Как ясно показывает Плиний в своем знаменитом письме императору Траяну, именно их сектантские наклонности вызвали подозрение римских властей по отношению к ранним христианам. Эта подозрительность к замкнутым сектам, все еще была очень жива в христианской империи, и она, естественно, была направлена на те группы, как маркиониты, которые обозначали пропасть между собой и остальным обществом церемонией посвящения. Антисоциальная тенденция гностицизма стала еще более очевидной в случае самой знаменитой из всех дуалистических сект, манихеев, которая в IV веке охватила христианский мир, а в Западной Азии просуществовала как основная Церковь в течение шестисот лет. Манихеи получили свое название и доктрины от перса Мани, который начал свою проповедь в Ктесифоне в Месопотамии в 242 году и, вызвав гнев зороастрийских священников, был замучен в 276 году в Гондишапуре на юго-западе Персии. Хотя Мани называл себя апостолом Христа, он жил и умер в зороастрийском царстве Персии, и совсем не очевидно, что его следует считать христианином. Мани считал всех великих духовных лидеров посланниками истинного Бога. Его причудливая теология включала в себя элементы буддизма и зороастризма, а также классический христианский дуализм, который приглянулся и молодому Августину. Самые строгие последователи Мани шли на крайние меры, избегая любых контактов с материальным миром, отказываясь работать, воевать или жениться. Все это во многом объясняет, почему манихеи стали одними из первых христианских еретиков, подвергшихся постоянным преследованиям со стороны государства. Хотя вклад Мани в историю дуализма был гораздо меньше, чем у Маркиона, дурная слава, которую его последователи заслужили своими анархическими взглядами, распространилась на все дуалистические секты. На протяжении всего средневековья слово манихей применялось к еретикам, из которых мало кто слышал о Мани, а некоторые даже не были дуалистами.
Ересь, как и само христианство, имела тенденцию двигаться с востока на запад. Но только в VIII веке дуализм впервые прочно укрепился на европейской стороне Босфора. Источником инфекции была Армения, где с V века существовала крупная дуалистическая община, известная как павликиане. Армяне были агрессивной, беспокойной расой, чье подчинение Византии порой было не более чем номинальным. В VIII веке император Константин V переселил их колонии во Фракию, где, как он надеялся, их воинственность пригодится для защиты балканской границы. Другие последовали за ними примерно в 975 году и поселились в районе Филиппополя. Эти армянские колонисты принесли с собой не только свои военные навыки, но и еретические убеждения. К концу IX века миссионеры павликиан уже проникли в соседнее Болгарское царство.
Политические обстоятельства им благоприятствовали, так как Болгария только недавно была обращена в христианство миссионерами из Византии. Но хотя сами булгары приняли новую веру достаточно легко, крестьяне-славяне, составлявшие основную часть населения, ее не приняли. Их ненависть к своим греческим и булгарским повелителям распространялась и на чужую Церковь, которая была им насильно навязана. Павликиане имели то существенное преимущество, что они не были греками, и их строгая религиозная практика заметно контрастировала с изощренными ритуалами ортодоксальной Церкви. Во время правления болгарского царя Петра (927–969) нарождающийся национализм славян умело использовал один простой священник по имени Богомил, который стал основателем первой великой дуалистической Церкви Европы. О самом Богомиле почти ничего не известно, кроме того, что он был убежденным дуалистом, чьи верования, по-видимому, были заимствованы у поселенцев-павликиан во Фракии. Эти верования очень интересны, поскольку они поразительно похожи на те, которые позже появились среди альбигойцев на юге Франции. Богомилы отвергали Ветхий Завет и приписывали сотворение мира дьяволу. Они отказывались от таинств и не соблюдали церковные праздники. Они не почитали крест, поскольку он был символом смерти Христа, а также материальной вещью. Они воздерживались, насколько это было возможно, от мяса и вина, а также от половых сношений. Косма, булгарский священник, описывающий эти отклонения, был потрясен их враждебностью к своим булгарским правителям, которую он принял за антиобщественное упрямство. Богомилы, похоже, приняли политику пассивного сопротивления властям. "Они осуждают богатых, ненавидят царя, высмеивают церковных старцев и осуждают вельмож. Они считают проклятыми всех, кто служит царю, и запрещают рабам исполнять волю своих господ".