Существование Монсегюра доставляло немало неудобств Раймунду VII, который стремился убедить Папу в том, что катаризм больше не представляет серьезной угрозы для католической веры. Осенью 1241 года граф, договорившись с Церковью, осадил скалу с достаточно большими силами, чтобы напугать защитников при всей прочности их позиций. Но у них на этот случай были накоплены запасы продовольствия. Кроме того, среди осаждающих нашлось немало друзей осажденных. К концу года когда Раймунд снял осаду, жизнь в Монсегюре вернулась в нормальное русло, а инквизиция бессильно наблюдала за происходящим.
В следующем году катары Монсегюра вновь дали о себе знать. 28 мая 1242 года четыре инквизитора из Тулузы прибыли в маленький городок Авиньоне, расположенный на римской дороге к юго-востоку от Тулузы, чтобы провести дознание. Губернатором Авиньоне был представитель прошлой эпохи, Гуго де Альфаро, зять Раймунда VI, который тридцатью годами ранее в течение семи недель противостоял Симону де Монфору в Пенне-д'Ажене. Он послал гонца с вестью в Монсегюр по неровной дороге длиной в пятьдесят миль, и на следующую ночь Пьер-Роже де Мирпуа, комендант замка, прибыл в Авиньоне во главе 85 рыцарей, вооруженных мечами и топорами. Ворота цитадели, где остановились инквизиторы, были открыты одним из прибывших, который проник во двор через открытое окно. Двери спален были выбиты, и инквизиторы вместе со своими сотрудниками были жестоко зарублены. Инквизитора Гийома Арно, который умер с Те Deum на устах, несколько раз проткнули мечом и размозжили его голову о каменный пол. Его драгоценные записи были похищены и уничтожены.
Известие об убийстве ошеломило католическое духовенство. Раймунд VII был немедленно вновь отлучен от Церкви преемником Арно на посту инквизитора Тулузы, хотя никаких доказательств связывающих его с этим преступлением не было. Этот инцидент стал для графа серьезной проблемой. За месяц до этого Раймунд, в союзе с королем Англии и грозной партией баронов на севере, поднял восстание против короля Людовика IX. Естественно, убийство инквизиторов, стало рассматриваться как часть его коварного плана, а унизительное поражение его английских союзников при Тайбуре в июле заставило графа столкнуться с обвинениями не только в измене но в ереси. Активное преследование ереси было частью цены, которую Раймунду пришлось заплатить за восстановление королевской благосклонности и освобождение от позорного пятна отлученного от Церкви. Катары больше не могли рассчитывать на то, что бездеятельная пассивность Раймунда притупит оружие инквизиции. Именно Раймунд, а не инквизиция, должен был сжечь 80 еретиков в Ажене в 1246 году, что стало одним из самых больших аутодафе со времен крестового похода. В последние шесть лет своего правления граф потратил целых 300 серебряных марок на вознаграждение для охотников на отлученных от Церкви еретиков.
Раймунд, однако, не присутствовал при окончательном разрушении цитадели катаров. Вероятно, именно на церковном Соборе в Безье, состоявшемся в апреле 1243 года, судьба Монсегюра была решена. Через месяц после окончания Собора перед скалой расположилась армия из нескольких тысяч королевских солдат под командованием Гуго д'Арси, сенешаля Каркассона. Гарнизон Монсегюра был невелик: менее двадцати рыцарей со своими оруженосцами и, возможно, сотня сержантов. Но у них были преимущества, которыми они умело пользовались. Внушительная природная мощь Монсегюра не позволила Гуго д'Арси окружить его даже с теми значительными силами, имевшимися в его распоряжении, и он неоднократно оказывался в затруднительном положении, когда к защитникам замка прибывали подкрепления. Вскоре после начала осады Эмбер де Саль, уроженец Корда, который был замешан в убийстве двух инквизиторов в 1233 году, пробился через французские осадные линии со значительным отрядом. До последних недель осады катарские дьяконы с небольшим эскортом свободно выходи из крепости, чтобы собрать помощь, передать послания и посетить общины единоверцев на равнине. Письма с поддержкой приходили из общины катаров Кремоны, свидетельствуя о значении, которое имела крепость для катаров далеко за пределами Пэи-де-Со.