Дуализм катаров неизбежно предполагал отказ от Ветхого Завета. Помимо того, что книга Бытия предлагала совершенно иной взгляд на происхождение материального мира, большинству дуалистов со времен Маркиона казалось, что капризное, тираническое и часто несправедливое поведение Иеговы делает немыслимым, чтобы он был совершенным Богом. Поэтому Иегову следовало отождествить с Сатаной, а Ветхий Завет — с его законом. Даже Новый Завет вызывал у катаров некоторые интеллектуальные сомнения, особенно в вопросе о Воплощении. Полное разделение между Богом и материей вынуждало их толковать его в высшей степени символически и аллегорически. Некоторые еретики, допрошенные инквизицией, не до конца продумали логику своих взглядов. Они продолжали говорить о том, что Бог принял человеческое тело и был распят. Но большинство катаров полностью отрицали Воплощение и предполагали, что человек Христос был простой иллюзией, созданной Богом для облегчения своей миссии. Из этого следовало, что в действительности не было ни смерти Христа, ни его воскресения или вознесения.
Был еще один вопрос, по которому катары не были согласны с ортодоксами. Существование зла в мире объяснялось постулированием существования сверхъестественного духа зла. Но происхождение этого сверхъестественного духа было предметом разногласий. Убежденные дуалисты считали, что дьявол существовал всегда. Он был столь же могущественным и древним, как и сам Бог. Другая школа мысли, называемая монархианами, придерживалась теории падшего ангела, не похожей на теорию ортодоксальных католических богословов. Согласно этой теории, дьявол сам был творением Бога и упал с небес после того, как поднял восстание против Божьей власти. Это разделение убеждений соответствовало расколу, который уже давно произошел среди дуалистов на Балканах. Он был разрешен таким образом, который полностью подтверждает то, что можно было бы ожидать из деталей их доктрин, а именно, что происхождение ереси было восточным, и, что она сохранила тесные связи с дуалистическими Церквями восточного Средиземноморья. До 1167 года французские дуалисты были монархианами, как и большинство богомилов Болгарии. Однако в том же году "Папа" Никвинта, представитель строгой дуалистической Церкви Константинополя, председательствовал на коллоквиуме в городке Сен-Феликс-де-Караман близ Кастельнодари, на котором катары Франции официально приняли бескомпромиссный дуализм греков.
Встреча в Сен-Феликс стала грозным проявлением влияния и организации Церкви, которая недавно на равных дискутировала с пятью католическими епископами. Там также присутствовали Роберт Эпернонский, епископ катаров северной Франции, и Марк, катарский епископ Ломбардии. Помимо решения сложных доктринальных проблем, собрание занималось вопросами организации зарождающейся Церкви. В епархии Альби, где катары были наиболее сильны, уже был свой епископ-еретик. Теперь же были назначены другие епископы для общин катаров в регионах Тулузы, Каркассона и Ажена, а также делегаты для определения границ их епархий. Функции этих епископов неясны, но кажется, что они были чем-то большим, чем административными чиновниками, которыми стали католические епископы. Как и подобает главе миссионерской Церкви, главная роль катарского епископа была пастырской, и в ее выполнении ему помогали два заместителя, filius major (старший Сын) и filius minor (младший Сын). Судя по итальянской практике, которая, возможно, не была всеобщей, осле смерти епископа filius major становился его непосредственным преемником. Ниже этих двух сановников располагалось большее число диаконов, которые жили со своими покровителями-аристократами в укрепленных городах и выступали в качестве странствующих служителей для широко рассеянной паствы.
Поскольку катары не признавали необходимости в священнослужении, различие между "духовенством" и "мирянами" в их глазах было менее значительным, чем у их католических соперников. Различие, которое имело значение, отделяло совершенных от других. Совершенные (лат. perfecti) не были посредниками в общении с Богом, как католические священники; они были просто учителями и исключительно святыми людьми. Процесс, который превращал верующего в совершенного, имел много общего с духовным ученичеством, которое требовалось от изучающих основы вероучения в раннехристианской Церкви. Кандидата приставляли к уже существующему совершенному, который давал ему почувствовать аскетизм, которого от него ожидали, и убеждался, что он не отступит впоследствии. Этот период подготовки, abstinentia, был не просто формальностью. Он длился не менее года, а в некоторых случаях и дольше; судя по опыту тех, кто представал перед инквизицией, за ним не всегда следовал consolamentum, который официально принимал кандидата в ряды совершенных. После двух лет пребывания в качестве кандидата Дульсия де Вильнёв-ла-Конталь была признана слишком молодой для вступления в совершенные. Послушничество Раймонды Югла было прервано, когда совершенные, с которыми она жила, были вынуждены бежать в Монсегюр и поскольку она была "недостаточно обучена", они отказались взять ее с собой. После abstinentia кандидат, удовлетворивший своего совершенного, подвергался consolamentum. Подробности этой церемонии известны из рассказов отступников и из руководства по проведению ритуала, сохранившегося в рукописи хранящейся в Лионе. В ярко освещенной комнате, заполненной верующими и сочувствующими, кандидат представал перед старшим совершенным и двумя его помощниками. В длинной проповеди излагались обязательства, которые брал на себя кандидат, и далее он произносил фразу за фразой Pater Noster, единственную официальную молитву, которой учил сам Христос, и, следовательно, единственную, которую признавали катары. Кандидат торжественно отказывался от креста, который был начертан на его лбу при крещении, и принимал вместо него крещение духа. Он обязывался отказывать себе во всех роскошествах, не есть ни мяса, ни молока, ни яиц, всегда странствовать в компании друзей по вере и никогда не позволять страху смерти отвлечь его от взятых на себя обязательств. Затем кандидат преклонял колена в почтении перед совершающим обряд совершенным. Положив на голову кандидата Евангелие Святого Иоанна, совершенный возлагал руку на книгу и, вместе с другими присутствующими совершенными, призвал Бога ниспослать на нового совершенного благословение Святого Духа. Впечатление, которое производил consolamentum на тех, кто его получил, не требует лучшего свидетельства, чем постоянство совершенных во время крестового похода. Ибо хотя простые верующие часто возвращались в лоно католической Церкви, отступничество совершенных было на удивление редким явлением; и многие сотни из них погибли на костре, когда города, в которых они проживали, пали под натиском крестоносцев.