Когда в 1920 г. единство с западной частью империи было разорвано, необоснованным политическим притязаниям необходимо было противопоставить фундаментальные научные исследования. Эта задача стояла прежде всего перед германистами и историками. И в связи с этим необходимо назвать Вальтера Циземера, сумевшего объединить в себе горячую любовь к родине и холодный рассудок, который наряду со своими публикациями источников по истории Немецкого ордена, с изданием сочинений Симона Даха и Иоганна Георга Гамана сумел ещё в первой четверти века опубликовать главный труд своей жизни – «Прусский словарь», в котором он научно описал язык, быт и своеобразие народа, проживающего в Северо-Восточной Германии. Рядом и вместе с ним работал Бруно Шумахер, написавший современную историю Восточной и Западной Пруссии; Макс Эберт, способствовавший своими обширными знаниями бурному развитию истории первобытного общества. Историю средних веков представляли Фридрих Бетген и Герберт Грундман, оба стали один за другим президентами Monumenta Germaniae Historica. Вильгельм Воррингер прибыл из Бонна в Кёнигсберг, где с 1928 года и до последних дней университета поле его научной деятельности простиралось от искусства Древнего Египта до современной абстрактной живописи, хотя предметом его особого пристрастия были ранняя немецкая станковая живопись и книжная иллюстрация. И, наконец, Ганс Ротфельз, он занимался ставшими столь судьбоносными национальными проблемами, был мастером в области преподавания и исследований, которые он проводил под углом зрения универсальной истории, но всегда исходя из данной ситуации, которую он отлично видел с высот своей кёнигсбергской кафедры. Тем более, что и в то время не утратила своего значения первоначальная задача Кёнигсбергского университета, а именно, оказывать идейное влияние на соседние страны и быть связующим элементом на европейском Востоке. В этой области на Кёнигсбергский университет, являвшийся уже с ⅩⅨ века важнейшим высшим учебным заведением на территории между Бреслау, Дерптом и Петербургом, возлагались большие задачи.
Однако с ⅩⅨ века большее значение стали приобретать естественные науки. Зоолог Карл Эрнст фон Бэр, эстляндский немец, провёл заслуживающую уважения основополагающую работу по своей специальности в Кёнигсберге и Петербурге, за что и стоит в одном ряду с классиками в области естественных наук. Последним заведующим кафедрой был Отто Келер, прибывший в 1923 году из Мюнхена в Кёнигсберг и в качестве директора Института зоологии и Зоологического музея обратился в первую очередь к исследованиям в области физиологии раздражения и психологии животных. Но это были уже мельчайшие разветвления на древах с прочными корнями, посаженных столетие назад в научную почву Альбертины. В то время в университете работал ботаник Эрнст Майер, родом из Ганновера и поклонник гетевского учения о метаморфозе, знаменитый автор «Истории ботанической науки». Уроженец Укермарки Франц Нойман, отличавшийся универсальной образованностью, основал кёнигсбергскую физическую школу, ученики которой долгое время являлись сотрудниками почти всех немецких кафедр физики. Ему, члену всех больших европейских академий, выпала доля в течение тридцати лет особенно плодотворно поработать в Кёнигсберге. Вестфалец Фридрих Вильгельм Бессель с 1810 по 1846 г. занимался научно-исследовательской и преподавательской деятельностью в Альбертовском университете и стал там основоположником классической астрономии, он, кроме того, работал в области геодезии и геофизики. Наиболее выдающимся его учеником и сотрудником был уроженец Мемеля Фридрих Вильгельм Август Аргеландер (1799–1875), основавший и оборудовавший по примеру Бесселя обсерватории университетов в Або, Гельсингфорсе и Бонне. Физиолог и физик Герман фон Гельмгольц изобрёл в Кёнигсберге офтальмоскоп. Потсдамский математик Карл Якоби, являвшийся с 1827 года профессором в Кёнигсберге, снискал международное признание своими работами по теории эллиптической функции. Кёнигсбержец Давид Гильберт начал свою необычную ученую карьеру в Альбертовском университете, а лишь потом приобрёл в Гёттингене мировую известность своими работами по методу математической физики. Известный географ Герман Вагнер так же, как и он, уехал после четырехлетней деятельности в Кёнигсберге в Гёттинген. Заслуги в области изучения янтаря имеет геолог Карл Андрэ.