Однако герцог не только проявлял заботу о6 ученых, но и сумел привлечь большое количество студентов в Кёнигсберг. Им он обещал, что на государственной службе будут в первую очередь использованы выпускники Альбертовского университета. На благо обществу должны были вернуться затраты в деньгах на это учебное заведение. Несмотря на то, что университет был основан государством, он с самого начала получал значительные средства от всевозможных фондов. Юнкерство и купеческие семейства выделяли материальные средства для обеспечения людей и учреждений, причём в этом деле примером, видимо, служила прусская герцогиня Доротея, урожденная принцесса Гольштинская и Датская, заботившаяся о студентах, о жилье и питании для них. Во всяком случае расцветающей академии стало во благо, что размещалась она в столице страны и что имела там живой контакт с правительством, с торговыми кругами и церковью. Однако государственные средства все же были наиболее надёжным постоянным источником доходов, хотя со временем запросы росли, и от запланированной бюджетной сметы вскоре ничего не осталось. Несмотря на огромное богатство, находившееся в собственности университета, надёжную финансовую основу ему смогли обеспечить лишь после того, как его объединили с Педагогической академией, что и помогло ему пережить нужду Тридцатилетней войны и её последствия. Первый столетний юбилей в 1644 году, когда ужасы войны и нужда на территории империи достигли невиданных размеров, в Кёнигсберге смогли спокойно отметить с барочной помпезностью и пышностью. Кёнигсбергский профессор поэтики Симон Дах сочинил по этому случаю пьесу для праздничного представления с историческим и аллегорическим посланием к бранденбургскому Дому и к основателю университета в особенности. Университет, который война обошла стороной, был по меркам, того времени переполнен, что порождало недостатки в отношении финансов и студенческого поведения.
Среди факультетов на первом месте все ещё стоял теологический. Не в последнюю очередь это было обусловлено интересами страны, так как ставший кальвинистским бранденбургский курфюршеский Дом хотел видеть в ортодоксально-лютеранской Пруссии хотя бы одно направление, которое могло 6ы играть посредническую роль; поэтому сам курфюрст поддерживал видного теолога, проф. Драйера, главного представителя так называемого синкретизма. Подобное наблюдалось вплоть до начала ⅩⅧ века, когда лично король Фридрих Вильгельм Ⅰ отдавал явное предпочтение религиозному направлению пиетизма и оказывал ему мощную поддержку. Тогда в Кёнигсберг прибыл фленсбургский теолог Лизиус, в деятельности которого примером являлся Август Герман Франке из Галле и который поэтому пользовался благословением короля. Полного совпадения мнений со всеми сотрудниками университета достичь не удалось. Оба представителя по своему характеру были людьми несовременными, они предвосхищали будущие времена, были в оппозиции по отношению к настроениям коллег и должны были отстаивать свое мнение в борьбе против старой официальной доктрины преподавания. Достаточно примечателен тот факт, что не наука, а правящий Дом давал новые импульсы учебному заведению с традициями, не соответствовавшими духу времени. Однако при этом проявилась и оборотная сторона абсолютизма. От вербовщиков солдат, которые охотились прежде всего на рослых людей и которые при этом не чурались никакого насилия, сбежал тогда в саксонскую заграницу кёнигсбергский магистр Иоганн Кристоф Готшед. В 1743 году было предложено создать при Альбертовском университете Королевское Германское общество по изучению немецкого языка. Скудный прусский жизненный уровень являлся помехой университету ещё во времена Гамана, Гердера и Канта. Однако философия уверенной поступью входила в жизнь, и государственные религиозные законы при Фридрихе Вильгельме Ⅱ, очень досаждавшие университету из-за мелочных предписаний по их реализации, оказались вдруг несовременными по сравнению со свободой восходящего либерализма.