Арно-Амори не был человеком, уважающим свободы горожан или мелкие привилегии самовластных городских правителей. В сентябре 1209 года он объявил нескольких горожан Тулузы еретиками и потребовал выдать их и конфисковать имущество. Консулы города с возмущением отрицали, что в городе есть еретики; те, кого назвал Арно-Амори, по их утверждению, исповедовали самые ревностные ортодоксальные взгляды. Они отвергли его требование и обратились к Иннокентию III, а Арно-Амори наложил на город интердикт. Положение же Раймунда VI было более трудноразрешимой проблемой. Пока он не был отстранен от управления своими владениями, мало что можно было сделать с мощными еретическими общинами среди его вассалов. Но Раймунд подчинился церкви. Однако Арно-Амори не доверял и не верил ему. Он считал его покорность лицемерием, простым приемом, чтобы избежать наказания, которого он заслуживал. Но пристрастия Иннокентия к юридическим тонкостям не позволяли легатам вторгаться в Тулузское графство, пока граф не даст им на то достаточных оснований, и Раймунд пошел на крайние меры, чтобы этого избежать. Он привел своего сына, которого предложил в качестве заложника, в лагерь крестоносцев в Альзоне и обещал его в мужья дочери Симона де Монфора. Он разрушил несколько замков на границах между своими землями и землями Симона, чтобы они не вызвали споров. Он неоднократно заявлял о своей ортодоксальности и готовности подчиниться любому требованию легатов.
Арно-Амори не забыл обещаний, данных Раймундом в Сен-Жиле, обещаний, которые будет трудно выполнить. Преследование ереси, отмена пошлин, немедленный роспуск наемников, увольнение еврейских администраторов с его службы — ничего из этого не могло быть выполнено быстро, не приведя к распаду его правительства. Тем не менее, жалобы на медлительность Раймунда раздавались уже через несколько дней после взятия Каркассона. В сентябре 1209 года три легата, Мило, Федисий и Арно-Амори, председательствовали на Соборе в Авиньоне, на котором они отлучили Раймунда от церкви и наложили интердикт на все его владения. Раймунд напрасно протестовал, что с момента его обещаний в Сен-Жиле прошло всего три месяца, в течение двух из которых он активно помогал крестовому походу. Собор лишь согласился отложить исполнение приговора на шесть недель. У графа было время до 1 ноября, чтобы удовлетворить легатов по всем вопросам, поднятым в Сен-Жиле, или же Церковь объявит его графство конфискованным. Раймунд немедленно обратился к Папе. Он объявил о своем намерении отправиться в Рим, чтобы лично подать апелляцию, и сделал приготовления, которые несли на себе все признаки серьезного намерения. Легаты были заметно встревожены. Они превысили свои полномочия, и им была известна привязанность Иннокентия к юридическим формальностям. Поэтому они решили опередить обращение Раймунда, отправив в Рим своего посла. "Если случится, — писали легаты Папе, — что граф Тулузы, этот враг мира и справедливости, предстанет перед Вашим Святейшеством, позаботьтесь о том, чтобы Вас не обманул его лживый язык". Они перечислили жалобы на Раймунда, который обманом уклонился от своего обещания в Сен-Жиле. Жители Авиньона, Нима и Сен-Жиля были готовы отказаться от верности ему в соответствии с клятвой, данной в июне. Замки графа находятся в руках легатов и он бессилен противостоять им. "Он так хорошо связан силой Божьей и усилиями Вашего Святейшества, что борьба будет выше его сил". Агенты, доставившие эти письма в Рим, получили точные инструкции. Были предусмотрены все возможные аргументы в пользу графа, а также правильный ответ, который они должны были получить от Папы.
За агентами Арно-Амори на некотором расстоянии следовали два посла самого Раймунда, отправленные для подготовки почвы и ознакомления Иннокентия с его обращением. Граф решил сначала отправиться в Париж, чтобы изложить свое дело Филиппу Августу и найти союзников среди северных баронов. Он прибыл в Рим только после Рождества, а когда в конце концов добрался до папской курии, то был смущен, обнаружив, что его опередили не только агенты Арно-Амори, но и епископ Ажена, который приехал пожаловаться на жестокое обращение, со стороны графа. Как Иннокентий принял Раймунда, точно неизвестно. По одним сведениям, Папа произнес горькую речь перед изумленным графом, которого обвинил в том, что он убийца, покровитель еретиков и гонитель креста. Однако другой современник утверждает, что Раймунда тепло приняли, осыпали подарками и предложили посмотреть на одну из самых ценных реликвий Ватикана — салфетку Святой Вероники. Конфликт свидетельств остается неразрешимым, что является примером для тех, кто ищет определенности в истории. Несомненно то, что результатом стало унизительное поражение легатов во Франции. Иннокентий был раздражен их беспринципным поведением. И в тоже время он был впечатлен тем, что граф явно выполнил некоторые из своих обещаний и выразил готовность выполнить остальные. Вправе ли в этом случае Церковь обогащаться за его счет, конфискуя его замки и вторгаясь в его владения?