Вскоре началась Первая мировая война. Она еще больше развела их с Лениным. Ленин оставался в эмиграции, где выдвинул свой знаменитый лозунг «превращения империалистической войны в гражданскую». А Богданов эту позицию не принял: в гражданской войне он видел угрозу «расточения лучших сил народа», а шансы на совершение мировой социалистической революции считал весьма сомнительными.
Еще в октябре 1913 года Богданов вернулся в Россию, потому что по случаю 300-летия царствования династии Романовых император Николай II объявил амнистию. Она имела довольно ограниченный характер, но разрешала возвращаться политическим эмигрантам, которые покинули страну до 1 января 1909 года. Богданов как раз попадал в эту категорию.
«Вернувшись в Россию, в 1914 году был послан на фронт в качестве врача», – писал он в своей автобиографии. Служил Богданов полковым врачом, участвовал в боевых действиях. До 1915 года, когда он вернулся с фронта, о нем не было никаких известий. То, что он увидел на войне, стало серьезным испытанием для его психики. Наверняка сказались и напряжение, и переживания предыдущих лет. В общем, домой Богданов вернулся с тяжелым расстройством нервной системы и три месяца был вынужден лечиться в клинике.
После выхода из клиники Богданов служил младшим ординатором 153-го эвакуационного госпиталя, который располагался в Москве на Покровке, и получал не очень большое жалованье – чуть больше 167 рублей, при этом давал деньги на воспитание сына и помогал родителям.
За то, что он вывел из-под огня колонну раненых, его представляли к награде за храбрость, но сверху последовал отказ. Там, видимо, помнили его «революционные заслуги».
На войне Богданов своими глазами видел, как от потери крови умирают раненые солдаты. И был потрясен тем, что русская медицина не могла им помочь. Именно во время Первой мировой войны начало широко применяться переливание крови, и Богданов об этом знал. Вероятно, именно тогда к его философско-мистическим исканиям в сфере «тайн крови» прибавился и чисто практический аспект, он понял, что переливания необходимы не только для «омоложения» организма или создания «физиологического братства». Необходимо иметь хорошо организованную службу переливания крови для помощи больным и раненым во время военных действий или чрезвычайных ситуаций. Богданов считал, что эта задача имеет важнейшее государственное значение.
Богданов приветствовал Февральскую революцию 1917 года. Между февралем и октябрем он был близок по взглядам к группе меньшевиков-интернационалистов, которые выступали против войны, коалиции с буржуазными партиями, а также против власти Советов и курса на социалистическую революцию, который провозгласил Ленин. Богданов в эту группу не входил (ее наиболее известным представителем был Юлий Мартов), но активно печатался в популярной тогда газете «Новая жизнь».
В апреле Ленин триумфально вернулся из Швейцарии в Петроград в знаменитом «пломбированном вагоне». Он выступил с «Апрельскими тезисами», в которых провозгласил курс на социалистическую революцию. Они вызвали бурную полемику среди социалистов вообще (Плеханов назвал речь Ленина «бредовой») и среди большевиков в частности. Против позиции Ленина выступали такие видные лидеры партии, как Григорий Зиновьев, Лев Каменев, Александр Шляпников, считавшие, что Россия еще не созрела для социалистической революции. Острая дискуссия большевиков продолжалась до конца апреля, когда на VII Всероссийской (Апрельской) конференции РСДРП(б) позиция Ленина все-таки была одобрена большинством голосов.
Не признавать в Ленине выдающихся качеств политика Богданов, конечно, не мог. Но с объявленным Лениным курсом он категорически не согласился. Возражал Богданов и против формы нового государства, которое по Ленину должно сложиться в переходный период от буржуазного строя к социализму. Он внимательно наблюдал за дискуссией большевиков. Его беспокоило, что в партии возникает авторитаризм. А ведь раньше большевизм отличала именно «враждебность к авторитетам», отмечал он.
«В дни своего первого расцвета в 1904–7 годах большевизм был ярко демократичен не только по своей программе, но и по настроению, господствовавшему внутри организации, – писал Богданов в мае 1917 года в газете “Новая жизнь”. – Нельзя сказать, чтобы лидерства совсем не было: но оно было поставлено в такие рамки, что если бы тогда кто-нибудь сказал: “линию большевизма определяет Имярек”, – то это бы не потребовало даже особого опровержения. Ленин был опытный и влиятельный политик организации, но никому не приходило в голову, что надо ждать его мнения, чтобы составить свое».