Доля обвинительных приговоров, которые выносились при такой процедуре, естественно, была высокой. Приговор инквизитора нельзя было обжаловать, за исключением редких и необычайно вопиющих случаев, но только у Папы. После вынесения приговора оставалось только наложить епитимью. Диапазон наказаний был определен Григорием IX в его булле Excommunicamus от 1231 года, но отдельным инквизиторам была оставлена широкая свобода действий. Выдающиеся еретики редко избегали менее чем пожизненного заключения, хотя это могло быть одиночное заключение в кандалах на хлебе и воде (известное как murus strictus) или так называемое murus largus, при котором условия были несколько менее жестокими. В 1243 году Собор в Нарбоне уже жаловался на малую вместимость и ограниченное количество существующих тюрем, а также на нехватку камня и раствора для строительства новых. Несмотря на это, подавляющее большинство осужденных не попадали в тюрьму, а подвергались менее строгим, хотя и неприятным наказаниям. Они платили штрафы, отправлялись в покаянные паломничества, которые могли длиться несколько месяцев, или носили на спине шафрановые кресты. Они теряли все свои гражданские права и могли быть обязаны жить в любом месте, назначенном трибуналом или графом Тулузы. За строгими наказаниями обычно следовала конфискация имущества осужденных, доходы от которого, после вычета расходов инквизиторов, поступали в доход государства. В некоторых районах Лангедока эти конфискации привели к радикальному перераспределению земли. Например, в небольшом городке Сен-Феликс, менее чем за десять лет в пользу государства было распродано 165 акров его территории, а в других бесчисленных небольших сельскохозяйственных сообществах отсутствие безопасности, порожденное быстрыми социальными изменениями, негативные последствия религиозных преследований лишь усугубило.
Теоретически наказания инквизицией не налагались, а добровольно принимались раскаявшимся еретиком для его собственного духовного блага. Различие было тонким. Неспособность выполнить предписанную епитимью рассматривалась как свидетельство рецидива ереси; а рецидив, наряду с упорным отказом отречься от заблуждения, считался выводом еретика из-под защиты Церкви. Такого человека отлучали от Церкви и отдавали в руки светской власти с лицемерной молитвой о том, чтобы его избавили от смерти. Если в последний момент осужденный не отрекался, его обычно сжигали заживо. Однако эта процедура была более мягкой, чем самосуд, который практиковал Симон де Монфорт, и ее жертв, вполне возможно, было меньше. Бернард Ги, инквизитор XIV века, имевший репутацию исключительного сурового человека, передал в руки светской власти 139 из 930 подследственных, которых он осудил между 1207 и 1324 годами. Невозможно оценить число тех, кто был казнен за полвека после Парижского договора. Но вряд ли оно превысило 5.000 человек.