Новый толчок развитию наук был дан после краха старого государства. Реформистские силы из Восточной Пруссии, стоявшие во главе нового подъёма, который на протяжении целого столетия определил судьбу самого большого германского государства, в неменьшей степени проявляли себя и в университете. Вильгельм фон Гумбольдт писал Гёте, что он открыл в Кёнигсберге пять новых кафедр; в том же 1809 году, когда огромные платежи в пользу Франции привели государство на грань катастрофы, университетский бюджет для Кёнигсберга был увеличен почти вдвое. В это время был заложен ботанический сад, осуществлено строительство обсерватории, основана университетская библиотека. И если философский гений Иммануила Канта нашёл в Кристиане Якобе Краусе коллегу, который оказался в состоянии перенести этические принципы в область государственной практики и дать тем самым государственным служащим определённые нормы, то велением времени стало более значительное влияние университета на общественность. Королевское Германское общество пыталось отныне служить устремлениям к общему благу в патриотическом смысле и проявлять заботу о науках и за пределами университета. Наряду с ним после упразднения монархии возникло Кёнигсбергское Ученое общество. Уже в 1792 году было основано Физико-Экономическое общество. Так, уроженец Магдебурга, Карл Розенкранц, историк литературы в Альбертине, смог заметить: «Наши доценты должны были, не слишком далеко выходя за пределы университетской жизни, часто становиться членами обществ ученых, проповедниками или же, из-за своего желания высказаться, выступать перед неуниверситетской публикой.» И только теперь смогли сыграть свою роль контакты с ведомствами, с учреждениями портового и торгового города и с многочисленными активными гуманитарными объединениями. Уже Фихте в 1806/07 годах обращался со своими кёнигсбергскими университетскими лекциями к образованной публике, молодой педагог Иоганн Вильгельм Зюверн добился успеха у королевы Луизы своими публичными лекциями по политической истории Европы. Это все явилось началом освобождения, завершившегося в 1813 году, в котором кёнигсбергские ученые и студенты принимали живое участие, все это способствовало новому расцвету Альбертины, подтверждением чему являются имена целой плеяды прославленных ученых. Теология все же, несмотря на плодотворную деятельность авторитетнейших ученых, и среди них Людвига Августа Келера, бывшего, пожалуй, самой светлой головой среди них, утратила свою лидирующую роль среди факультетов. Изначально задуманная в качестве государственной академии, Альбертина поистине универсально открылась новым научным направлениям, число которых быстро росло.
Если в университет стекались значительные силы, как например эльбингский юрист Эдуард Альбрехт, ставший вскоре членом «Гёттингенской семерки», то как раз на его примере стало видно, насколько быстро осуществлялась ротация персонала факультета государства и права. Кёнигсбергский университет ценой осложнений своих отношений с правительством подчеркнул свою связь с Альбрехтом, демонстративно устроив ему торжественную защиту диссертации после увольнения того из Гёттингенского университета. Другого знаменитого кёнигсбергского историка права, Эрнста Отто Штоббе, факультет также смог удержать лишь непродолжительное время, однако сумел привлечь в лице Феликса Дана одну из оригинальнейших фигур в ученом мире ⅩⅨ столетия.
Не намного иначе обстояло в то время дело с бурно развивающимися филологическими науками. Карл Лахман, заложивший с 1816 года в Кёнигсберге основы для своей деятельности в области германистики, которой было суждено стать столь плодотворной, не задержался там долго, но в своем ученике Оскаре Шаде, преподававшего в Альбертине не менее 85 семестров и продолжавшего деятельность в качестве поклонника Якоба Гримма и Лахмана вплоть до начала нашего столетия, он имел лучшего продолжателя своего дела. Кристиан Август Лобек является основоположником современного критического направления в своей науке, классической филологии. Адальберт Бецценбергер, всесторонне образованный и заслуживший большое признание своей организационной работой в университете и основанием общества древности «Пруссия», позже поставил балтийскую филологию на ту же основу. Георг Дехио, проживший в Кёнигсберге продуктивное десятилетие, уже вскоре привёл там историю искусств к расцвету. Среди других следует назвать историка Фридриха Вильгельма Шуберта, ещё до Ранке проводившего в Кёнигсбергском университете семинарские занятия по истории. В решающие годы реформы и освобождения, с 1808 г. по 1817 г., в Кёнигсберге работал историк Карл Дитрих Гюльман, пионер в области изучения истории культуры. В качестве первого ректора только что открытого университета Фридриха Вильгельма он был приглашён из Кёнигсберга в Бонн. Фридрих Вильгельм Гизбрехт в начале шестидесятых годов написал в Кёнигсберге второй том своей «Истории германских кайзеров».