Конфликты и расколы не прошли для Богданова даром. Он был еще молод – 40 лет ему исполнится только в 1913 году, а у него уже появились первые проблемы со здоровьем. Несколько раз с Богдановым случались довольно-таки тяжелые сердечные приступы. Возможно, причина этого была еще и в том, что он не любил выносить свои неприятности наружу, обсуждать их с кем-нибудь еще, а все переживал внутри себя, «один на один».
К этим «неприятностям» добавился и «семейный кризис». В Париже Богданов сблизился с революционеркой-эмигранткой Анфусой Смирновой. 12 июля 1909 году у них родился мальчик, которого назвали Сашей. Долгое время сын Богданова жил отдельно от отца. В 1915 году Анфуса Смирнова умерла от туберкулеза. Это произошло уже в России. Они с сыном вернулись из эмиграции буквально перед самым началом Первой мировой войны. После ее смерти Сашу воспитывала подруга его матери Лидия Павлова. Судя по сохранившимся письмам, Саша Малиновский не бывал у отца и его жены до того, как ему исполнилось 13 лет. Но сам Богданов постоянно помогал ему и интересовался тем, как у него идут дела.
Связь Богданова с Анфусой Смирновой не привела к разрыву его отношений с Натальей Корсак. Но, разумеется, выяснений отношений вряд ли удалось избежать. По слухам, однажды Богданов с женой обсуждали даже возможность совместного самоубийства. Но посчитали, что не имеют права бросить только что родившегося ребенка и его тяжелобольную мать.
После поражения «левых» во главе с Богдановым Ленин фактически остался единственным лидером большевиков.
В январе 1912 года ленинцы созвали партийную конференцию в Праге. Все остальные группы отказались в ней принимать участие. Несмотря на это, конференция объявила себя VI Всероссийской конференцией РСДРП, решения которой обязательны для всех членов партии. На конференции был избран большевистский ЦК, в который вошли Владимир Ленин, Григорий Зиновьев, Серго Орджоникидзе, Иосиф Сталин, Роман Малиновский (будущий депутат Государственной думы, являвшийся, как потом выяснилось, с 1910 года секретным агентом полиции). Именно с этого времени можно говорить, что у большевиков появилась своя партия. 22 апреля 1912 года в Петербурге вышел первый номер газеты «Правда». Формально она не считалась органом большевиков, а была легальной «ежедневной рабочей газетой». Так что сотрудничали в ней сначала не только «твердые ленинцы». Литературный отдел газеты в 1912–1914 годах, например, возглавлял Горький. С ноября 1912 года в ней начал публиковаться и Богданов.
Ленин внимательно читал его статьи и часто резко критиковал их. Была бы его воля, он бы вообще запретил Богданову доступ к «Правде». И, надо сказать, всячески старался сделать это. В феврале 1913 года Ленин писал Горькому: «Нет, с ним каши не сваришь! Прочел его “Инженера Мэнни”. Тот же махизм = идеализм, спрятанный так, что ни рабочие, ни глупые редактора в “Правде” не поняли. Нет, сей махист безнадежен…»
В феврале 1914 года в газете «Путь Правды» появилась статья Ленина «Об А. Богданове», в которой он объяснял, почему Богданова перестали печатать «в рабочих газетах и журналах». «Потому, что А. Богданов не марксист», – отвечал он, а объяснения, связанные с «личными отношениями, злокозненностью отдельных лиц» – это все «сплошные пустяки, недостойные ни разбора, ни объяснения».
«А. Богданов создал в своих книгах известную социально-философскую систему и… против этой системы, как немарксистской и противомарксистской, высказались все марксисты без различия фракций… – писал Ленин. – Вот в чем суть дела, своекорыстно затемняемая намеками на личные отношения». А все попытки свести дело на «личности», по словам Ленина, нужно отбросить «как грязный сор».
Но этот стиль «чистого идейного противоборства» Ленину удалось выдерживать не всегда. «Богданов – ничтожество, которому смешно уделять много внимания», – написал он в редакцию журнала «Просвещение» в те же самые дни, когда публиковалась его статья «Об А. Богданове». Все-таки ему, конечно, не могло понравиться, что автор «Красной звезды» отводил ему место в строю «упырей» и «бессознательных рабов» Маркса.
История с «Правдой» была, по-видимому, решающим событием, которое заставило Богданова отойти от «чистой политики» и партийной работы, хотя формально из РСДРП он не выходил.
В книге «Десятилетие отлучения от марксизма. Юбилейный сборник (1904–1914 гг.)» Богданов особо подчеркивал авторитарность мышления Ленина. «Я говорю не просто о грубой властности характера – недостатке, который может быть уравновешен и исправлен влиянием товарищеской среды. Я имею в виду самый способ мышления», – отмечал он. Богданов писал о «слепой, наивной вере» Ленина «в авторитеты», которой, по его мнению, был пронизан «Материализм и эмпириокритицизм», и о его «недопустимых» приемах в полемике.