Именно упорство инквизиции, а не ее жестокие наказания, сломили Церковь катаров за эти пятьдесят лет. Ее защитники и покровители, которые часто были знатными людьми, привязанными богатством и статусом к своим домам, были более уязвимы, чем сами еретики. Немногие из них остались после 1230-х годов. Их исчезновение осложнило жизнь более скромным еретикам, которые стали проводить свои собрания в лесах по ночам и вести бродячую жизнь, которая, должно быть, напомнила некоторым из них худшие времена крестового похода Симона де Монфора. Арнод де Ламот, чье бегство от крестоносцев мы уже описали, была вынуждена возобновить свои скитания в 1229 году. Вскоре после заключения Парижского договора она бежала из Тулузы вместе со своей сестрой и немощной матерью и укрылась в Ланте в двенадцати милях от города, где у ее тулузского покровителя Аламана де Руа был дом. К 1234 году сам Аламан уже попал под подозрение инквизиции, и Арнод поступила мудро, поселившись в маленькой деревянной хижине неподалеку от города, куда единоверцы приносили ей еду и топливо. Через две недели она переселилась в подвал соседней фермы. Здесь умерла ее сестра, вероятно, от дизентерии. Арнод и ее мать похоронили ее в лесу, а затем навсегда покинули этот район. В течение трех лет она жила в хижинах и пещерах, полагаясь на сочувствующих, которые приносили ей еду, давали ей приют и провожали по ночам от одного убежища к другому. В 1237 году она вернулась к относительно комфортной жизни в череде небольших городов и деревень, но по-прежнему меняла свое место жительства каждые несколько недель и принимала тщательно продуманные меры предосторожности против обнаружения. Но в 1243 году на службу, которую она проводила в лесу неподалеку от Ланте, нагрянули офицеры графа Тулузского и Арнода была арестована инквизицией. В ее признаниях было названы более сотни имен еретиков, которые поклонялись вместе с ней, помогали или укрывали ее в течение тридцати лет существования в бегах.
К 1240 году почти единственным безопасным убежищем, которое еще оставалось у катаров, была крепость Монсегюр, расположенная на вершине горы в двенадцати милях от Фуа в Пэи-де-Со. Монсегюр венчает почти отвесную скалу, возвышающуюся почти на 500 футов и окруженную вершинами пиренейских предгорий. Его географическое расположение, представляющее больший интерес для мистиков XX века, чем для еретиков XIII, вызвало целый ряд невероятных теорий, предполагающих, что это был храм солнца, скиния Святого Грааля или столица непонятного тайного культа. Но нет никаких существенных доказательств того, что Монсегюр был чем-то иным, кроме как исключительно мощной крепостью, которая оставалась в руках катаров на протяжении всего периода крестового похода, одной из многих мощных горных крепостей Лангедока. Монсегюр был построен в 1204 году для Раймунда де Перейля, сильно симпатизировавшего катарам, который позволил ряду выдающихся еретиков, среди которых были Эсклармонда де Фуа и Гилаберт де Кастр, там обосноваться. Хотя с сентября 1209 года окрестности замка были захвачены маршалом Симона де Монфора, Ги де Лависом, сам замок оставался непокоренным. И только после Парижского договора Монсегюр стал столицей преследуемой Церкви катаров Лангедока. В 1232 году Гилаберт де Кастр созвал здесь важное собрание катарских сановников, на котором, по-видимому, было решено превратить крепость в постоянное убежище, базу, откуда совершенные могли бы проводить быстрые обходы своих напуганных и разрозненных общин. Были проведены значительные строительные работы по укреплению западной стены крепости, а под стенами скала была превращена в улей крошечных камер, служивших домом для разросшегося населения катарских беженцев. Только благодаря доброй воле местного населения они смогли продержаться там двенадцать лет. Во время исключительно суровой зимы 1233-4 годов по всему западному Лангедоку от их имени проводились сборы денег и продовольствия, а за несколько недель до падения замка для них все еще накапливались большие запасы зерна. Падение других убежищ (Рокфей был захвачен в 1240 году) и возобновление инквизиторской деятельности в 1241 году привели к тому, что к скале потянулись новые группы беженцев, пока накануне окончательной катастрофы в тесном замке не оказалось, вероятно, более 500 жителей.