Первыми инквизиторами, назначенными в 1234 году, были Пьер Сейла, бывший спутник Святого Доминика, и Гийом Арно, церковный юрист из Монпелье. Эти отцы-основатели папской инквизиции остались темными фигурами, чьи личности неясно вырисовываются из массы скудных юридических документов, которые сегодня являются главным памятником их деятельности. Но их энергия не подлежит сомнению. За первые пять лет миссии их передвижения можно проследить почти в каждой части обширного района Лангедока, находящегося под их надзором. Во время своего первого визита в Муассак они сожгли 210 еретиков. В Тулузе в первые несколько месяцев после решения Григория на костре была сожжена череда видных еретиков, и нескольких драматических актов жестокости оказалось достаточно, чтобы катары впервые после смерти Симона де Монфора перешли к обороне. В праздник святого Доминика в 1235 году епископ лично повел толпу католиков из доминиканского монастыря к особняку престарелой дамы-катарки, которую вытащили из постели, чтобы сжечь на равнине за городскими стенами.
Этот внезапный взрыв религиозной ненависти вызвал яростное негодование не только среди жертв и их покровителей, тех "некоторых состоятельных людей", о которых мрачно упоминал Гийом Пюилоранский. Некоторые методы инквизиторов вызывали глубокое возмущение даже у ортодоксального общественного мнения. Особенно непопулярным было осуждение уже умерших еретиков, поскольку это предполагало шествие с их эксгумированными останками по улицам города, наносившее незаслуженный позор их потомкам. Кроме того, инквизиторы часто проявляли излишнюю нетерпимость к старым местным привилегиям, особенно в крупных городах. В 1233 году жители Корда линчевали двух инквизиторов, посланных в город для дознания. Другой инквизитор, Арно Катала, едва избежал той же участи, когда попытался эксгумировать останки еретика в Альби. Но именно в Тулузе инквизиция столкнулась с единственным серьезным вызовом своей власти. Осенью 1235 года инквизитор вызвал двенадцать видных горожан для ответа на обвинения в ереси, и это было воспринято как оскорбление нанесенное всему городу. Консулы ответили штурмом доминиканского монастыря и выгнали монахов из Тулузы. Когда преемник инквизитора попытался повторить вызов на допрос, монастырь снова подвергся нападению, и все его обитатели были выброшены за ворота. В последовавшей затем оргии антиклерикального насилия епископ был изгнан, а его дворец и конюшня разграблены. Несколько клерков епископального дома были тяжело ранены.
Роль Раймунда VII в этих событиях неясна, как, несомненно, он того и хотел. Несколько его ближайших сподвижников были вовлечены в это дело, и он, конечно, не сделал ничего, чтобы их сдержать. Этого было достаточно для инквизитора, который, найдя безопасное убежище в подконтрольном королевской власти Каркассоне, должным образом отлучил графа от Церкви, вместе с консулами. Григорий IX был более сдержан. В 1236 году он вынес графу отеческое порицание, но в то же время его легат во Франции тактично предложил инквизиторам умерить свой пыл. Положение Раймунда было сложным, поскольку он, как и его отец, не мог уничтожить ересь, среди покровителей которой были знатные магнаты его княжества. В то же время он должен был умиротворить Церковь и французскую корону, которые теперь, после Парижского договора, были на Юге могущественны, и находились поблизости. Что касается Григория, то он не видел никакой выгоды в излишнем жесткости по отношению к графу Тулузскому. Папа рассматривал Раймунда, как он однажды объяснил одному из своих легатов, как "молодое растение, которое нужно поливать с заботой и питать молоком Церкви". Кроме того, во всех своих делах с Францией Григорий постоянно оглядывался на Италию, где победы императора Фридриха II над Ломбардской лигой вновь угрожали политическому положению папства и Раймунд, который был имперским вассалом за свои провансальские земли, все еще был достаточно влиятелен, чтобы с ним стоило дружить. Поэтому, когда летом 1237 года граф подал петицию из восемнадцати статей, в которой жаловался, что Церковь подрывает его положение, Папа был склонен отнестись к нему с пониманием. В сентябре Григорий приостановил деятельность инквизиции на три месяца, пока жалобы Раймунда рассматривались специально назначенной следственной комиссией. Расследование оказалось долгим. Три месяца превратились в три года, и в какой-то момент стало казаться, что инквизиция уже доживает свои последние дни.
Раймунд, конечно, надеялся, что ответственность за преследование ереси будет возвращена епископам, чья деятельность, вероятно, будет меньше нарушать мир в его владениях. Но его надежды не оправдались. В этом были виноваты его собственные вспыльчивые союзники. В апреле 1240 года дважды лишенный прав наследник Транкавелей с большим мужеством, но без особого политического мастерства попытался отвоевать свое наследство у оккупационных войск французской короны. В течение нескольких недель большая часть западного Лангедока находилась в его руках, а сам Каркассон был осажден. Но Раймунд VII не пришел ему на помощь, и в октябре 1240 года на Юг прибыла новая королевская армия под командованием Жана де Бомона, чтобы с жестокой эффективностью подавить восстание. Несомненно, отказ Раймунда от вмешательства был мудрым, но подавление восстания значительно усугубило и его проблемы, поскольку восстание было приписано, с некоторой долей справедливости, махинациям катаров. Преследование еретиков сразу же получило новый импульс. В 1241 году Раймунд был вынужден удовлетворить требования о восстановлении инквизиции в Тулузе. Эффект от трехлетнего перерыва в деятельности инквизиции был заметен, но он, конечно, был преувеличен Собором епископов, который позже жаловался на "непоправимый ущерб… от успехов еретиков, чья уверенность возрастала с каждым ударом по морали верующих". За несколько месяцев инквизиторы с лихвой наверстали упущенное за три года. В течение десяти недель в 1241 и 1242 годах один только инквизитор Пьер Сейла наложил взыскания на более чем 732 осужденных еретиков в девяти городах. В 1245 и 1246 годах тулузская инквизиция рассмотрела дела более чем 600 жителей деревень и городов. Беспрецедентный всплеск активности инквизиторов менее чем за десять лет позволил лишить Церковь катаров руководства и превратить ее в малоэффективное тайное общество.