занятый еще север Португалии. Напрасно Альба назначал награду за его голову, как некогда за голову принца Оранского. Более года еще продолжались военные действия, пока сопротивление не было окончательно сломлено.
В декабре в Лиссабоне разразилась эпидемия чумы. Старый герцог попросил разрешения покинуть город. Но и эту просьбу король отклонил, заметив, что присутствие Альбы в недавно завоеванном городе слишком важно, чтобы изыскать возможность для передачи полномочий. В то время как Филипп отдал приказ регулярно сообщать о количестве смертей, чтобы самому не подвергнуться опасности во время путешествия, он утешал Альбу тем, что, судя по полученным сведениям, речь идет вовсе не о чуме, а об обычных расстройствах, пусть и со смертельным исходом.
Итак, на Альбу вновь обрушились бесчисленные заботы, знакомые ему еще по Нидерландам. Вновь пришлось изыскивать источники доходов, чтобы пополнить казну; вновь войска бунтом и грабежами вызывали у населения ненависть к испанскому господству. Вновь Альба обменивался с двором бесчисленными проектами по поводу всеобщей амнистии, не приходя к согласию. И опять же осложнялось примирение победителей и побежденных.
К уже известным присоединились новые: вопросы персональные и колониальные, положение мавров и евреев, которые бежали из Испании в Португалию, обсуждение взаимоотношений объединенного теперь Иберийского полуострова с Алжиром, экономические сложности, касающиеся ввоза серебра с южноамериканских рудников. Постоянно неприятности возникали из-за Англии. Вначале Альбе, вопреки его воле, по приказу Филиппа пришлось снарядить экспедицию для поддержки ирландцев. Когда ее постигла неудача, ему пришлось разработать предложения по отправке против Елизаветы мощной армады, а потом даже заниматься планом укрепления единственного известного прохода из Атлантического океана в Тихий.
В то время как герцог напрягал свои последние силы, чтобы решить бесчисленное количество задач на службе у короля, его врагам при дворе удалось нанести ему новое оскорбление. Поступили жалобы на казнокрадство и распределение большой суммы в качестве вознаграждения между солдатами Альбы, и Филипп распорядился начать расследование. В Лиссабон прибыли двое проверяющих. Но на этот раз Альба не стал сдерживать возмущения. Он заявил прибывшим, что отдаст королю свою славу, свои победы, завоеванные им страны, а если и этого будет мало, отдаст ему свои имения, своих сыновей, самого себя, но не допустит расследования. Офицеры единодушно присоединились к нему, и позиция армии стала угрожающей. Проверяющие вынуждены были убраться после рассмотрения нескольких частных случаев, которые подтвердили беспочвенность обвинения, и Филипп не осмелился продолжить расследование.
В июле 1581 года король собственной персоной прибыл в Лиссабон, где в торжественной обстановке подтвердил права страны и взошел на трон Португалии. Он взял правление в свои руки, и Альба наконец-то в последний раз ушел с высокой государственной должности.
Герцог больше не вернулся в Испанию, остался рядом с Филиппом. Измученный физическими страданиями, он прожил последние месяцы своей жизни в покое и уединении.
Об этом времени есть несколько свидетельств, прежде всего письма духовника Альбы дона Луиса де Гранада к герцогине, которая из-за болезни оставалась в Испании. Альба мечтал, как и его любимый император, который уже 25 лет покоился в земле, полностью удалиться от мира. Но этого не произошло. Однако, как и Карл, он в конце своей жизни созерцал мирскую суету только как сторонний наблюдатель. При дворе в Лиссабоне он появлялся редко, в принятии решений больше не участвовал. Он согласился только составить памятную записку, посвященную испанской политике, которую представил на утверждение королю, но она не привлекла внимания Филиппа.