Первое столкновение Раймунда с церковью произошло через несколько недель после его воцарения. Он построил каменный замок Мирпитура на земле, принадлежавшей аббату Сен-Жиль. На протесты аббата было отвечено насилием, а обращение того к Папе привело к гневной отповеди из Рима, угрожавшей графу отлучением от Церкви. Этот конфликт показал, как трудно было отделить светское от духовного в управлении средневековым государством. Аббатство Сен-Жиль долгое время пользовалось особой защитой папства; но своим благополучием и большей частью своих земель оно было обязано предкам Раймунда. Их мотивы были лишь отчасти духовными. Аббатство стояло в наиболее уязвимой части владений графа, недалеко от великой водной артерий Роны и Домициевой дороги, а также рядом с мятежными мелкими сеньорами западного Прованса, которые неоднократно посягали на контроль графа над его богатейшими владениями. В таких обстоятельствах владелец не расставался с землей, отдавая ее монастырю, а передавал ее на хранение общине, которая, как он ожидал, будет следить за его интересами. Ни один граф Тулузы не мог принять духовные теории, которым едва исполнилось столетие и с помощью которых Церковь пыталась освободить себя от этих слабо определенных обязательств. Из этих семян выросло большинство споров Раймунда с духовенством: захват им укрепленного собора Родеза, присвоение двух замков, принадлежавших епископу Карпантра, изгнание епископа Ажена из города, заключение в тюрьму епископа Везона и аббата Монтобана, постоянные ссоры почти с каждым церковным землевладельцем по поводу полей, деревень и виноградников, право собственности на которые оспаривалось или границы которых были неопределенны. Конфликт Раймунда с аббатом Сен-Жиль не был прерван угрозами из Рима, и в 1196 году он подвергся первому из многочисленных отлучений от Церкви. Хотя оно было снято в 1198 году, покорность Раймунда не завершила этого дела. Неоднократные жалобы Папы и аббата Сен-Жиль показали, что Раймунд вслед за своими предками ставил сохранение своей власти выше духовного благополучия.
Целестин III не дожил до того момента, когда его повеления были попраны. Девяностодвухлетний Папа умер в Риме 8 января 1198 года, и в тот же день кардиналы собрались в развалинах дворца Септимия Севера, чтобы избрать его преемником тридцатисемилетнего юриста-каноника. Лотарио де Сегни, принявший имя Иннокентий III, был, вероятно, самым могущественным и, безусловно, самым впечатляющим из всех средневековых Пап. Он происходил из мелкой знати римской Кампаньи, что ставило его вровень с катарской знатью Лангедока. Но симпатии, которые он мог бы испытывать к ним, были невозможны после его юридического образования в Болонье, где зародились теории реформированного папства. Скромность условных формул, с помощью которых он объявил миру о своем избрании, лишь ненадолго скрыла его авторитарную натуру. Иннокентий имел возвышенное представление о полномочиях своей должности. Он был призван "царствовать над королями с престола славы". Он был первым Папой, который использовал титул "наместник Христа". В молодости Иннокентий написал несколько трактатов о духовной жизни, и его чувствительность к духовным вопросам сохранилась до избрания на папский престол; он дружил с первыми францисканцами, несмотря на враждебность к ним епископов; даже его отношение к еретикам показывает некоторое понимание того, что Церковь не может удовлетворить духовные стремления ортодоксальными альтернативами. Однако по своему характеру он был политиком и юристом, и если ему были свойственны автократические манеры политика, то он также был приверженцем процедурных формальностей и конституционных тонкостей.