Гарнизону предстояло провести в замке еще одну ночь, а у Пьера-Роже де Мирпуа оставалось одно незавершенное дело. Двумя месяцами ранее, после падения восточного барбакана, он принял меры по сохранению сокровищ Монсегюра, "золота, серебра и большого количества денег", которые были доверены двум дьяконам из Тулузы. Они покинули замок ночью и были пропущены через осадные линии сочувствующими в осаждающей армии, местными ополченцами, которых Гуго д'Арси неразумно разместил в уязвимом месте блокады. Сокровища все еще были спрятаны в одной из пещер региона Сабартес. 16 марта, за день до окончательной капитуляции, Пьер-Роже спрятал в своих покоях трех или четырех еретиков. Ночью их тайно выпустили из замка, и они спустились вниз по отвесному склону скалы, чтобы позаботиться о сокровищах. О природе сокровищ и успехе этой затеи больше ничего не известно, кроме бесплодных домыслов романтиков. На следующее утро Пьер-Роже и остальные обитатели передали замок сенешалю, приняли епитимью и ушли.
Монсегюр был не последним убежищем катаров, павшим перед католиками (Керибюс располагавшийся на вершине скалы в Фенуйедах продержался до 1255 года). Но его падение стало катастрофой для угасающей Церкви катаров, поскольку только непокорность Монсегюра позволила совершенным южного Лангедока служить своим общинам после того, как местная знать их покинула. После 1244 года катары постепенно перестали быть Церковью с последовательной доктриной и иерархией управления. Многие из ее лидеров умерли, а их общины превратились в изолированные, автономные ячейки. После 1246 года ни в Тулузене, ни в Альбижуа не было слышно о катарских епископах, а число совершенных неуклонно сокращалось. Во второй половине XIII века consolamentum применялся редко. Верующие еще оставались, но их убеждения, когда они представали перед инквизицией, были все более запутанными, а некоторые не слышали проповедей совершенных в течение многих лет до своего ареста. За подчинением Раймунда VII Церкви в 1243 году последовал период особенно сильных преследований, в ходе которых катары лишились тех покровителей из дворянства, которые у них еще оставались. К тому времени, когда Альфонс де Пуатье после смерти Раймунда в 1249 году завладел Лангедоком, мелкое дворянство смирилось с тем, что победа католической Церкви необратима. Среди толп, собравшихся в Тулузе и Муассаке, чтобы принести присягу верности французским комиссарам, было много тех, чьи предки поддерживали Церковь катаров в самые мрачные годы войны Симона де Монфора. Транкавель, дважды не сумев вернуть свое наследство силой, объявил о своем подчинении короне в апреле 1247 года в церкви Сан-Феликс в Безье. Людовик IX назначил ему пенсию в размере 600 ливров в год, а в следующем году он оказался среди соратников короля в Египте. Так же поступил и Оливье де Терм, который сражался рядом с Транкавелем при Каркассоне в 1240 году, но в 1248 году командовал арбалетчиками Людовика с храбростью, которую признали Жуанвиль и Иннокентий IV; он умер в 1275 году, оставив большую часть своего состояния Церкви. Эти резкие перемены преданности были симптомами более широкого движения к покорности и конформизму среди внуков бурного поколения южных дворян.
То меньшинство, которое держалось за свою веру, было вынуждено исповедовать ее в пещерах, лесах и кладовых. Более предприимчивые бежали в Каталонию, где инквизиция существовала лишь номинально, или в Италию, где она была неэффективна. Пьер Бовиль, один из заговорщиков Авиньоне, бежал в Ломбардию в 1245 году и встречал колонии изгнанных катаров везде, куда бы он ни отправился. В Кони колония еретиков из Тулузы проводила службы в кладовой лавки кожевника; бывший дьякон Тулузы возглавлял другую общину в Пьяченце, а его бывший епископ спокойно жил в Кремоне. Бовиль прожил тридцать лет среди этих эмигрантов, пока в 1277 году не вернулся в Тулузу навестить своего сына и не был немедленно арестован инквизицией. По крайней мере, он был избавлен от зрелища парализованной от уныния и упадка Церкви катаров, чему во многом способствовало бегство ее лидеров за границу. Верующий из Орьяка, который считал эмигрантов трусами и дезертирами, считал, что "как мы спасемся, если не сможем получить consolamentum от их рук?" "Неужели это будет продолжаться вечно, это преследование совершенных?" — спросил другой на собрании верующих в кладовой лавки в Сорезе, один из которых позже повторил это замечание инквизиторам.